京都·舞鶴港海域，日本海上自衛隊舉行了可以讓壹般民眾搭乘宙斯盾驅逐艦體驗航海活動。柯南、小蘭、毛利小五郎和少年偵探團等人也參加了活動，與全國各地聚集來的孩子們壹起，被裝備了電子武裝的高科技戰艦帶來的巨大魄力所震撼。突然，巨大的爆炸聲響起，緊張不安的氣氛在艦內蔓延。宙斯盾艦遭遇不明敵人的襲擊，演習變成瘋狂的現實！不久，海 全員水手服宣傳圖
面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員遺體被發現。因不安而害怕的蘭與偵探團等人，在自衛隊員的冷靜處置下平靜下來，但是仍不知道犯人的目的何在。在船上發現了遇害隊員的左手，時間停止在5:30 AM……針對異常情況，大阪、京都府的警察們也乘直升機前往開始調查，而船上，卻出現了本不該乘坐宙斯盾艦的謎壹樣的女自衛官——藤井七海的身影……挺身而出展開搜查的柯南，依靠追蹤眼鏡、新道具衛星電話手表，在灰原、阿笠博士，以及在大阪的服部、和葉的幫助下，得知某國間諜“X”已經潛入了艦內。這個間諜“X”到底是誰？和那艘可疑船只、消失的自衛隊成員左臂、謎壹樣的女性自衛官又有什麽關系？更令人震驚的是，間諜的目標竟然是日本全國！這次航海隱藏的巨大陰謀，遠遠超出了想象，將震動日本全境！間諜“X”的致命利刃已經瞄準小蘭！“絕對要找到我哦……因為新壹，是名偵探嘛！”相互交換的誓約，誓死守護的夥伴。柯南將於與看不見的敵人進行諜報戰，面臨危浪絕海的緊急任務！機智偵探VS狡猾間諜，誰將勝出？！