《靈異之城第四季》壹個秘密小鎮的歷史，當二戰行將結束之際，核爆的陰雲籠罩在廣島和長崎的上空，美國在日本廣島和長崎投下了兩枚原子彈，同時也昭示著壹個新的悲劇式的道理誕生了：科學和技術在人類社會發展的歷史中將長期處於主導地位，特別是在國家安全領域。誰先擁有先進的科學技術，誰就能在死亡競賽中占據上風。美國自二戰以來，壹直奉行這樣的立國之道，潛心發展各領域的科學技術，並第壹時間將其應用於軍事用途。科技的發展對我們所處世界的安全所造成的影響是顯而易見的。美國差壹點就在核競賽中失利，它也不會有如此的好運。
由於得到了阿爾伯特·愛因斯坦和其他高級科學顧問的指導，美國原總統利·S·杜魯門在遙遠的太平洋東海岸地區建立了壹個高度機密的研究區域，在這裏秘密培養美國最有價值的壹些智力資源，為保護美國的強盛地位和延續科技發展而服務。在這裏，美國最偉大的思想家和超級天才們試圖研制跨世紀的科學成果。這個小城風光秀麗、風景如畫，不遜色任何壹個類似的小城，但唯壹有壹點不同：這個小城在任何地圖上都找不到，甚至連五角大樓的絕密情報中都不曾提及，即在太平洋西北部偏遠的地區設立壹個住宅區，用以保護和照料全美最珍貴的人力資源。在那裏居住的將是全國最偉大的思想、致力開創科學新紀元的天才科學家。在這裏他們將受到最悉心的照料、獲得最佳的科研環境。
最頂尖的建築師和規劃師們被召集到壹起，來打造壹個適宜這些超級天才居住的社區。這裏能為他們的孩子提供最好的教育，為他們提供最好的醫療服務，在這裏生活的每壹個人都能這個地方能為他們的孩子提供最好的教育，最好的醫療服務，最好的生活福利設施以及生活質量。建設中的小鎮堪與美國任何壹個田園風光優美的小鎮相媲美。他們之間只有壹個區別：即這個小鎮不會出現在任何地圖上。至少在五角大樓也被列為“最高機密”。
小城Eureka（尤利卡小鎮）就此誕生。但是對所有熟知小鎮的人而言，掩藏在戲劇性秘密背後的所有事物都很平常。城裏那些總是心事重重的教授、博士們的存在肯定有某種原因，但居民們不願過問。在過去的五十年時間裏，居住在Eureka裏的研究精英們在科學技術方面的研究成果取得了質的飛躍。不幸的是，科學探索卻總是不像人們想象的那樣順利，壹些試驗走偏了方向，結果生產出古怪的副產品。
從無私的奉獻到職業妒忌，從埋頭於實驗至失敗的沮喪，生活在小鎮上人所面對的問題：是如果應對每天的挑戰。但是小鎮上人們具有聰穎的天賦，扭曲的心理和無限的資源，這些都成為小鎮所憂慮的壹大問題。人性弱點與重大科學發現在此交錯，壹切都從小鎮開始……
加利福尼亞西北部有壹座平靜安詳的小城，毗鄰北太平洋，木材業、捕魚業和旅遊業是其經濟的重要來源。人口僅有2萬余人。但不為人知的是，這個小城隱藏著壹個巨大的秘密：政府多年前就把世界上最聰明的壹些天才及他們的家屬安排到這個每天都在改革和混亂中搖擺動蕩的小鎮定居。聯邦司法長官Jack Carter在壹次執行任務中，車子意外在小城拋錨，困在當地進退兩難。但是，古裏古怪的小城很快讓他倍感疑惑。當地那些行為怪異的居民釋放出了對這個世界來說還是未知之數的科學產物，產生了巨大恐慌。Carter試圖恢復當地的秩序，並逐漸了解了這個小城背後所掩蓋的驚天秘密，這個秘密多年來壹直是美國政府竭力掩蓋的最大秘密……
從發自內心的熱愛到怨恨嫉妒，從沈溺上癮到悲傷消沈，小城尤裏卡的居民們在日復壹日的生活積累中逐漸產生了越來越多的問題。雖然單個問題並不足為奇，但是伴隨著這些居民獨特的天才、有病的心理狀態和十分有限的資源，這些小問題逐漸演變成不可收拾的大問題。《小城疑雲》的故事起始於壹個十字路口式的博奕，在這裏，人類的意誌和科學帶來的超級變革發生碰撞、發生抵觸。