布魯斯又踏上了漫漫長路。從他們剛剛逃離的散納爾計算起，距離尼羅河第壹瀑布的阿斯旺地區還有大約1000多千米，而且大部分都是當地人聞之變色的可怕的努比亞沙漠。他們的整個行程，哪怕是完全按直線走下去，壹點也不走彎路叉路，也僅僅走完了壹半，更艱苦的壹半還在後頭。布魯斯心裏明白，與其在沙漠與土人的追擊中坐以待斃，不如跟殘酷的命運壹比高低。向來就相信自己的力量的他，這次依舊算定自己能贏!
經過尼羅河與其支流交匯處的兩座城市善迪和柏伯爾以後，布魯斯壹行人扮作沙漠中趕路的掉隊商販，進入了許多當地民族的帳篷村。壹路上他們都未暴露身份，反而受到所到之處的遊牧民的熱情接待。在這種時候，詹姆斯·布魯斯也不閑住，他用當年在敘利亞從帕克裏特·拉雷魯醫生那裏學來的壹技之長，為牧民們的孩子或老人看病，也順便打聽壹下前面路途的消息。
按照壹般阿拉伯商隊的走法，他們先要沿尼羅河北上，到達某壹個重要的河邊小鎮之後再朝西邊走，走出1000多千米遠的距離後再轉回來，這樣就離阿斯旺不遠了。這是壹條人們公認的比較安全、也比較好走的路線，缺點是太費時間。詹姆斯·布魯斯此刻恨不能立刻飛回英國去，所以他無論如何也接受不了進行如此空耗時日的旅行了。3位同行的希臘人和土耳其老人也離家很久，都是歸心似箭的遊子。大家贊同布魯斯的想法，不踩著商隊的駱駝腳印繞大圈子，幹脆大膽地往北穿越努比亞沙漠，闖出壹條過去只有極少數沙漠民族敢走的古道來。如果按這樣的走法，到阿斯旺的路途就僅有560千米左右，距離縮短壹半。這條路優點十分明顯，省時省力，要是不出什麽意外的活，50天內便可以走出這片沙漠。但是這條路的缺點也很明顯，幹旱酷熱的沙漠裏，找到水源和食物的希望很小，加上沙丘在幹熱風的作用下不停地移動，要解決飲水解渴和填飽肚子的問題，差不多全靠運氣，除非有非常熟悉這壹帶情況的沙漠民族向導帶隊。
布魯斯曾打算去雇壹個當地的沙漠向導，可對方不是壹聽就連連擺手搖頭，就是開口勸他們這些老的老、病的病、牲口又少的人打消這種瘋狂的冒險念頭，不要拿自己的生命去開玩笑。但這時的布魯斯主意已定，就是十駕馬車也拉不回來了。
1772年10月11日，布魯斯命人將所有的舊水袋和這次為過沙漠新買的水袋統統灌滿水，然後他跳入尼羅河中洗水浴。布魯斯在他的筆記本裏這樣寫道：“就這樣，和老朋友尼羅河道別了！將來我們再回到這裏的可能性如何？有多少？”
不平常的沙漠旅行開始了。由於經過長途的跋涉，在粗糲的沙粒和山巖的磨擦下，每個人腳上穿的靴子底部都磨光了。在後來的旅程中，他們不得不光著腳在炎熱的沙子和凹凸不平的巖石間前進。隨著時間的推移，他們再也拿不出食料來供駱駝食用，而且每個人的體力消耗也似乎到達了極限。土耳其人甚至胡亂追逐那些在滾燙的沙丘上飛速跑開的沙蜥，建議捕捉這些體態可憎的小動物來充饑。
厭倦、煩躁和恐懼像熱帶的寒熱病壹樣朝他們襲來，使布魯斯壹行的旅途更加難熬。壹天，他們發現了沙漠天空中很少出現的大群禿鷲，跟著禿鷲他們意外地碰上了比他們早幾天從散納爾出發的、擁有火槍手護衛的大商隊的殘骸。壹種無法把握自己命運的孤獨感和恐怖感再次撞擊每個人的心靈。但此時此地，他們都明白，後退等於死亡，停留等於死亡，唯有拼著最後壹點力氣前進，才是生存下去的希望所在。
在沙漠中，他們壹小隊人馬還多次遇到危險的沙漠旋風和被當地人稱為“西姆姆”的沙暴。這種所到之處遮天蔽日、能將熱沙粒吹起來劃破人皮膚的可怕風暴，甚至能造成人畜的呼吸困難，時間壹長，還會窒息死亡。對於詹姆斯·布魯斯來說，更不幸的是他腳上生了壹個腫塊，而且體積日漸增大，致使他的長途跋涉要比其他人付出加倍的艱辛和體力。
隨行帶的水也飲用盡了，缺水是對他們致命的打擊。布魯斯和他的同伴們不得已只好將隨行的幾峰駱駝殺了，從它們的胃中獲取水分。殺了駱駝，布魯斯的所有器具和他在10年漫長的探險活動中所做的筆記自然也只好統統丟棄。
就在他們行將絕望之際，布魯斯突然發現頭頂上有兩只大鳥在飛行，這表示在不遠處肯定有水。布魯斯的這壹發現比任何催促、威嚇、勸誘的效果都要強得多。大家重新振作起精神，搖搖擺擺地向前走。黃昏的時候，他們終於欣喜若狂地聽見了從遠處傳來的瀑布聲。那位土耳其人還堅持認為他聞到了壹股濃郁的花的芳香……他們流著眼淚，互相擁抱親吻。他們得救了。就是在這個具有紀念意義的早晨，即1772年11月29日，布魯斯跛著腳，壹步壹步地朝土耳其埃及的南方哨所阿斯旺走去。
雖然經過了艱苦的長途旅行，整個人的身心都疲累不堪，接近於崩潰的邊緣，布魯斯仍念念不忘他被迫遺留在沙漠深處的珍貴材料與文件。他向土耳其人總督阿裏要來了幾匹駱駝，沿著他們的來路找回去，很快就運回了那批重要文件和丟棄的行李。
在阿斯旺，土耳其奧斯曼帝國的總督是壹個渴望打聽南方內陸情況的人，因此他對布魯斯以及隨從十分客氣。從阿斯旺到開羅當時已經有了定期往返的班輪，商人雇傭的小型貨船也可以供旅行者搭乘，只要付出壹定的代價就可以了。不久，詹姆斯·布魯斯被他的同伴擡上了去開羅的船。人們發現，布魯斯的情緒自從離開了阿斯旺碼頭之後壹天天好起來了。布魯斯想的是，比起自己滿載的收獲來，旅行時受的那種種煎熬總算是有了補償。