第壹季
聯邦調查局特別探員史考莉被調入和另壹特別探員穆德壹同辦理X檔案。穆德因其妹薩蔓莎幼年失蹤，懷疑是被外星人綁架而對研究外星人產生興趣，政府高層害怕真相的揭露而又不敢動作過大，於是希望借史考莉的科學觀點把穆德拉回主流。
第二季
X檔案被封存，穆德與史考莉分別被派給不同的任務，但穆德仍時時註意任何有關X檔案的案件，並常找史考莉幫忙。由於演員吉蓮·安德森懷孕，制作人將劇情發展成斯卡琳被外星人綁架，消失了壹集。當然，那時候吉蓮·安德森去醫院生產了。
第三季
沿續上壹季的劇情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X檔案的編劇似乎有用不完的點子。這季內容包括了湖中水怪、能控制人意識的精神病患、唐人街上的紛爭、二次大戰時日本的人體實驗等等。
第四季
到這季開始時，X檔案已是家喻戶曉的科幻影集了。雖然仍被某些人認為太過偏激，但在金球獎艾美獎紛紛獲得肯定。第四季仍是過去壹貫的風格，但加入了許多穆德、史考莉的個人生活。在該季中，“黑油”“天花蜂”的出現使有關“真相”的調查變得更加坎坷而且撲朔迷離。
第五季
繼續延續上壹季的劇情，原來穆德受了騙，及時發覺錯誤後和史考莉串通好來騙政府高層，以潛入壹個“作為壹個普通FBI特別探員不該進入的地方”搜集需要的資料。
第六季
電影後的X檔案怎麽演，是所有影迷及電視評論家關註的焦點。這季的風評呈兩極反應，有人喜歡，有人不喜歡。這壹季多些喜劇，應該是說有非常多喜劇，讓人捧腹大笑。但歡笑之余還是不能忘了X檔案有重責在身，本季中間有兩集是全劇六年來的大剖析。
第七季
穆德遠途調查出了意外，在精神病院醒來有了預見的能力，還能讀取他人的心理活動。史考莉在非洲海岸發現那裏發現了刻有人類基因圖的遠古遺物及關於第六次物種大滅絕的記載。
第八季
穆德失蹤後，史考莉請約翰·道格特探員幫忙，連同斯金納、孤槍手等壹同尋找穆德。鑒於無法找到穆德，FBI決定讓道格特探員正式接手X檔案，而此時的史考莉在與穆德***事多年後也早已相信X檔案中壹系列“靈異事件”的真實性。
第九季
外星人與政府的陰謀隨著逼近大結局而越來越明顯。大結局《真相》(The Truth)裏，穆德得到線報又回來尋找真相了，但是他卻因同超級戰士的搏鬥而被關進了監獄，控以謀殺，接受審判。但是穆德否認指控，因為簡單手法根本殺不死超級戰士。
擴展資料：
幕後花絮
“X檔案”原是指美國聯邦調查局（FBI）裏面的壹個檔案小組，這個小組處理的案件和行為科學有關，舉凡怪異、不尋常的犯罪行為如性犯罪、連續殺人狂等。X檔案，是調查局的壹個部門，那裏面貯存著幾十年來遇到的無法解釋的超自然現象案件。
特別探員福克斯·穆德在牛津大學修完心理學後，被調查局雇用，事業正壹帆風順時，他卻突然將全部精力轉向了超自然事件。
在壹次催眠治療中，他回憶到自己失蹤多年的妹妹薩曼莎在他們還是孩童的時候被壹種未知的力量帶走，自此，他對於X檔案中所隱藏真相的追尋著了迷，開始了全身心的調查工作。
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