1、乙酰化修飾可以增加蛋白質的疏水性，從而使蛋白質更容易聚集形成穩定的結構。甲基化修飾不會改變蛋白質的疏水性，因此對蛋白質的穩定性影響小。
2、乙酰化修飾可以影響蛋白質的電荷分布，從而改變蛋白質之間的相互作用。這種相互作用可以增加蛋白質的穩定性，減少蛋白質的降解。甲基化修飾對蛋白質電荷分布的影響小，因此對蛋白質穩定性的影響也小。所以乙酰化穩定。