《隱秘而偉大》的大結局總體上是好的。解放軍成功占領上海，顧耀東成為警察局的科長，與沈青禾過上了幸福的小日子。夏繼成不知所終，趙誌勇被鐘百鳴殺害，而齊副局長在外逃時被見財起意的國民黨逃兵殺害。
身為南京?首席檢察官?的夏繼成再次回到上海，他接到的任務是將重要情報傳遞出去，為此他和顧耀東聯手行動。在行動中為保證情報的順利傳遞，夏繼成駕車吸引敵人，他開的車在加油站裏發生爆炸。至於爆炸後夏繼成是死是活？劇中並沒有明確交代，只是留下壹個懸念：顧耀東接到壹個電話，電話那頭有壹個很像夏繼成的人，說了句?顧耀東，妳果然沒讓我失望?。
自夏繼成?失蹤?後顧耀東每天都要到戶籍科逛逛，她要看看新辦戶籍的市民中有沒有消失的夏繼成。他堅持了好幾年，在他心裏夏繼成是個過不去的坎。因此，這個電話可能是顧耀東的幻覺，是因為太想念夏繼成而出現的幻覺。
顧耀東在上海解放前已經加入地下黨，解放後他還是在警察局工作，擔任科長的他繼續為人民服務。消失了好幾年的沈清禾完成了上級交給她的任務，於是她回到福安弄，和顧耀東壹起過上了幸福的生活。可憐又可悲的趙誌勇發現自己被鐘百鳴戲弄後氣急敗壞，特別是鐘百鳴隱瞞其母親死訊這件事讓趙誌勇產生了?同歸於盡?的想法。
於是他將鐘百鳴約到樓頂天臺和他算賬，兩人搏鬥時趙誌勇不敵鐘百鳴，被張鐘百鳴推下天臺，橫死當場。貪汙無數前款的齊副局長看到大事不妙便乘船逃跑，在逃跑時隨身攜帶的黃金被國民黨逃兵看見，見財起意的逃兵們將齊副局長殺害並拋屍江中。
綜上所述，《隱秘而偉大》的大結局總體是好的，顧耀東、沈青禾過上了幸福的小日子，夏繼成不知所蹤。