54（56） 電玩公司殺人事件
118（124~125）浪花連續殺人事件★ *
128（135）黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創）
129（136~139）來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★
176（190）與黑衣組織的再會（灰原篇）
177（191）與黑衣組織的再會（柯南篇）
178（192）與黑衣組織的再會（解決篇）
230（249）神秘的乘客（前篇）
231（250）神秘的乘客（後篇）
271（293）急忙掩飾的忽略（前篇）
272（294）急忙掩飾的忽略（後篇）
286（308）工藤新壹紐約事件（事件篇）
288（310）工藤新壹紐約事件（解決篇）
289（311）光彥森林迷失記（前篇）*
290（312）光彥森林迷失記（後篇）*
307（332）遺留的無聲證言（前篇）
308（333）遺留的無聲證言（後篇）
309（334）與黑衣組織的接觸（交涉篇）
310（335）與黑衣組織的接觸（追跡篇）
311（336）與黑衣組織的接觸（決死篇）
338（363）四輛保時捷（前篇）
339（364）四輛保時捷（後篇）
340（365）廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341（366）廁所裏隱藏的秘密（後篇）
345（371~375）與黑衣組織的直面對決 滿月之夜的雙重謎案★
425（459~463）黑暗沖擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★
462（502）黑衣組織的影子 年幼的目擊者
463（503）黑衣組織的影子 奇妙的照明
464（504）黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
465（505）黑衣組織的影子 珍珠的流星
484（527）黑色照片的去向（前篇）
485（528）黑色照片的去向（後篇）
491（538）紅與黑的碰撞 開端
492（539）紅與黑的碰撞 血緣
493（540）紅與黑的碰撞 絕叫
494（541）紅與黑的碰撞 冥土
495（542）紅與黑的碰撞 昏睡
496（543）紅與黑的碰撞 侵入
497（544）紅與黑的碰撞 覺醒
黑衣組織
498（545）紅與黑的碰撞 攪亂
499（546）紅與黑的碰撞 偽裝
500（547）紅與黑的碰撞 遺言
501（548）紅與黑的碰撞 嫌疑
502（549）紅與黑的碰撞 潔白
503（550）紅與黑的碰撞 決死
504（551）紅與黑的碰撞 殉職
563（614）偵探團VS強盜團（騷動）
564（615）偵探團VS強盜團（沈默）
578（629）召喚危機的紅色前兆
579（630）黑與13的暗示
580（631）逼近的黑色時刻
581（632）紅色的搖擺目標
667（719）婚禮前夜（前篇）*
668（720）婚禮前夜（後篇）*
671（723）偵探們的夜想曲（案件）*
672（724）偵探們的夜想曲（綁架）*
673（725）偵探們的夜想曲（推理）*
674（726）偵探們的夜想曲（波本）
681（733）以性命為賭註的戀愛轉播（轉播開始）*
683（735）以性命為賭註的戀愛轉播（現場突入）*
699（751）逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700（752）逼近灰原秘密的黑影（後篇）
701（753）漆黑的特快列車（發車）
702（754）漆黑的特快列車（隧道）
703（755）漆黑的特快列車（交叉）
704（756）漆黑的特快列車（終點）
705（757）密室中的柯南 *
706（758）解謎的波本
722（774）香甜冰涼的快遞（前篇） *
723（775）香甜冰涼的快遞（後篇） *
734（786~787）茱蒂的追憶與賞花的陷阱★
739（792）小五郎在酒吧裏（後篇）
740（793）小蘭也倒在浴室裏了（前篇）
770（823）氣氛僵硬的茶會（前篇）
771（824）氣氛僵硬的茶會（後篇）
779（832）緋色的序章
780（833）緋色的追尋
781（834）緋色的交錯
782（835）緋色的回歸
783（836）緋色的真相