質疑壹：博士學位是真是假
首先他(方舟子)以這麽壹個方式給我做了壹個設定，然後再來證明我不是，他是個偽命題。在這個偽命題之下，我肯定沒有辦法證實，這壹點我希望大家能理解。 ———唐駿
唐駿學歷真假惹紛爭，只因從7月1日起，科普作家方舟子連續在自己微博上發文爆料稱唐駿拿到了加州理工大學的計算機科學博士學位是假的，“加州理工的計算機科學校友名單中無此人，也無人姓唐；美國大學博士論文數據庫無此人論文”。
沈默數日後，唐駿昨日接受中國之聲記者專訪，對“造假門”事件作出正式回應。唐駿說：“我從來沒有說我是在加州理工大學拿到過博士，但是確實我在加州理工大學曾經有過壹段研究的經驗；但是我確實是拿到了博士，雖然不是加州理工大學的博士。”
那麽，唐駿的博士學位從何而來？他回應稱，自己在日本攻讀了五年的博士，最後壹刻在日本放棄了博士論文答辯去了美國。“最後就在美國壹家叫Pacific Western(西太平洋大學)的私立大學進行了他們的輔導做了壹些研究，最後拿到了Pacific Western大學的博士學位，這些都有證書在。”唐駿說。
唐駿 質疑二：西太平洋大學是“野雞大學”？
唐駿說他讀的西太平洋大學是正規大學，那麽請問他在該大學的導師是誰，做的什麽研究課題，博士論文的題目是什麽，發表在哪裏？ ———方舟子
方舟子對唐駿的西太平洋大學的學歷窮追不舍。他昨天的壹條微博稱，“唐駿說他是Pacific Western大學的博士，但這是壹家著名賣文憑的野雞大學，在夏威夷註冊，沒有得過美國認證機構的認證，由於多項欺詐行為，在2006年被夏威夷政府消費者保護辦公室起訴，被法庭判決解散”。方舟子指出，根據美國總審計局(GAO)在2004年的調查，唐駿母校Pacific Western大學的文憑買賣價格如下：學士，$2,295；碩士，$2,395；博士，$2,595，壹次性交錢，“唐駿從野雞大學買的‘博士文憑’和假文憑沒什麽區別，是不能得到社會和任何機構認可的，不能宣稱自己有博士學位”。唐駿接受央視采訪時稱，西太平洋大學有兩所，夏威夷的那所是“野雞大學”，而他讀的加州的那所是正規大學，是壹直得到認證的。但方舟子回應，這是同壹所大學的兩個分校。加州的那所也是“野雞大學”，美國總審計局的調查針對的正是該校賣文憑。
方舟子 質疑三：專利造假
這個東西都是我自己發明創造的，所有這個原始數據、軟件、硬件都是我做的，為什麽不能說是我的呢？ ———唐駿
此外， 方舟子還對唐駿在大頭貼照相機和卡拉OK打分機專利問題上“造假”提出質疑。“壹、所有有關大頭貼照相機的英文介紹都指出，大頭貼照相機是1994年—1995年間由30歲的日本女人Sasaki Miho發明的；二、第壹個‘卡拉OK打分’專利是Pawate在1998年獲得的，之後Tanaka、Wakamoto也得過。唐駿沒有獲得過任何有關專利”。
對此，唐駿回應稱“大頭貼的雛形是由我發明的”，並稱自己把這個雛形賣給壹家日本公司，“從來沒有說我申請過大頭貼的專利，但是大頭貼專利的雛形是我，在任何場合妳看壹下我的演講稿當中都是以這樣的方式出現的”。至於卡拉OK打分機，唐駿說：“無論是技術也好還是設計想法也好都是我當年在學校裏自己想出來，然後把模型也做出來，我當時是通過壹個公司跟韓國公司進行談判，最後通過他們申請專利的。這個我覺得無論從技術也好還是從什麽也好我已經擁有了專利。”
唐駿“學歷門”或波及盛大
唐駿在接受中國之聲采訪時表示，他在日本攻讀了五年的博士，最後壹刻在日本放棄了博士論文答辯去了美國。言下之意，唐駿最終並沒有在日本拿到博士學位。
唐駿此言更是引發了眾人對盛大在2004年納斯達克招股書的質疑。2004年到2008年間，唐駿曾任上海盛大網絡發展有限公司總裁。方舟子在微博上指出，“盛大納斯達克招股書稱唐駿是太平洋西部大學電子工程和日本名古屋大學電子學的雙料博士：Mr. Tang holds a doc-torate degree in electrical engineering from University of Pacific Western, a doctorate degree in electronics from Nagoya University, Japan.” 。
“唐駿接受央視采訪聲稱，他由於沒有在日本獲得博士學位，感到很遺憾，所以才想到去讀美國大學的博士學位。但是盛大公司在納斯達克的招股書中聲稱，唐駿是日本名古屋大學電子學博士。可見這份招股書向股民提供了虛假信息。”方舟子說。
截至發稿時，盛大方面尚未就此作出回應。
西太平洋大學牽涉面甚廣
在方舟子質疑唐駿學歷造假之時，壹禹姓的北京某投資集團董事局主席在微博上發言，稱揭露別人文憑真偽是打掉別人的飯碗、“小人作派”，有替唐駿打抱不平之意。不料有網友發現，此人的學歷也包括被質疑的西太平洋大學。
事態的發展接著更加有戲劇性了。有網友進壹步挖出西太平洋大學工商管理博士的學員通訊錄。從網上已流傳出來的通訊錄中，羊城晚報記者發現裏面有壹大批公司董事長、總裁、總經理，還有出版社總經理、研究院院長等。有網友笑稱，禹博士這下把他的同學校友“都害了”。目前資料的真實性尚未得到證明，記者將對此繼續跟進。