A市---未白鎮
B市---古辰鎮
C市---橙華市
D市---卡那茲市
O島---武鬥島
F市---凱那市
G市---紫堇市
1.壹開始主角搬家到了未白鎮新家後，進去家中2樓調整時間，接著媽媽會要妳去跟鄰居打招呼。去找另外壹個副主角和博士，結果發現研究所裏博士出去了，接著往城鎮北方走，就發現博士被蛇紋熊追，要妳把包包裏的神奇寶貝拿出來戰鬥，打完了之後回到研究所，小田卷博士為了感謝妳，就把剛才妳選的神奇寶貝送給妳。
2.接下來往北走，到了古辰鎮之後有壹個人，和他說話他會告訴妳商店功能，然後會送給妳補藥，這時繼續往北走到103號道路，副主角在那等妳，然後和他進行對戰，打贏之後他就回未白鎮了。
3.往回走到未白鎮後，到研究所博士就會給妳神奇寶貝圖鑒，而副主角會送妳神奇寶貝球五個，然後出去後看到媽媽在門口，和他說話就能得到跑步鞋，按著B就能跑步了。
4.從古辰鎮左邊過去就能到102道路，再來就到了橙華市了，進入橙華道館後發現原來館主是爸爸，然後還有壹個小孩，他要妳陪他去抓壹只神奇寶貝，抓完後再回到道館，原來這裏要先收集到四個徽章才能來挑戰，於是就先跳過。
5.往左走進入森林後會發現壹個人在找蘑蘑菇，結果這時水艦隊的人出現了，打倒他之後就跑走了，那個人就會送妳壹個超級球（600元的），再來他就走了。
6.通過森林之後有壹個花房，可以拿澆水器，這樣就能種樹果了，然後再往北就到那卡那茲市了。進入卡那茲市後左手邊的房子，裏面有壹個老人，和他說話可得到密傳機01壹字斬，然後神奇寶貝中心右上方有個神奇寶貝學校，和老師聊天可得先制之爪。
7.這裏的道館訓練家杜娟是用巖石系的，打倒之後就能得到招式機39巖石封印，和徽章了，這樣就能使用壹字斬了，出來之後看到水艦隊的人逃跑，後面有壹個人也追上去，之後往北走看到那個人，他說東西被水艦隊的人偷走了，於是往東走，在洞窟門口發現哈奇老人，他說他的小P被水艦隊的人搶走了。
8.接下來進入洞窟之後，發現水艦隊的人抓著小P，打跑他之後就把小P和主角還給主角，然後就逃了，接著把偷的東西拿回給那個人，他會帶妳去德文實業有限公司去見茲伏奇社長，他會送給妳口袋領航員，然後選單中就會出現這個項目了。
9.接下來往南走回去看到副主角，他說森林裏有看到哈奇老人帶著壹只神奇寶貝回去，往回走過了森林，到森林之口那個房子，和老頭說話他會送妳去武鬥島。
10.到了武鬥島之後，可以先去挑戰道館訓練家藤樹，是格鬥系的，打贏他之後就能拿到招式機08鍛練體格，還有徽章，此外也能使用閃光。
11.之後到北邊的山洞裏面，壹進去看到壹個人和他說話就能得到密傳機05閃光，然後再往裏走進去之後就發現大吾，原來他是德文公司社長的兒子，將茲伏奇社長給妳的信轉交給大吾，他會送妳招式機47鋼之翼。
12.接下來再和哈奇老人說話就能選擇到凱那市了，在海邊的海之屋，只要打完裏面的人，店長就會送妳好喝的蘇打（血可回60），裏面也有拍賣大會，然後重點是之前的選美會場已經改成戰鬥場了，在這裏面有個人和他說話可得招式機41。
13.接下來看到凱那市的海洋博物館，被壹大堆水艦隊的人包圍，先去附近的船工廠聊天後，出來就發現擋在門口的全不見了，接下來進去海洋博物館裏要50元，進去之後有壹個水艦隊的人會給妳招式機46，到二樓看到設計員時，突然水艦隊的人進來搶東西，這時打倒他們後就會和老大壹起逃走了。
14.離開凱那市之後往北方的110號道路走，路上有壹個機關屋，裏面有壹個機關大王，每打完壹個道館就能進入挑戰壹次，每次都能得到不同道具，路上還會碰到副主角,打贏他就能得到寶物探測機，通過110號道路後就來到了紫堇市。
15.進入紫堇市的腳踏車店,老板會送妳腳踏車[上是神速車,起步慢但很快，只要不撞到速度就能超快;下是跳躍車,輕但不快,按B能把頭拉起來跳石階]，進入紫堇市商店右邊的房子和人說話可得秘傳招式06碎巖。
16.回到凱那市[可利用腳踏車道回去]到凱那市的商店買壹種信紙[選單最後壹個就是了]然後回到紫堇市,進入紫堇市商店左邊的房子和壹位女生說話可用信紙換得代幣盒，就能在遊樂場玩小遊戲了，在凱那市道館外面有壹個胖子，和他說話就可學打滾功喔。
17.在紫堇道館門口，之前要妳陪他抓神奇寶貝的男生在那裏，打贏他之後就被帶走了，之後進入道館裏面挑戰，館長是用電氣系的，打贏之後可得徽章和招式機34。
18.往紫堇市西方的117號道路走，就到達E市。到E市的戰鬥場裏面有個女生，和他說話可得招式機45著迷，接著進入E市上方的洞窟,有二個人被石頭隔開了，幫他們把石頭弄碎後,其中壹個人會送妳秘傳招式04[怪力]，回到E市後再走回紫堇市。
19.往紫堇市北方111號道路前進,途中經過壹間房子並且和裏面的人進行四連戰，打完後進屋內和壹位女子談話可得矯正石膏。繼續往北走，但是因為風沙太大無法前進，所以只能轉向西方的112號道路前進。由於纜車入口被火巖隊的人擋住了,只能進入旁邊的山洞。
20.山洞出來後往右走發現已經繞過沙漠了,繼續往北走,有壹個人面對大樹,和他說話可得招式機43[可以用這做秘密基地],而右邊房子可以讓神奇寶貝恢復體力喔.繼續前進便進入113號道路,路上有壹個可疑小土堆,可得招式機32,繼續前進便來到了I市.
21.到I市後往左走，進入114號道路前有壹個房子，進入和壹個小不點說話可得招式機28挖地洞，然後屋子左下方有壹只神奇寶貝和壹個老人，和他說話可得招式機05吼叫，繼續沿著114號道路往下走會進入壹個山洞，往左走會發現火巖隊的人，正要開打時水艦隊也跑來，最後二個都會走掉。再往左走的上面可拿月之石，往下就出山洞了，繼續往下便回到卡那茲市了。
22.接下來回到紫堇市往上走轉112號道路，這時發現纜車入口沒人阻擋了，於是前去坐纜車到山頂。到山頂發現二個邪惡團都在互相打鬥，往左上走會發現火巖隊的首領在那裏，打敗他後他就逃了。另壹個邪惡團首領對妳說謝謝後就走了。這時就可以把隕石拿走了[之前火巖隊首領面對的機器].
23.往下走會看到火巖隊的人不知在做什麼，打敗他之後也沒發生什麼事。來到H市之後，在H市神奇寶貝中心左邊的溫泉區和壹個老婆婆說話可得到壹個蛋（以後會生出小果然）。H市道館右邊第壹間房子裏和壹個老人說話可得木炭（可以增加火系威力）。接下來就可以去打這個城市的道館了，是使用火系的要小心對付，打贏後可得徽章和招式機50，這時也能使用秘傳機04怪力了。
24.從道館出來後會碰到副主角，他會給妳通過沙漠的工具，這時妳就可以進入沙漠了，回到I市，到I市左下邊工廠給壹個人隕石，他會送妳招式機27（報恩）。
25.接下來到沙漠裏，最下面深處有招式機37，沙漠中會不定時的出現壹座塔，進入後往上走（要用音速腳踏車通過）到最頂會有二個化石，選左邊是觸手百合（巖、草系），選右邊是太古羽蟲（巖、蟲系），把化石拿到卡那茲市的德文有限公司就能生出來了。
26.這個時候就可以回橙華市和爸爸千裏對決了，他是用普通系的，打贏後可得到徽章和招式機42，這時有個人出現並帶妳回他家，就可以得到秘傳機03（沖浪），這時就能遊泳渡水了，回壹開始主角居住的未白鎮和媽媽說話，可得到禦守小判（持有者戰鬥能拿二倍錢）。
27.這時可從橙華市渡海往武鬥島轉凱那市方向前進，中途可和訓練家打來提升等級，在108水道上有深船，裏面有招式機13（急凍光線）可以拿（要到船的二樓拿到鑰匙才能打開有招式機13的房間）。
28.回到紫堇市之後，發現道館館長在外面閑晃，和他說話能得到發電廠鑰匙，紫堇市下面腳踏車道下方的水域右上方有個山洞，用鑰匙進入之後，到最深處按下紅色按鈕就可以回去了，記得按鈕旁邊有雷之石可以拿喔，回到紫堇市後，和在外面的館長說話，可得招式機24（10萬伏特）。
29.往118號道館路，渡水後看到壹個釣魚人，和他說話可得普通釣竿，而繼續往右走會碰到大吾，說完話後繼續往右走到123號道路，這有樹果可以拿，接下來往左轉進119號道路前進。
30.119號道路前進到最上方時，會發現右邊的橋被水艦隊的人擋住，先進去左邊的天氣研究所，大樓壹樓左邊的房間的床可以休息恢復體力，把水艦隊的人打跑後他們就逃了，博士為了感謝妳會送妳漂浮泡泡（身上有帶神秘水滴），過橋後就會發現副主角，打贏他後可得秘傳機02（飛天），再往前走就到J市了。
31.J市上方第二個屋子和老婆婆玩猜謎，贏三次可得招式機10（覺醒的力量），J市道館被不知名的東西擋住了，這時先往右方120號道路前進，過橋時發現大吾在那裏，和他說話可得到瞄準器，就能使擋在道館前的變隱龍現身了。
32.J市道館的館主是用飛行系的，打贏後可得到徽章和招式機40，接下來往120號道路前進，之前那個橋下面水域有個山洞，裏面有招式機11可拿（日本晴天），壹直沿著120號道路走，接121號道路前進，走到岔路發現水艦隊的人往下跑了，先不要理他們，往右邊走就來到了K市。
33.到K市後補充壹下體力，副主角這時在百貨公司門口，打贏他後就走了。這時往剛才水艦隊走的方向前進，到122水道的送神山（中間的島）。如果先繞過島到123號道路，在樹果群旁有壹個女生，帶草系神奇寶貝和他說話可得招式機19。
34.接著就到送神山，裏面有寶物可拿，而到外面的最上面，發現水艦隊的老大，因為二個寶珠都被拿走了，玩家會從老婆婆身上拿到火巖隊員證，還記得之前在坐纜車到第四道館的路上，之前不是有火巖隊的人擋住嗎？現在已經可以進入了。
35.打完火巖隊所有人到最裏面，看到固拉多和火巖隊的首領，他把固拉多喚醒之後固拉多就走了，而打敗火巖隊的首領之後就不見了。接下來到凱那市的港口，看到許多人在那，這時水艦隊把潛水艇給偷走了。
36.回到K市，K市右上方就是水艦隊的基地，打到最裏面之後還是讓潛水艇逃了，這時出來後往L市前進。在L市神奇寶貝中心左邊樹中有壹個人，和他說話可得王者之證，L市右上方小房子裏和人說話可得超級釣竿，而右邊是壹座火箭發射中心，進入後和壹個人說話可得太陽之石，而在壹樓發現大吾，而前面桌子上有火巖隊的預告信，似乎想做什麼事。
37.先去打L市的道館，館長是雙胞胎用的是超能力系，而且是2對2的戰鬥，打贏後可得徽章和招式機04。
38.這時到火箭發射中心，這時發現火巖隊的人都去那了，趕快前往火箭發射中心裏打火巖隊，打到後面會發現大吾，這時會和大吾組合2對2，對抗火巖隊的首領和幹部，打跑火巖隊之後到L市左上方的房子會看到大吾，他會給妳秘傳機08（潛水），這樣就可以潛入水中了。
39.潛入L市下方水道裏（有深藍色海水的地方），壹直走會發現壹個小洞，進入後發現潛水艇，這時就可以浮出水面，進入山洞後就會發現很多水艦隊的人，打到山洞最深處會發現水艦隊的首領和蓋歐卡，打敗首領之後他就喚醒蓋歐卡了，但蓋歐卡跑掉了，而火巖隊也沖進來，結果出去發現天氣異常，壹下子大雨又壹下子晴天，而二個首領說完話就都跑了，這時大吾出來要妳去M市，說完就走了。
40.到M市要潛水過洞後才能到（附近有白色石頭的地方潛水就對了），到M市發現固拉多和蓋歐卡在互相打鬥，而在M市道館看到火巖隊和水艦隊的首領，也不管他們，來到M市左邊發現大吾，他會帶妳到壹個山洞，進入後找到壹個人，和他說話選第三個選項（天空之柱），之後出山洞前往天空之柱。
41.天空之柱位置在131號水道上方，上到最頂樓發現烈空坐，結果往前看時就跑掉了，之後回到M市，烈空坐出現把固拉多和蓋歐卡弄走了，自己也跑掉了。和水艦隊的首領說話後他就走了，然後和道館前的那個人說話可得秘傳機07（爬上瀑布），接下來就可以打道館了。
42.M市的道館是使用水系的，打贏後可得徽章和招式機03，M市左上方民宅裏和人說話可得招式機31。
43.回到K市，到選美會櫃臺說話可得能量方塊盒，這樣就能進入K市郊外的狩獵區了，裏面有招式機22可拿（陽光烈燄），到送神山後發現火巖隊和水艦隊的首領在那，他們壹看到妳就走了，和老公公、老婆婆說話可得知以前的事。
44.這時往129、130、131號水道走就來到N市，N市左下方房子裏和人說話可得招式機27，N市往左遊是潮流區，途中也有寶物可以拿喔。
45.回到128號水道，往右走後用爬上瀑布爬上去，接下來進入山洞，裏面有很多訓練家要打，在裏面還會碰到之前綠頭發的那個小孩喔。
46.出洞口後往北走就到了打五天王的地方了，準備挑戰吧，第壹個天王是用邪惡系的，使用格鬥系招式打吧，第二個是用幽靈系的，使用邪惡系的招式對抗吧，第三個是用冰系的，用雷系和格鬥系招式打吧，第四個是用龍系的，用冰系招式就可以輕松過關，最後壹個天王是前紅藍寶石的第八道館館長，是用水系的，用電氣系招式打吧，打完後就破關了。
47.破關之後在家裏會發現爸爸，和他說話可得壹張船票，這時電視上出現新聞，有神秘的神奇寶貝出現，媽媽就會問妳是什麼顏色的神奇寶貝，選上面是紅色，選下面的藍色，選藍色的話在地圖上隨機碰到拉帝奧斯，選紅色的話在地圖上隨機出現拉帝亞斯。
48.出門之後發現小田卷博士和副主角，之後他就帶妳回研究所把妳的圖鑒擴充為386全國圖鑒，接下來到凱那市的港口，用爸爸給妳的船票坐船，而船上也有訓練家可以打喔，船上也有人給妳招式機49，船底部的垃圾桶裏有「吃剩飯菜」，在下面第二個房間和床說話可休息，就到了K市，再和小姐說話則多出另壹個選項，選第二個就可以到「戰鬥領域」。
49.在戰鬥領域最右邊有壹個奇怪的樹，用澆水器去澆他，結果是胡說樹，等級40，把他抓起來吧。
50.回到I市，之前給妳招式機28的房子裏，發現山洞已經通了，進到最裏面可以得到化石，拿給卡那茲市的德文公司之前幫妳生出來的博士，就可以得到之前在沙漠之塔拿不到的另壹只喔。
51.破關之後到狩獵區就發現左邊有新增地區，可以抓壹些金銀版的神奇寶貝喔。
52.到流星瀑布（114號道路和卡那茲市交界山洞）的左上角深處有出現新的洞，走到最裏面發現大吾，可以和他對戰（等級七十幾級，不好對付）。
53.接下來就準備抓神獸了，去抓吼鯨王（由吼吼鯨40等進化，在124到128水道上用超級釣竿釣）和古空棘魚（在M市附近潛水的深海草叢裏，出現率極低），然後到134號水道有個可以潛下去的小地方，壹潛下去後往下走，看到墻上點字後浮上來，走到底看著點字，然後使用挖地洞（招式機28），進入後到最裏面的石頭，把吼鯨王放隊伍最前面，把古空棘魚放隊伍最後壹個，再去調查點字發生震動就OK了。
54.這時就可以去抓三石像了，到沙漠那裏發現下方有洞，打開進入後在點字中間地方向左走3步後，再向下走2步，使用秘傳機06（碎巖），洞就開了，進入後發現等級40的雷吉洛克，把他抓起來吧。
55.然後到120號水道也是有幾個石頭包圍的地方有個洞，進入後看了點字後，在洞的中間地帶使用秘傳機05（閃光），洞就開了，進入後發現等級40的雷吉斯奇魯，把他抓起來吧。
56.然後到105號水道，左邊也有類似的石頭，進入後看了點字，沿著墻壁邊順時針走壹圈洞就開了，進入抓等級40的雷吉艾斯吧。
57.到天氣研究所二樓和研究員說話，他會告訴妳哪條路天氣異常（下雨或大晴天），聽完之後馬上趕到那條路，就會找到壹個突然出現的洞或是深海小潛水處，進入後就會碰到固拉多或蓋歐卡了，等級70。（第壹次抓固拉多的話，再去研究所，第二次就是抓蓋歐卡，如果第壹次是蓋歐卡的話，那第二次就是固拉多）
58.到131號水道上方的天空之柱，利用音速腳踏車沖到最頂樓（很難走，有的地方要壹口氣沖過去），就可以抓烈空坐了，等級70。
59.接下來就可以到戰鬥領域盡情的玩了，如果妳有練50等的隊伍那就更好打。除了在那有許多好玩的設施，得到點數後還可換道具、補品、大的娃娃、招式等等。戰鬥領域介紹