根據西本願寺侍臣西村兼文的說法，逼迫山南逃走的原因是基地轉移的問題。由於新選組把基地移轉到西本願寺，但因為隊員增加使得基地更為狹小，而且西本願寺的勤王色彩相當濃厚。和長州藩的關系也相當親密，使得土方想要壹舉根絕這個關系。所以土方堅決反對寺方遷移基地的要求並且中止這個行動。但勤王意誌相當強的山南則強力反對土方的作法，並且近藤和土方就這件事完全沒有交集。使得山南對於對方的作為相當不滿，造成山南終於下定決心脫離新選組。
山南對於當初以尊王攘夷為目的所組成，但實際上卻是不斷壓迫這些勤王誌士的新選組感到疑惑，因此決定脫逃。
和之後脫離新選組的伊東有密約，所以預先離開新選組。
根據平成10年所找到的浪士文久報國記事(永倉新八的手記)，元治元年(1864年)6月26日因為山南生病被從發生禁門之變的根據地調到新選組基地擔任守備工作而無法被寫入禁門之變的事跡裏，因此對於自己的病感到苦惱。