大熊貓有2亞種、2變異種，分別是大熊貓秦嶺亞種、大熊貓指名亞種、白色大熊貓、棕色大熊貓。
1、大熊貓秦嶺亞種
大熊貓秦嶺亞種（學名：Ailuropoda melanoleuca qinlingensis）：秦嶺是中國大熊貓緯度最高的分布區，種群密度居全國之首。秦嶺大熊貓是大熊貓的重要種群，具有獨特的分布格局和種群進化史。在形態學和分子生物學等特征方面，秦嶺大熊貓與四川、甘肅的大熊貓之間有著明顯差異，是大熊貓的壹個獨立亞種，被命名為大熊貓秦嶺亞種。
2、大熊貓指名亞種
大熊貓指名亞種的頭長近似熊，秦嶺亞種的頭圓更像貓，且具有較小頭骨、較大牙齒。在皮毛顏色方面，秦嶺大熊貓胸斑為暗棕色、腹毛為棕色，而四川大熊貓胸斑為黑色、腹毛為白色。
也就是說，秦嶺的大熊貓與其它山系的大熊貓在形態學方面已具有顯著的差異，其結果與基因方面的差異相壹致，滿足了第三個條件。秦嶺大熊貓與四川大熊貓在形態上的明顯差異，使它看上去更漂亮，更憨態可掬，陜西人把秦嶺大熊貓稱為“國寶中的美人”。
3、白色大熊貓
白色大熊貓，在陜西秦嶺佛坪自然保護區***有五次發現白色大熊貓。據陜西人民出版社《當代陜西大事輯要（1948-1990）》725頁載，最早在秦嶺南坡佛坪自然保護區發現白色大熊貓的時間是1990年11月15日。
那只大熊貓體高0.7米，除眼圈、四肢下部外，從耳朵、肩胛到整個胸脯，均為白色，堪稱“寶中之寶”。此後在1991年、1992年又相繼發現了兩只。最後壹次是在秦嶺發現壹只棕白色大熊貓，並命名“七仔”。
4、棕色大熊貓
棕色大熊貓是壹種較為罕見的大熊貓變種個體。截止2019年，有科學記載以來世界上壹***僅發現過六只棕色大熊貓，發現地點均為大熊貓的重要棲息地之壹陜西秦嶺山脈核心地區。