1、含義不同：疑惑指的是心中的不明白、不相信或猜測，表示對某事的懷疑或困惑。疑問指的是有懷疑的問題，表示不確定或要解釋的事情。
2、引證解釋不同：疑惑在《墨子·公孟》中被引用，表示對君子的疑惑是指當君主行為不當時，有人進諫被稱為不遜，有人獻策被稱為言議，是君子心中的疑惑。疑問在《法苑珠林》中被引用，表示阿難是供養佛人，常隨佛行，經常對佛陀提出疑問。