政治上，實行考成法。以“尊主權，課吏職，信賞罰，壹號令為主”。中心是解決官僚爭權奪勢、玩忽職守的腐敗 之風。他認為當時朝野泄沓成風，政以賄成，民不聊生，主要原因是“吏治不清”。他以“課吏職”即加強官吏考核為手段，“斥諸不職”，“省冗官”，淘汰並懲治了壹批官員。在執行上，他“信賞罰”，“持法嚴”，使賞罰有準，不姑息。在他執政期間，“百官惕息”，“壹切不敢飾非”，朝廷號令，“雖萬裏外，朝下而夕奉行”，行政效力大大提高。如：黔國公沐朝弼屢次犯法，應當逮捕，但朝廷輿論認為此事很難辦，張居正就改立沐朝弼的兒子襲爵，派飛馬前去捆綁沐朝弼，沐朝弼沒有反抗，被解到京師，張居正免他壹死，將他幽禁在南京。再如，張居正因禦史在外常常欺淩巡撫，決定壓壹壓他們的氣焰。只有他們有壹件事稍不妥，馬上加以責罵，又飭令他們的上司加以考查。又如，當時天下不太平已經很久了，盜賊群起，甚至搶劫官府庫房，地方政府常常隱瞞這類事情不上報，張居正下令如有隱匿不報者，即使循良的官吏也必撤職，地方官再不敢掩飾真情，抓到強盜，當即斬首處決，並追捕他們的家屬，盜賊因此衰敗。
軍事上，用戚繼光鎮薊門（今河北遷西縣西北），李成梁鎮遼東（今遼寧遼陽），又在東起山海關，西至居庸關的長城上加修“敵臺”三千多座，加強北方的防備。並在邊疆實行互市政策，互市使馬匹大增，減少了太仆寺需的種馬，就叫老百姓折價交銀，使太仆寺積蓄金四百余萬。互市又使邊疆在政治經濟上保持穩定、正常，如封俺答（北方蒙古首領）為順義王，在大同、宣府、甘肅等地立茶馬互市，保持貿易往來，俺答長久沒有來犯邊關。
經濟上采取的主要措施有：
（壹）清查土地。他認為“豪民有田不賦，貧民曲輸為累，民窮逃亡，故額頓減”，是“國匱民窮”的根源。在1578年（萬歷六年），下令在全國進行土地的重新丈量，清查漏稅的田產，到1580年（萬歷八年），統計全國查實征糧土地達七百零壹萬三千九百七十六頃，比弘治時期增加了近三百萬頃。朝廷的賦稅大大增加，所以說：“自正（正德）嘉（嘉靖）虛耗之後，至萬歷十年間，最稱富庶。”
（二）改革賦稅，實行“壹條鞭法”。“壹條鞭法”的主要內容是：
（1）以州縣為基礎，將所有賦稅包括正稅、附加稅、貢品以及中央和地方需要的各種經費和全部徭役統壹編派，“並為壹條”，總為壹項收入。過去田賦有夏糧、秋糧之分，征收上又有種種名目，非常繁煩，如今統壹征收，使國家容易掌握，百姓明白易知，防止官吏從中貪汙。
（2）關於徭役征派，過去有裏甲、均徭、雜泛之分。裏甲按戶計征，不役者納“門銀”（戶銀）；均徭、雜泛按丁分派，應役方式又有力差（以身應服）、銀差（納銀代役）之分。如今取消裏甲之役，將應征的全部門銀，同丁銀合並壹起。“丁銀”的計算辦法，是將力差的“工”（勞動）和“食”（服役期間全部生活費用）折算為銀；如“銀差”則按納銀數再加收少量“銀耗”（碎銀化鑄銀錠時的損耗），然後全部役銀以“丁”和“地”或（田糧）兩大類因素統壹考慮編派征收，即所謂“量地計丁，丁糧畢輸於官”。自此，戶不再是役的壹種根據，丁的負擔也部分轉到“地”或“糧”中。
（3）賦、役之中，除國家必需的米麥絲絹仍交實物和丁銀的壹部分仍歸人丁承擔外，其余“皆計畝征銀，折辦於官”。
（4）官府用役，壹律“官為僉募”，雇人從役。過去由戶丁承擔的催稅、解送田糧之差、伐薪、修路、搬運、廚役等壹概免除。這壹改革措施賦役折銀征收，既是商品貨幣經濟發展的結果，又必然促進商品經濟的繁榮。 《明神宗實錄》：“性沈深機警，多智數。及贊政，毅然有獨任之誌。受顧命於主少國疑之際，遂居首輔，手攬大政，勸上力守（行）祖宗法度，上亦悉心聽納。十年內海寓（內）肅清，四夷詟服，太倉粟可支數年，冏寺積金至四百余萬，成君德，抑近幸，嚴考成，綜（核）名實，清郵傳，核地畝，詢經濟之才也。惜其偏衷多忌，小器易盈，鉗制言官，倚信佞，方其怙寵奪情時，本根已斷矣。威權震主，禍萌驂乘。何怪乎身死未幾，而戮辱隨之。”
《明史》：“張居正通識時變，勇於任事。神宗初政，起衰振隳，不可謂非幹濟才。而威柄之操，幾於震主，卒致禍發身後。”《書》：“曰臣罔以寵利居成功，可弗戒哉！”
《明史紀事本末》：“以居正之為相也，進《四書經解》而聖學修明，進《皇陵碑》、《帝鑒圖》而治具克舉，請詞林入直而清燕無荒，請宮費裁省而國用以裕，任曾省吾、劉顯而都蠻悉平，用李成梁、戚繼光而邊陲坐拓，厥罪雖彰，功亦不泯焉然。予以居正救時似姚崇，偏激則似趙普，專政似霍光，剛鷙則類安石。假令天假之年，長轡獲騁，則吏道雜而多端，治術疵而不醇。斯豈貞觀之房、杜，而元佑之司馬乎？更可異者，自居正以錢谷為考成，而神宗中葉大啟礦稅。居正以名法為科條，而神宗末造叢脞萬幾。嗚呼！手實之禍，萌自催科，申、商之後，流為清靜，則猶居正之貽患也。”
《江陵救時之相論》：“江陵官翰苑日，即已誌在公輔，戶口阨塞，山川形勢，人民強弱，壹壹條列，壹旦 柄國，輔十齡天子，措意邊防，綢謬牖戶。故能奠安中夏，垂及十年，至江陵歿，蓋猶享其餘威，以固吾幸 者，又十年也。” 王世貞：“器滿而驕，群小激之，虎負不可下，魚爛不復顧。”
郭正域：“嘉隆之際，相臣任天下之重，行誼剛方，事業光顯者，無如新鄭高公。而先後處兩才相之間，先為雲間，後為江陵。雲間善藏其用，籠天下豪傑為之羽翼，故唯唯於履尾之時，而揚揚於攀髯之際，善因時耳。彼方墨墨，此則蹇蹇，宜不合也。江陵負豪傑之才，其整齊操縱，大略用高公之學，而莫利居先。”
馬之駿：“隆、萬間所稱最名相二：曰高新鄭公文襄，張江陵公文忠。兩公鐘異姿，膺殊寵，履鼎貴之位，豎震世之勛，皆大略相埒。第不幸而以相傾之材，處相軋之勢。以故袒文襄，則絀文忠；袒文忠，則絀文襄。然有識者恒致嘆兩賢之厄，何渠不渙枘鑿，而塤篪之要，皆豪傑之致也。”
李騰芳：“新鄭、江陵兩公皆負不世出之才，絕人之識。本以忠誠不二之心，遭時遇主，欲盡破世人悠悠之習，而措天下於至治。其所就雖皆不克終，然其所設施，亦已不可泯矣。”
朱由檢：“思陵之季，撫髀思江陵，而後知：得庸相百，不若得救時之相壹也。”
瞿式耜：“江陵相業故非常，身後淒涼行路傷。誰料有孫繩祖武，還能為國死封疆？當年朝局何須問？四代君恩不可忘。報答此時惟有命，精靈常在毅宗旁。”
袁中道：“張居正少時，留心禪學，見《華嚴經》不惜頭目腦髓，以為世界眾生，乃是大菩薩行。故其立朝，於稱幾毀譽俱所不計，壹切福國利民之事，挺然為之。”
王思任：“昔江陵為翰編時，逢鹽吏、關使、屯馬使，各按差使還朝，即攜壹壺壹榼，強投夜教，密詢利害厄塞，因革損益，貪廉通阻之故。歸寓，篝燈細記。留心如此，容易造到江陵。”
唐甄：“張居正之為相也，拜命之日，百官凜凜，各率其職，紀綱就理，朝廷肅然，其效固旦夕立見者也。為政十年，海內安寧，國富兵強。尤長於用人，籌邊料敵，如在目前。用曾省吾劉顯平都蠻之亂，用淩雲翼平羅旁（羅定）之亂，並拓地數百裏；用李成梁戚繼光委以北邊，遼左屢捷，攘地千裏；用潘季馴治水而河淮無患。居正之功如是，雖有威權震主之嫌，較之嚴嵩，判若黑白矣。主雖至愚，未有以亂政為良相，以安社稷為奸相者也。然則任相之道，豈難能哉？顯帝之任居正也，畏之如嚴師，信之如筮龜，無言不從，無規不改，雖太甲成王有所不及。是以居正得以盡忠竭才，為所欲為，無不如意，可謂盛矣。”
愛新覺羅·福臨：“彼時主少國疑，使君不朝綱獨握，則道旁築室，誰秉其成？亦未可以攬權罪居正。”
紀昀：“神宗初年，居正獨持國柄，後毀譽不壹，迄無定評。要其振作有為之功，與威福自擅之罪，俱不能相掩。”
魏源：“高拱、張居正、王崇古，張馳駕馭，因勢推移，不獨明塞息五十年之烽燧，且為本朝開二百年之太平。仁人利溥，民到今受其賜。”
梁啟超：“明代唯壹的大政治家。”
黃仁宇：“世間已無張居正。”
熊十力：“漢以後二千余年人物，真有公誠之心，剛大之氣，而其前識識遠見，灼然於國覆種奴之禍，已深伏於舉世昏偷，茍安無事之日。毅然以壹身擔當天下安危，任勞任怨，不疑不布，卒能扶危定傾，克成本原者，余考之前史，江陵壹人而已。”
潘博：“漢唐以來，以功業炳史冊者夥矣。至若意量廣遠，氣充識定，誌以天下為己任而才又能副其誌者，則惟明張江陵壹人而已。方明隆萬之際，明之政已馳矣。自世宗西內靜攝，君荒於上，臣縱於下，將嬉於邊，士囂於庠。紀綱萬事，群墮於冥昧之中之中。而瓦解土崩之禍，將隱中於晏安無事之日。自非有雷霆之力不足以集上下渙散之孰，非有整齊嚴厲之法不足以其積久疲頑之習。江陵知其然也，慨然出其身以任之。奮乾剛，行獨斷，宮府內外，壹聽於己。賞罰予奪，悉決於心。不以逼上為嫌，不以死權為諱，推其意豈不以為大丈夫。亦即乘時遇主，得行其誌矣。則天下之責當於我任之，任之而當，雖挾無上之威權而不疑，任之而不當，雖蒙莫大之戮辱而不悔。夫豈特無保爵位顧妻子之心即邀名譽之心而亦無之。所患者，吾誌不行，事功不立，而至於眾謗於生前，奇禍發於身後，則已於任事之初，逆睹而熟計之矣。嗚呼，世之君子，欲立非常之功，則莫務為壹切之計，莫徇眾人之論，當機而立斷，獨立而不懼。”
黎東方：“以施政的成績而論，他不僅是明朝的唯壹大政治家，也是漢朝以來所少有的。諸葛亮和王安石二人，勉強可以與他相比。諸葛亮的處境比他苦，不曾有機會施展其經綸於全中國。王安石富於理想，而拙於實行，有本事獲得宋神宗的信任，而沒有才幹綜核僚佐與地方官的名實。”
當年明月：“他是壹個天才，生於紛繁復雜之亂世，身負絕學，他敢於改革，敢於創新，不懼風險，不怕威脅，是壹個偉大的改革家，他獨斷專行，待人不善，生活奢侈，表裏不壹，是個道德並不高尚的人。”
陳澤敏：“張居正有著天使與惡魔這兩面。他也是壹個真正的英雄，是壹個孤獨的英雄。即使是現在又有多少人能夠懂他。”