關於第三次沖擊
人類和使徒都能引發第三次沖擊。人類擁有“智慧果實”，使徒擁有“生命果實”。如果壹方引發了第三次沖擊，就能獲得所缺少的部分，即能同時擁有“生命果實”與“智慧果實”成為神；而另壹方則會消失。
可以確定的是使徒要引發第三次沖擊，必須和Adom結合，於是NERV把LiLith偽裝成Adam關在最終教條區。
而人類方面，Seele的原計劃是亞當回歸LiLith，LiLith+隆基奴斯搶+薰。用隆基奴斯槍化為生命之樹後融入LiLith的身體，讓薰與LiLith結合。補完時需要有壹個“自我意識”來主導補完，Seele就想讓薰的“自我意識”主導補完。因為Seele騙薰最終教條關的是Adam，所以很放心地讓薰去引發第三次沖擊（因為沒有成功其實也不要緊，Seele派薰去NERV的主要目的是幹掉碇源堂）。可是，薰在識破了騙局後，竟平靜地選擇死亡。
要說碇源堂實在太厲害，Seele的老人們也奈何不了他。他首先，在第十五使徒鳥天使來襲時，故意在二號機出戰被打得毫無抵抗之力時不派出初號機救援。以此為借口，把隆基奴斯槍投了出去。沒有隆基奴斯槍，就無法直接使用Lilith的身體，迫使Seele改變計劃，使用初號機召回隆基奴斯槍進行補完。另外，他還很陰險地瞞著Seele抽出LiLith的靈魂放入麗中。沒有靈魂的LiLith是無法進行補完的。所以，在薰進入最終教條時，他壹點也不擔心。因為沒有他釋放出LILITH之魂，無論是以使徒的方式還是用Seele的計劃都不會造成第三次沖擊。
碇源堂自己的計劃應該是：讓LiLith的靈魂進入他的身體，和他右手上Adam的胚胎結合。而隆基奴斯槍的丟失迫使Seele使用初號機補完，這樣子，碇源堂和有著碇唯靈魂的初號機都會進入LiLith體裏。碇源堂便能見到唯了。不但如此，整個補完的過程還將由碇源堂的“自我意識”主導，將世界變成碇源堂希望的樣子。碇源堂的這個計劃可謂壹舉兩得，既能滿足他長久以來感情上的願望；又滿足了他的野心，讓他成為主宰人類命運的神！見劇場版中：最終教條區，互相面對著的源堂與麗。源堂：“亞當，已與我同在。”源堂：“要和唯再度相逢，只有靠亞當和莉莉絲被禁止的融合了。除此之外別無他法。”麗的左腕脫落，掉了下來。源堂：“沒有時間了，A?T力場已經無法保持妳的形體了。”源堂：“開始了，麗。將A?T力場，也就是妳心中的防壁解放開來吧！”源堂：“心中欠缺的補完。舍棄無用的軀體，將所有的靈魂合而為壹，成為原為的唯吧！”……
源堂：“那件事好像已經開始的樣子。來吧！麗，帶我到唯那裏吧！”…… 從這些對話，可看出碇源堂想讓麗“解放A?T力場”，“舍棄軀殼”（壹旦失去A?T力場，便無法維持自己的物質形態，肉體將化為LCL釋放出靈魂），把靈魂交給他，讓Adam與LiLith結合，帶他去唯（初號機）那裏。
可是，最終補完既沒有按Seele想的進行，也沒有按碇源堂想的進行。碇源堂背叛了Seele，綾波麗也背叛了碇源堂。綾波麗聽見了真嗣的喊叫時，突然改變了意願，選擇了真嗣，背叛源堂。麗沒有把LiLith之魂交給碇源堂，相反吸收了碇源堂右手上Adam的胚胎，並自己去與LiLith的肉體結合了。見劇場版（這段對話的原文前面已摘錄，這裏不再重復）。於是，補完由綾波麗的“自我意識”主導著進行了，而綾波麗聽從破真嗣的意願。所以，真正的補完是按照“神之子”（此時，初號機擁有唯之魂，即“智慧果實”；又擁有了綾波麗S2機關，即“生命果實”，相當於神。真嗣即“神之子”）的意願進行的。見劇場版：冬月：“使徒持有的生命果實與人類持有的智慧果實，將這兩者都拿到手的EVA的初號機可說已經等同於神的存在了。而今生命也將回歸，匯集成大河流向生命之樹。之後的初號機將會是把人類從第三次沖擊的虛無拯救出來的方舟呢？還是成為滅亡人類的惡魔呢？……未來已經交付在碇家兒子的手中了啊……
沖擊過程解析：
整個補充計劃的過程可謂壹波三折，它表現了碇真嗣心理變化的過程。首先，碇真嗣認為大家都不在乎他，他喜歡的人出賣了他的感覺，感到大家很討厭，但也討厭自己的軟弱、無能。這種矛盾、復雜的心情很快變成了對壹切的仇視，於是真嗣懷著對心中“其他人”的恨，想讓“大家都去死吧。”這時，人類補完計劃便開始了，人類都開始壹個個化為LCL。這時的真嗣錯誤地把“與他的相處不好”全部歸為是他人的過錯。於是，又錯誤地認為自己恨他人，恨這世界的壹切。這實際是他對自己心靈上無法解決的矛盾的逃避。
下面詳細分析這個過程：
在補完過程剛開始時，麗詢問真嗣的願望。真嗣先是回憶著過去與他人相處所產生的痛苦，然後，真嗣表現了對他人的憤恨。因為他認為他人對自己壹點也不理解、漠不關心，認為大家不喜歡自己，渴望得到肯定又難以得到。這也說明了他過分在意存在於他人內心的真嗣。
唯：“現在的麗可以說是由妳自己產生的，也就是妳的願望。”麗：“妳希望什麽？”水滴聲。聚光燈。緩緩搖蕩的秋千。真嗣：“沒錯……與大提琴聲開始的時候是壹樣的。我來了這裏 ……好像想起了某些事……”園童A：“真嗣也有做得不錯的時候耶！”園童B：“加油把它完成喔！城堡。”幼年的真嗣：“嗯”兩個路燈下在真嗣旁有兩個人身。秋千更加快速地搖蕩。園童A：“啊，媽媽來了！”園童B：“要回家了！拜拜！”幼年的真嗣於是停止了烏鴉的叫聲。舞臺上巨大的鼓。快要哭出來的小真嗣。聚光燈照著壹座像NERV總部，已經完成的沙堡，和看著沙堡的真嗣。真嗣：“嘿，嘿，（用力踩著沙堡）”秋千慢慢停住看著已經毀壞的城堡哭泣出聲的真嗣。兩個照明燈照在小真嗣的背上。
這壹段心理活動表現了真嗣認為在他人心中的自己的無能，以及好不容易得的肯定很快又消失（暗指十六話中，得到了美裏的贊揚後，不久便因自己魯莽行事被十二使徒所吞噬。還有十八話中，剛得到父親的贊揚，父子關系轉好時，十三使徒出現，碇源堂使東治受傷，父子關系又惡化了）還表明真嗣認為他人使自己產生好感後，會很快背叛他的感情（暗指二十四話中薰對他的感情的背叛）。
明日香：“明明什麽都不了解，不要來我這裏。”真嗣：“我了解。”明日香：“妳才不了解呢！……白癡！（她踹了真嗣壹腳）妳那麽想了解我嗎？”明日香：“這樣就以為可以救我？……這可真是傲慢的想法啊 。妳不會了解的。”真嗣：“……我是不了解。明日香什麽都不說。明明什麽都不說，我想要了解也不可能啊！”麗：“碇君有想了解過嗎？”真嗣：“有想了解過。”明日香：“白~~癡！我知道妳從來不把我當壹回事。就像妳以前壹直在做的事給我看嘛！我會在這裏好好看著的！”明日香：“反正妳又不能完全變成我的東西，我……什麽都不要！”
這壹段表現了碇真嗣心中認為的他人對自己的誤會。他把這種誤會看作是他人對自己的不理解，而沒有想到是自己的原因造成了誤會（暗指明日香誤認為真嗣在戰鬥和測試中良好的表現是故意對她的傷害。其實明日香非常喜歡碇真嗣，只是因為上面這個誤會以及誤會真嗣與麗的關系，所以認為真嗣“不能完全變為她的”，而無法接受真嗣）。然而真嗣給予明日香唯壹的壹次安慰還在班長的催促下去的（第九話）。
真嗣：“所以請溫柔地對待我啊！”美裏、明日香、麗：“已經對妳很溫柔了啊！”真嗣：“騙人，妳們只是用笑容敷衍我而已！只是想用曖昧的樣子把我擱在壹旁而已。”麗：“因為實情會把大家都傷害，這可是非常、非常難受的。”真嗣：“曖昧的東西……明明只會把我逼得無路可走而已……”麗：“這也是暫時敷衍而已。”真嗣：“這樣下去太可怕了，也許我不知道什麽時候又突然在不這裏了，吵死了，我冷靜不下來，跟我說話吧！和我在壹起吧！理壹理我吧！”
這壹段表現了真嗣認為：大家都沒有用真實的壹面來對待他。可是，人與人不可能完全理解的，妳看到的某個人永遠只能是那個人的壹部分。但真嗣不明白這壹點，反而認為大家在敷衍他，並認為這就是造成他孤獨的原因（被逼得無路可走），壹切都是他人不想讓他了解才造的。
真嗣：“明日香救我啊……餵，非妳不可啊！”明日香：“妳胡說！”怒視著真嗣的明日香。真嗣被明日香逼得往後退。明日香：“妳……，誰都可以吧？不是因為美裏和麗她們和妳的父母親都好可怕，所以才只能逃到我這裏嗎？”真嗣：“救我啊！”明日香：“妳以為這樣子就是讓自己不受傷害的最輕松的方法”真嗣：“救救我啊！”明日香：“其實妳根本不可能喜歡別人嘛”真嗣忽然挺有胸上前。咖啡爐被打翻在地上咖啡從裏面流出來。咖啡蒸氣冉冉升起。明日香：“妳以為這裏只有妳自己而已，而且妳對這個自己也沒有喜歡的感覺。”明日香：“真悲哀啊！”明日香俯視倒在地上的真嗣。真嗣：“救我……。餵……誰來救我……拜托救我……救我呵……救我……救救我吧”突然回到桌旁的真嗣，真嗣：“不要讓我孤單！”椅了翻倒了，真嗣：“別拋棄我！別殺我！”椅子撞向了床。真嗣：“救救我？”明日香：“不要！”真嗣：“不救我就去死吧！”真嗣沖上去，用手勒住明日香的脖子，開始掐著她。
這壹段中的明日香並不代表明日香壹個人，而代表了真嗣心中的“其他人”。表現了真嗣認為自己向他人尋求庇護時總是被拒絕，還引得壹陣斥責或是嘲諷。於是，他由“怕”轉為“恨”，想要殺死這些心中的“其它的人”（也就是滅絕人類）。
真嗣：“誰都不會了解的……”麗：“妳什麽也都不了解。”真嗣：“我認為這世界應該沒有任何討厭的事，也不會有任何動蕩不安。”麗：“妳認為他人也壹定和自己是壹樣的吧。”真嗣：“出賣了啊！出賣了我的感情啊！……”麗：“壹開始就是妳自己搞錯了，明明就是自以為是而已。”真嗣：“大家都不要我了……。所以大家都給我去死吧！”麗：“那麽，妳這做法是為了什麽而存在的呢？”真嗣：“不管我在不在，對誰都壹樣，都沒差。所以大家給我去死吧！”麗：“那麽，妳這心理是為了什麽而存在呢？”真嗣：“不如不存在比較好。所以我也去死吧！”麗：“那麽，妳為什麽在這裏？”真嗣：“即使在這裏，也不可以嗎？”
這壹段表明碇真嗣經過前面壹系列的心理活動後確定了自己的意願：即“大家去死吧”，“我也去死吧”。而此時的麗也確認真嗣的願望，於是補完正式開始，大家開始化為LCL。這時真嗣與麗的對話指明了真嗣心中所認為的他人的不理解以及對自己感情的出賣只是真嗣自己的自以為是造成的。
青葉：“莉莉絲身上發的反A?T力場更加擴大，已達物質化程度。莉莉絲體內遊動的無數個麗，應該就是她身內的反A?T力場。而此時，反A?T力場擴大並物質化了。於是，人們看見“麗”們飛到了他們的身邊。A?T力場與反A?T力場接觸會立刻湮滅（就像物質與反物質接觸壹樣），所以人們壹與“麗”們接觸，便會失去自己的A?T力場，無法維持具體形態而化為LCL。而看見了最想見的人，暗示人類“心之壁”的解放。
感覺，好嗎？真嗣：“不知道，我很不了解現實。”麗：“妳無法正確把握他人和自己的真實間的差距吧。“真嗣：“我不知道哪裏有幸福”。麗：“除了在夢中，否則幸福是找不到的。”真嗣：“所以，這不是現實，這是誰都不在的世界。”麗：“是的，夢。”真嗣：“所以，我也不在這裏。”麗：“妳是在這虛構中很方便報復這個現實對吧！”真嗣：“不行嗎？”麗：“妳在敷衍這個現實，而逃避到虛構去，對吧！”真嗣：“我連壹個人做夢都不行嗎？”麗：“這不是夢，只是對現實挫折的補償罷了”。
這壹段對話是對前面真嗣心理活動的總結。前面的畫面都是真嗣的“夢”。它是真嗣設想的，不真實的。所以是壹個“誰也不其中”的世界。真嗣逃避現實，於是在這個虛構的“夢”中決定報復。這都表明了真嗣分不清現實與夢境，因為在現實中受到傷害便認為是虛偽的；在夢境中報復而得到補償便認為是真實的。接著，麗便幫他區分了現實與夢境：
真嗣：“那麽，我的夢在哪裏？”麗：“那就是，現實的延續。”真嗣：“那麽，我的現實又在哪裏？”麗：“那就是，夢的終結。”於是真嗣回到了現實，眼前是LCL之海，他認清了現實後猛然發現現實與夢境巨大差別，他認識到自己並不想讓夢境中的結果（大家都去死吧）在現實中發生。麗：“……這就是，妳所希望的世界對吧？”真嗣：“……可是，這不是。我想不是”。 於是，真嗣逐漸認清“夢”的虛假，渴望現實。真嗣：“在那裏……我知道只有討厭的事而已，所以即使壹定要逃避也可以。但是，即使逃來這裏也不好。因為……我，不在……也就等於大家都不在。”這時，真嗣才重新認識了自己。他明白了自己以前在現實中總想著不愉快的事，從來沒有主動去尋找幸福。而且壹旦受到傷害，就總是逃避，於是逃到了夢裏。現在的樣子雖然不會再受傷（大家都融為壹體，個體消失了，再沒有所謂的“其他人”，也不會有誤解、傷害了），但在這裏，作為“我”自己的個體概念沒了，作為“我”獨立的思想、性格都消失了，也就等於大家都消失了。雖然靈魂永生了，但已成了壹個新的整體，原來的“我”和“大家”都死了！這是真嗣不願看到的，於是他決心回到原來的世界，不管付出怎樣的代價：麗：“如果實現妳現在這壹次期待他人能夠存在的話，心之了防壁會再度把所有的人分開。到時妳又要開始對別人產生恐懼了吧！”真嗣：“沒關系的……”薰：“即使再用A?T力場，繼續傷害妳或別人也可以嗎？”，真嗣：“沒關系……”。補完於是失敗了，大家的LCL沒能匯入生命之樹，LILITH解體了。
壹切即將結束，雖然真嗣選擇回到原來的世界，但有些事情已經發生了，便無法再還原了。讓化主LCL的人們變回原來的樣子是不可能的。“夢“中的事情已發生在現實中，無可挽回了。薰：“現實在妳不知道的地方存在著，夢也是在現實之中……”
麗：“而真實就存在妳的心中。”薰：“因為人的心，會把自身的形造出來。”麗：“而新的概念能把人的心和形都改變。這要概念能將創造的力量、自己的未來、甚至時間的流向……給制造出來”。這是在告訴真嗣要面對現實，舊的世界已被毀滅，唯壹能做的只有創造新的世界（新的概念）。可同時也告訴真嗣要靠自己的力量，重建人類社會：薰：“只是如果人們不靠自己自身的意誌行動的話什麽都不會改變。”麗：“所以遺失的自己，要靠自己的力量找回來，即使自己的言語沒了……，即使要要采用別人的言語……”麗：“只要能用自己的心將自身的概念作出來，誰都可以回復人形。”麗的話的意思便是只要心中有自身作為“個體”的思想，誰都可以回復到人形。這句話暗指可能不只真嗣壹個人能回復人形，即後來明日香也活了下來就是這個原因。
在真嗣脫離LCL之海之前，唯與碇真嗣的對話，可以看作唯對真嗣的最後囑托：唯：“不要擔心，所有的生命都有復原的力量，都有想要活下去的心。只要想著要活下去的話，到哪裏都是天堂。因為還活著嘛！到哪裏都會有幸福的機會的。”唯“只要太陽、月亮和地球都還在……，就沒關系”。這段話既是對真嗣的安慰，告訴他就算世界已變成這樣，只要要有想活下去的心，就壹定能復原；又是對真嗣的激勵，告訴真嗣他所肩負的重大責任：“重建人類社會”。同時，這段話可以讓我們了解唯的內心世界。碇唯她壹直堅信著壹個觀點：“只要活下去……”是的，活下去，壹切都有可能，不管生活在如何惡劣的環境中，都有尋找幸福的機會，都是天堂！
說完了這些，唯認為該囑咐的都告訴真嗣了，於是，真嗣回復了人形，脫離了LCL之海：唯：“已經可以了嗎？”真嗣：“……我還是不知道哪裏有幸福。只不過，對於為何被生下來而存在於此的意義今後會繼續多加思索；而且對壹些被視為理所當然的東西也會多加去感覺。這是自己為了靠自己活下來而做的……”唯輕撫真嗣的面頰。真嗣和唯互相離去……真嗣從LCL之海浮至水上。