M社的內戰起源是由於壹項政府關於超級英雄公開身份的法案問題，因為在抓捕某個罪犯時罪犯自爆傷害了壹大批人，因此政府要求所有英雄都要完全公開自己的壹切信息，甚至連他們身邊人的信息也要壹起公開，所以遭到了大多數英雄的反對。這時鐵人托尼作為政府法案的支持者出來唱高調，要求大家支持政府法案，但這個法案真的讓人無法接受，於是托尼代表政府開始抓捕反對派的英雄，而美國隊長這時為了維護美國精神而站出來公開反對托尼支持暴政的行為，於是很快兩派人開始了武力沖突。
最開始托尼壹方由於政府支持和托尼的政客手腕是擁有絕對優勢的，但由於托尼的不擇手段，以及後來他批量復制了雷神，並殺死了壹個英雄後，大批英雄開始轉而支持美國隊長，雙方勢力開始對調。最後美國隊長方面已經占據了絕對優勢，但這時美國隊長看到內戰對美國造成的危害，於是主動投降，結束了內戰。
最後美國隊長在上法庭途中被人暗殺，兇手是被人控制的他的女友。
內戰對漫畫中劇情的影響是深遠的，直接導致了很多問題浮出水面，也給某外星種族的秘密入侵提供了最好的條件和機會。
值得慶幸的是，隊長已經復活。