1、安全性：櫃臺存款通常被認為更安全。在櫃臺辦理業務時，客戶直接與銀行工作人員接觸，進行面對面交流，從而省去了可能因網絡操作帶來的風險，如資金丟失等。此外，櫃臺存款還可能提供實體憑證，如存款單，為客戶提供了額外的安全保障。相比之下，手機存款雖然方便，但如果不註意手機安全，比如手機解鎖密碼過於簡單或手機丟失，可能會出現資金被盜取的情況。然而，手機銀行也采取了壹系列安全措施，如多重密碼保護、安全險等，以提高其安全性。
2、便利性：手機存款在便利性方面遠超櫃臺存款。客戶只需通過手機銀行應用，按照系統提示操作即可完成存款，無需前往銀行，也無需排隊等候。這大大節省了客戶的時間和精力，尤其是在緊急情況下或銀行營業時間之外，手機存款的優勢更為明顯。相比之下，櫃臺存款需要客戶親自前往銀行，攜帶有效身份證件和銀行卡等證明材料，還可能需要進行身份驗證和打印存款憑證等步驟，較為繁瑣。
3、福利性：櫃臺存款通常能享受到更多的福利。在櫃臺辦理業務後，客戶可能會獲得銀行贈送的禮品、返現福利或其他優惠，這是銀行為了留住客戶或吸引新客戶而采取的策略。然而，手機存款通常不享有這些福利。但值得註意的是，壹些銀行為手機銀行客戶提供了專屬的優惠存款和理財等福利，以鼓勵客戶使用手機銀行。