《謎之彼女x》是屬於校園戀愛喜劇動漫。故事的男主角椿明本是壹名普通的都立風見臺高校2年生，但自從壹位充滿了謎的轉校生蔔部美琴到來的時候，椿明的校園生活也變得不再普通了。蔔部美琴是壹名並不會進行社交活動的孩子，她的興趣是在上下課間的小休睡覺。但有壹天，椿明卻在她睡覺中叫醒了她，並不小心地舔了她的口水，而美琴也因此而喜歡上了椿明。
謎之彼女x說明
在都立風見臺高中，椿明是壹個極其普通的男孩，不知什麽時候，椿明開始註意到新來的轉學生波蔔美琴。美琴有著用剪刀剪碎壹切的可怕愛好，就是這樣壹個古怪的女孩，椿明居然因為無意間接觸到了她的口水而深深地迷上了她。
就這樣，明和美琴之間奇異的戀愛開始了。對於明來說，美琴的壹切都是謎，對於從來不主動開口說話的美琴，口水似乎成為了他們之間唯壹有效地交換感情的方式。隨著交往的深入，明逐漸地發現，對於戀愛，其實美琴有著意外天真和害羞的壹面，而美琴的性格，並不如表面上所看到的那樣孤僻。