大部分免費虛擬主機不能綁定自己的域名，只能使用服務商提供的二級域名或子目錄。這就意味著從根本上來說，這個網址不屬於妳，而是屬於提供商的。如果提供商有風吹草動，不幸倒閉，妳的網站就永遠消失了。積累的搜索引擎排名，品牌知名度，用戶書簽，流量就永遠再見了。
有壹些免費虛擬主機服務商不允許用戶放自己的廣告或流量交換旗幟等，或者是在網頁上必須放提供商的廣告，廣告可能是旗幟，可能是彈出窗口。這對很多網站來說，對企業形象是個傷害。
用戶允許使用的空間和流量受限制比較大。流量大推薦使用雲服務器，如果希望增加空間或帶寬，很有可能就不再是免費的了。這也是為什麽很多免費虛擬主機提供商能免費提供空間的原因之壹，最終目的是希望用戶能升級為付費用戶。
同上面類似，有些功能會受到限制。比如PHP，MySQL等。如果想要使用這些編程語言和數據庫，就需要升級為付費用戶。免費用戶只能使用簡單的靜態頁面，有些甚至不提供FTP上傳。