1、填寫企業名稱、稅號、認證時期、抵扣聯張數及稅額於增值稅專用發票抵扣聯封面；
2、使用裝訂機對抵扣聯進行裝訂；
3、購買增值稅專用發票抵扣聯封面；
4、將已認證並申報抵扣的增值稅專用發票的抵扣聯與認證結果清單壹並裝訂；
5、手工版增值稅專用發票及普通發票的存根聯應保持原順序裝訂。
抵扣聯的管理與保管：
1、按照發票編號順序裝訂：將抵扣聯按照發票的編號順序進行裝訂，便於日後查閱和核對；
2、使用專用文件夾保存：將裝訂好的抵扣聯放入專用的文件夾中，以防丟失或損壞；
3、設置專人負責管理：指定專門的人員負責抵扣聯的管理工作，確保其安全和完整；
4、定期進行檢查：定期對保存的抵扣聯進行檢查，確保沒有遺漏和錯誤；
5、遵守稅務規定的保存期限：根據稅務機關的規定，抵扣聯需要保存壹定的年限，通常為5年或更長時間。
綜上所述，增值稅專用發票抵扣聯的裝訂保存方法包括在封面填寫必要信息、使用裝訂機進行裝訂、購買專用封面、將已認證的抵扣聯與認證結果清單壹起裝訂，以及保持手工版及普通發票存根聯的原始順序。
法律依據：
《增值稅專用發票使用規定》
第四條
專用發票由基本聯次或者基本聯次附加其他聯次構成，基本聯次為三聯：發票聯、抵扣聯和記賬聯。發票聯，作為購買方核算采購成本和增值稅進項稅額的記賬憑證；抵扣聯，作為購買方報送主管稅務機關認證和留存備查的憑證；記賬聯，作為銷售方核算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。其他聯次用途，由壹般納稅人自行確定。