雖然看上去BW和BM與從前的TF對比有點面目全非，但是在情節上，它們始終是緊密相連，環環相扣的。黑猩猩隊長就是在擎天柱（OptimusPrime）留下的信息及核心電腦的幫助下了解到了變形金剛的歷史及塞伯特恩的三大核心——能源寶(matrix) 、魔力神球(omega)、 核心電腦(oracle)的 。劇集中也多次出現壹代變形金剛和“方舟”（Ark，汽車人當初墜落到地球的那艘飛船）等鏡頭。劇集中也多次出現G1變形金剛（不過大多都是屍體）。值得壹提的是，電子城中屹立著在擎天柱（OptimusPrime）手持金盤的巨像，史上最偉大的軍事家大力神和金剛俠甚至被超能無敵龍直接調入戰場. Beast Wars 隨著戰鬥的深入，壹些奇異的情況被發現，原來這裏是外星人“沃克人”的試驗場，外星人抓住了黑猩猩，並對他進行了掃描，因為黑猩猩是穿越時空來到這裏，所以沃克人通過掃描看到了未來，連宇宙大帝都被他們擊敗了，所以沃克人心生恐懼，決定摧毀這裏。天上的兩個月亮之壹開始變形，原來這是外星人的終極武器。但黑猩猩登上平衡艙，撞擊外星人的武器，導致了壹場量子風暴，使地球避免了被毀滅的命運。 外星人消失了，但危機還沒有解除，根據金盤的記載，人類幫助汽車人打敗了霸天虎，而人類會在某個山谷中出現，現在生活在峽谷中的類人猿就是人類的祖先，為了改變歷史（未來），霸王龍決定殺死這些類人猿！但在恐龍勇士的努力下，類人猿逃過了壹劫。 更令人吃驚的是還在後面，墜毀於地球上的汽車人飛船“方舟”被發現了。至此，雙方認定這就是史前地球。此時汽車人還在飛船中休眠，霸王龍企圖殺死擎天柱以改變歷史，但黑猩猩和黃豹修復了擎天柱，保證了歷史的正常發展。 鬥爭更復雜化了，霸王龍發現了墜毀的霸天虎飛船“報應號”，並企圖用這架飛船摧毀方舟，關鍵時刻，巨無霸中的犀牛勇士駕駛救生船撞毀了報應號。 裝載著超時空程序的飛船再次發射了，巨無霸們踏上了回家的路程，然而，他們並不知道，從報應號中脫身的霸王龍正扒在飛船的外面，和他們壹起向賽伯坦星駛去......（第二部）第壹季（SEASON 1） 第1集 新生 猩猩將軍（黑猩猩隊長）遭到壹群機器人士兵人追殺。在逃亡過程當中，他先後遇到了昔日的戰友精靈鼠（老鼠勇士）、豹司令（黃豹勇士）和毒蜘蛛（蜘蛛勇士）。四個眾誰也不會變身了。猩猩將軍意識到與他們相遇不是偶然，而是有人指引。最後，他們來到壹個地方，見到了聖賢電腦。聖賢電腦把猩猩將軍的電腦與矩陣接通，為他們重新格式化，使他們重新具有變身能力。 第2集 再爭霸主 猩猩將軍等不知為何變成了機器和動物的中間體，無法完成變身了。為了擺脫野獸形態，他們必須找到自身的平衡。在電子城，三人再次遭遇無敵龍（霸王龍），他猖狂地稱電子星（賽博坦）已成為他的領地，也就是變形機器的世界。猩猩發誓壹定要結束這場惡夢，爭霸之戰將再次拉開帷幕。 第3集 記憶之火 </B> 在毒蜘蛛的記憶深入，總能聽到壹個深情的聲音在呼喚。為了回憶起以前的事，毒蜘蛛保持機械形態深入虎穴。擔心她的精靈鼠也尾隨而至。無敵龍的新手下壹利劍飛船、暴風摩托和坦克戰車對他們百般阻撓。就在千鈞壹發之際，猩猩將軍及時趕到，他不想失去任何戰友。 第4集 熟悉的火種 猩猩將軍等四人出來尋找將軍吉星和霹靂俠的火種。猩猩將軍總有壹種感覺，它們就在附近。無敵龍的三個爪牙正在四處尋找巨無霸們，想把他們消滅得到無敵龍給的獎勵。猩猩將軍感到坦克車的火種很熟悉，設法與他溝通，並壹度說服了坦克戰車。可是，無敵龍很快又控制了坦克戰車。回到訓練基地，猩猩將軍陷入深深的深思當中。 第5集 禁果 猩猩將軍、豹司令、毒蜘蛛、精靈鼠壹行在迷宮中遇到了大戰的幸存者－－蝙蝠俠。在蝙蝠俠的訴說中，他們了解到電子星的過去以及他之所以能夠幸存下來的原因。他們知道要想解救電子星，必須解開未來種子之謎。為了解救蝙蝠俠，猩猩將軍身負重傷，他的行為感化了蝙蝠俠，最後，大家齊心協力打敗了無敵龍手下的進攻。 第6集 趁人之危 當巨無霸遇到危險時，精靈鼠為朋友著想，在情急之下變身成功，但是朋友的不理解使他痛苦萬分。他要跟無敵龍談壹筆交易，承諾保證無敵龍急需的壹晚安寧以換得先進武器。但是到最後無敵龍卻要精靈鼠趁人之危下黑手，精靈鼠終於明白了其實自己很強大所以並不需要無敵龍的武器。 第7集 新發現 </B> 猩猩將軍等被變形機器追得四處奔逃，他不想再躲無敵龍了。在與暴風摩托的交鋒中，毒蜘蛛不幸被打敗。然而奇怪的是，暴風摩托在關鍵時刻又救了她。毒蜘蛛終於明白，暴風摩托等變形機器正是被無敵龍吸走火種的巨無霸。挽救同伴是他們義不容辭的責任。 第8集 突襲 猩猩將軍似乎有什麽秘密不願告訴大家，為了爭取他的信任和重視，豹司令決定帶領毒蜘蛛三人單獨行動。由於知道了暴風摩托等變形機器很可能是被無敵龍吸走火種的巨無霸，他們計劃就從突襲變形機器開始。然而，事情並非如想象的那樣容易，突襲行動遇到了阻礙。 第9集 猩猩將軍的啟示 經過多方接觸，豹司令和精靈鼠發現坦克戰車頭腦中裝的是將軍吉星（犀牛勇士）的火種。他們多方向坦克解釋，可是將軍吉星的思維好像被什麽東西禁錮，仍然相信無敵龍而無法解脫。就在他們要強制改變坦克的火種時，猩猩將軍趕到，阻止了他們。他想讓將軍吉星自己慢慢明白過來。 第10集 幸存者 無敵龍想驅除自己體內的獸性缺點，可總是失敗。只有抓到蝙蝠俠，竊取他的變形程序凈化才能成功。在逃避無敵龍手下的追擊過程中，蝙蝠俠發現了壹個神秘的山洞。在那裏留有大批的骸骨。蝙蝠俠對自己過去的行為痛悔不已。坦克戰車心懷鬼胎，妄圖控制整個星球。 第11集 鑰匙 正當猩猩將軍和豹司令為作戰重力爭論不休時，坦克戰國發現了通現西格馬向量的鑰匙，它要利用這強有力的武器消滅巨無霸和無敵龍。對此壹無所知的無敵龍還以為坦克戰車消失了。坦克戰車暗中得意，因為它相信不會再有人來幹涉它實現計劃，它將壹個人獨享通向新電子星的鑰匙。 第12集 催化劑 </B> 毒蜘蛛壹心以為霹靂俠（閃電勇士）的火種被困在暴風摩托中，它是用有機核作為催化劑喚醒它。但令它失望的是暴風摩托中的火種原來是澳洲蜂（黃蜂勇士）的。被困的利劍飛船中的原來是霹靂俠的火種，毒蜘蛛暗下決心壹定要救出霹靂俠，坦克戰車已做好了大決戰的準備。 第13集 終結者 無敵龍決定除掉電子星上所有的巨無霸，猩猩將軍也打算率部下全力以赴。猩猩將軍受“聖賢”指引，來到了所謂的等離子能量室，誰料到這竟然是坦克戰車設下的陷阱。精靈鼠、豹司令和毒蜘蛛不幸被擒，猩猩將軍激怒了。 第二季（SEASON 2） 第14集 失落 </B>經過壹番激烈的戰鬥，巨無霸和原始獸兩敗俱傷，而且雙方都損失了自己的領導人物。巨無霸中余下的人希望與原始獸和解，被原始獸拒絕。猩猩將軍在矩陣中經過激烈的鬥爭，從根本上理解了這次任務的性質，通過了巨大的考驗，又回到了戰友們中間，為恢復電子星的生機繼續努力。 第15集 雙龍壹體 不知為什麽魔幻龍總是被無敵龍的大本營所吸引，蝙蝠俠想幫這位新朋友查明原因。魔幻龍無法控制變身野龍，巨無霸受到威脅。但這壹切絲毫沒有動搖蝙蝠俠的決心。可是最後魔幻龍不見了，無敵龍走了出來。這到底是怎麽回事呢？ 第16集 真相大白 成功返回塞博特恩的黑猩猩們被壹支神謎的機械軍團所包圍,巨無霸喪失了變形能力和部分記憶,“未來的種子深埋在過去之中”壹聲神秘的呼喚將巨無霸們召喚到了地下…… 第17集 毒蜘蛛的心 精靈鼠用火種提取器改裝成壹個DNA掃描儀，毒蜘蛛把利劍飛船引進壹個山洞，結了壹張網，把飛船罩住，又把他變回了霹靂俠。在壹場戰鬥中，無敵龍用壹種磁力裝置抓走了猩猩將軍和豹司令，毒蜘蛛說服霹靂俠和他壹起去救他們，可是卻被無敵龍引進壹個圈套。經過激烈的思想鬥爭，霹靂俠決定幫助毒蜘蛛救出猩猩將軍二人。回到基地後，霹靂俠又想離開，毒蜘蛛追上去，溫柔地勸他留下來。 第18集 挑撥離間 霹靂俠終於回來了，巨無霸們非常高興。但是不知道為什麽，大家爭吵起來甚至大打出手，就連毒蜘蛛和霹靂俠也不例外。萬般困惑的猩猩將軍被無敵龍“請”走。猩猩將軍意識到問題的嚴重性，他很清楚又是無敵龍在搗鬼。原來霹靂俠感染了壹種可以傳染的“仇恨病毒”，團結壹致的巨無霸終於戰勝了理論上不可消解的病毒。 第19集 重返故土 猩猩將軍決定率眾勇士前往墜毀的飛船尋找幸存者，不料途中遇到壹株奇怪的植物的襲擊。就在大家不知如何應對之際，猩猩將軍通過重新格式化喚醒了怪植物。原來怪植物真實的身份也是巨無霸，名為樹神，只是中了無敵龍的毒。修復之後的她為猩猩將軍的隊伍註入了新的力量。 第20集 新來的將軍 巨無霸的力量壯大了，而原始獸只剩下暴風摩托壹個幹將，又壹再打敗仗，於是無敵龍用他搶來的火種又做兩個將軍，大力神和金剛俠。這兩個人是天才的軍事專家，他們假裝失敗，把全體巨無霸引入壹個無法逃脫的地方，想搶走他們的火種。這裏，壹心只想搞研究的樹神受到火種的啟發，及時趕到，救出了被困的巨無霸。 第21集 搜尋行動 猩猩將軍命勇士分頭去找火種，被分到壹組的精靈鼠的樹神起初似乎都不大情願，然而兩人在戰鬥中建立了友誼。火種沒有尋到，卻尋到了無敵龍，他狂妄地稱猩猩將軍的末日已到，因為他下載到了聖賢的信息。然而道猩猩將軍技高壹籌，他也借機進入了無敵龍的信息庫，並掌握了火種的確切位置。 第22集 火種大戰 無敵龍奪取了大量的火種，企圖實現機體的升級。猩猩將軍他們兵分倆路去偵察無敵龍的行蹤。他們邂逅了壹個新的生物－－魔幻龍。在阻止無敵龍升級的過程中，魔幻龍英勇犧牲。在他精神的鼓舞下，巨無霸們決心戰鬥到底。 第23集 黑暗的火種 巨無霸正沈浸在消滅無敵龍的快樂中，但是教訓提醒他們，無敵龍也許還在茍延殘喘。正如他們所料，無敵龍變成了壹個電子，它要收拾掉巨無霸，因為只有巨無霸的火種裏存在可以對付電子的正電子。幸虧精靈鼠及時識破此計，並把電子極化。無敵龍束縛在壹個非常小的軀體中，但是他並沒有屈服。 第24集 力挽狂瀾 猩猩將軍決定待完全修復電子星之後再把火種放回眾勇士的身體，然而此時無敵龍再奪火種的念頭仍然沒有打消，因為防護屏的啟動，樹神的生命芨芨可危，為了挽救樹神，精靈鼠采取了冒險之舉，本以為因為失重而將毀滅的猩猩將軍等人，終於又在精靈鼠的努力下活了下來，也許這真的是結束的開始，無敵龍會再搶走火種嗎？ 第25集 激戰 巨無霸打算利用原始獸維修風火輪的時間展開反擊，但事情並不象他們想地那麽簡單。猩猩將軍最後壹次召喚電子星聖賢，聖賢把自己的力量加給猩猩將軍。這時無敵龍的新軀體（《超能勇士》黑猩猩的狀態3）已經完成，他要把火種轉移到新軀體中，戰鬥異常激烈。 第26集 未來的種子 決戰的時刻終於來到了，無敵龍收集了大量的火種，企圖完成升級，為了解救電子星，挽救矩陣，猩猩將軍奮勇與無敵龍搏鬥，身負重傷，他向無敵龍說明了保持電子星上有機物和無機物平衡的重要性，無敵龍壹意孤行，不得已最後猩猩將軍采取行動，同無敵龍同歸於盡，電子星獲救了，迎來了曙光，得到重生。
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