結局：凈天教進攻鎖妖塔行動失敗，返回凈天教總壇，四大家族也返攻上山。當枯木與龍幽交談之時被唐風發現，刺殺了枯木結果被凈天教眾人發現，最後被姜世離關押在地牢中。
此時枯木已經覺得那具身體即將隕滅，而瑕的到來令他產生奪瑕的身體作為傀儡的念頭。當碰見夏侯彰時，枯木現出身份——夏侯韜，然而枯木沒有留情，殺了夏侯彰與其隨從。之後，瑾軒趕到，發現枯木與二叔竟是同壹人。枯
木解釋瑕與夏侯韜是他附身的人選，他們只是他在人界的宿體。本身瑕在十六年前的大地動裏已經死去，因為附魂玉在瑕體內才能使瑕存活。當眾人打敗枯木之後，枯木施展招數假攻夏侯瑾軒，瑕為了保護夏侯瑾軒而喪命。枯木被暮菖蘭刺中倒下，魂魄飛離。
三人隨後來到司雲崖準備安葬瑕，誰知枯木魂魄忽然附身到瑕的身體，刺傷瑾軒與暮菖蘭。瑾軒因瑕之前所贈之玉擋住而保住性命，暮菖蘭卻因此重傷。瑾軒只能孤身壹人去找被枯木附身的瑕，並承諾暮菖蘭無論生死壹定會將瑕帶回來，隨後找到了枯木。枯木向瑾軒道出了他策劃的整個陰謀，瑾軒與其交戰。
最終瑕魂魄還有壹絲殘存使枯木不能施展法術，為了人間的安寧，瑾軒不得已痛苦的用瑕的劍刺向了瑕的身體，瑕的魂魄最終蘇醒過來，用自己最後的力氣將瑾軒推開致使他不落入懸崖，掉下了山崖。瑾軒落地後，看到瑕落下去後立馬跳下山崖，拼命地想抓住瑕的手。隨後暮菖蘭趕到，崖上卻只見壹只破碎的毛筆，再不見夏侯瑾軒和瑕。
遊戲彩蛋：之後數月，凈天教被四大家族和蜀山派圍攻失陷，姜世離被封印，血手將神農鼎送往魔界隨後被青石、玉書打敗。唐風將其女唐雨柔交付給草谷醫治。夏侯家因兩位門主的去世與少主失蹤最後由遠房接管逐漸敗落。而皇甫卓成為皇甫門主並扶持歐陽家。歐陽倩隱居蒼木山，為其子取名姜雲凡。暮菖蘭壹直在等夏侯瑾軒與瑕的歸來。當暮菖蘭再次來到司雲崖來看望他們的時候，突然聽到背後有匆匆的腳步聲...故事結束。
擴展資料：
角色介紹——
1、夏侯瑾軒
男主角。武林四大家族之壹的夏侯家的少主，明州人氏。不喜舞槍弄劍，專愛趣聞逸史，讓父親夏候彰深感恨鐵不成鋼。好在其二叔夏侯韜（實為魔翳）指導仙術符法，故有所涉略，沒淪落到手無縛雞之力的境地。雖然喜歡讀書，博覽群書；但他卻不是壹個死讀書、固執己見，有時也會有壹些出人意料的鬼點子與異想天開，在遇到問題時，他常能冷靜地分析出最合理的解決辦法。
2、瑕
女主角。幼時神州大地震，母親經逢生產，不及逃生死亡，其父在瑕有次長睡不醒誤認死亡，在下葬時意外覺醒，使之父女倆被趕出村莊，四處流浪，其父賣藝賺錢為瑕治病之余，仍對於需要幫助之人伸出援手，間接形塑瑕的個性大方、凡事樂觀。在父親因病過世後，投身賣藝以維持生計。
3、暮菖蘭
相貌與身材出眾的女俠，為了錢不論什麽樣的委托都會接，壹開始懷著目的接近男女主角。但在很愛財的面目下，是個為了村子盡心治病的溫柔女兒心。
4、姜承(姜世離)
原歐陽世家的四弟子，為人沈穩內斂，做事認真，不愛多說話，但內在不乏細膩之處，與夏候瑾軒相交十余年，對師傅歐陽英非常尊敬。因為不擅交際，而被大多數同門弟子疏遠，又因和歐陽二小姐歐陽倩關系親密，而遭到同門眾多弟子的嫉妒。因魔翳的計謀而被趕出折劍山莊，後被誣陷，在悲憤中更名為姜世離，創立凈天教。五前結局被蜀山封印，20年後被其子姜雲凡放出（仙劍五正傳劇情）。
5、謝滄行(罡斬)
行走江湖的神秘男子，個性悠然自在，不在意小節，臉皮厚，卻又粗中帶細。喜歡喝酒，因緣際會成為夏候瑾軒護衛之壹，對瑾軒等人頗多照顧。實則為蜀山派長老，道號罡斬，喜好與他人比武，樂而不疲，武林四大世家門主均對其頭疼，曾與蜀山掌門壹貧大戰三日三夜而不分勝負，被人評斷他的劍術修為堪比昔日劍聖。與師姐草谷互為知心好友。用生命加固蜀山鎖妖塔封印後死亡。