進化樹由結點（node）和進化分支（branch）組成，每壹結點表示壹個分類學單元（屬、種群、個體等）。進化分支定義了分類單元（祖先與後代）之間的關系，壹個分支只能連接連個相鄰的結點。進化樹分支的圖像稱為進化的拓撲結構，其中分支長度表示該分枝進化過程中變化的程度，標有分枝長度的進化分支叫標度枝。