研究設計不同：隊列研究通常將人群按照是否暴露於某可疑因素及其暴露程度分為不同組，然後追蹤各組的結局，以判斷暴露因素與結局之間有無因果關聯及關聯大小。病例對照研究則根據是否患病來分組，將已確診患有某疾病的病人作為病例組，未患該病但具有可比性的個體作為對照組，通過查詢、實驗室檢查或復查病史，搜集研究對象既往對各種可能的危險因素的暴露史。
數據收集不同：隊列研究需要長期追蹤，因此通常需要較大的樣本量和較長的時間來收集數據。病例對照研究則通過回顧性收集數據，其樣本量相對較小，且通常能在較短的時間內完成。
結果分析不同：隊列研究的結果分析通常需要應用復雜的數據分析和統計方法。病例對照研究的結果分析則通常基於壹些基本的統計分析方法。