在遙遠的時間盡頭，世界受到大規模汙染之後，大地被新的主宰汙染獸所占領，將人類逼至瀕臨滅絕的窘境。幸存的人類在遠古煉金術師遺留下的自律型移動都市中生活。這些移動都市各自擁有自己獨立意識及專門的作用，有專屬交通的都市也有專屬教育類的學院都市。
賭上各自都市的存亡，都市與都市之間為了珍貴的卻不可缺少的礦藏超錫礦山而進行戰爭。還有能夠覆蓋天地的巨大怪物“汙染獸”群。少年少女們為了保護自己的都市，使用超能力“剄”不斷進行戰鬥。
故事就發生於無數都市中的其中壹個學院都市潔爾尼，在新生入學儀式上，由兩個敵對都市的學生引發的騷亂險些造成坍塌事故(其實是學生會會長安排來試探雷馮的）；在混亂之中，來自於槍殼都市古蓮丹的普通教育系新生雷馮救下了壹名少女。由此，被學生會長以學費全免為條件由壹般教育系轉入了武技系，並被招入了剛成立不久的都市護衛第十七小隊中。
不過這個“第十七小隊”卻是個不得了的“墮落部隊”。率領整個小隊的隊長妮娜不顧周圍的人和狀況壹昧向前猛沖，沈默的少女菲麗、沒有幹勁的男人夏尼德、被這些超有個性的“第十七小隊”包圍著，雷馮開始了全新的學園生活。
然而，除了學生會長以外，並沒有人知道這位來自鋼殼都市古蓮丹的少年有著怎樣的過去，他那曾經背負的作為武者的最高榮譽以及汙名……