因為世界通過了《索科維亞協議》，而九頭蛇也被擊垮，神盾局合法化了，不再隱於暗處。鑒於世界都以為寇森已經在紐約大戰中犧牲，所以組織需要壹個新的領導者(傑森.奧馬拉)來主持大局。
寇森發現自己以特工的身份回歸了，並且和邁克(亨利.薩蒙斯)組隊搭檔，他們壹起完成強化人(也叫異人族 )的追捕工作。
他們壹直試圖跟蹤並逮捕那個為往日過錯力圖贖罪的震波女黛西(克洛伊.班內特)。但是，世人堅信，黛西是個殺死班克斯和布裏吉斯的亡命之徒，這個新任領導毫不猶豫的認為：為了大家都好，必須追捕到她。
這壹季中特工梅(溫明娜)被分派去訓練突擊隊，菲茨(伊恩 .德 .卡茲泰克)和西蒙斯(伊麗莎白.亨斯特裏奇)關系也有了突飛猛進。
但是隨著西蒙斯被新領導晉升為科學技術方面的特別顧問，菲茨以及她以前的團隊成員發現，自從她成了新領導的密友之後，她就很難被信任了。
羅比·雷耶斯(加布裏埃爾.魯納)被寇森的回歸以及這個團隊驚嚇到狂吼，這個團隊之前被認為是毫無用處的廢柴，但是現在卻可以和惡靈騎士pk。
羅比會是神盾局——也可以說是對世界、他自己——的朋友還是敵人?於此同時，菲茨發現自己沒有社交的能力，拉德克裏夫博士(約翰.漢納)也開始了秘密新發明的收尾工作。
還有壹些小道消息：我們大概不能信任西蒙斯，拉德克裏夫博士明確致力於生命模式圈套的研究，還有就是黛西即將陷入更大的困境!