1684年4月，臺灣正式納入清朝版圖，是臺灣有史以來首次被收編為中國的壹部分。在17世紀初期清朝政府起初對於臺灣的統治采消極政策，治臺政策盡量以較低的成本來經營建設，並視情況鼓勵人民開墾，先是將十幾萬在荷鄭時期就已居住在臺灣的居民強制遣返中國原籍，再對中國人民移民臺灣嚴格限制，禁止攜帶家眷，但中國沿海省分仍有不少人民冒險偷渡來臺，在臺灣西半部各地落腳定居，後來慢慢開始有向臺灣東部開墾的行列，但為數不多。由於初期清廷從中國派來的官吏素質粗劣、官民間語言的隔閡、以及清廷對臺灣住民的高壓政策等，造成武裝起義或騷擾事件不斷發生，1721年的朱壹貴事件、1786年的林爽文事件、以及1862年的戴潮春事件，被稱為清朝統治下臺灣的三大“叛亂案”。
到了18世紀乾隆後期開始出現大量開墾移民，而此臺灣移民又以漳州人與泉州人居多。由於先來後到的土地分配沖突而相繼發生泉漳械鬥武裝沖突爭執。清治官衙控制力薄弱，無法禁絕遏止，地方官甚至藉漠視兩方爭鬥與分化，造成兩敗俱傷以削減可能的叛亂力量。這種族群間的對立，造成經濟與文化交流的更加困難。經19世紀末期兩族群許多地方仕紳努力，才逐漸有所改善。不過到如今，族群分立觀念仍多少還是受其影響。
19世紀中葉以後，隨列強逐步由海路進逼中國，臺灣在1860年起，開放部分港口開放對外通商。鴉片戰爭期間，自1841年9月起英國艦隊數度出現臺灣外海，試圖占領北部基隆港與西海岸中部梧棲港，但都歸於失敗，這是帝國主義列強對臺灣清治時期第壹次野心的行動。
1867年的打狗港哨船頭1874年，日本藉臺灣南部原住民殺害琉球漁民事件，出兵恒春半島，即“牡丹社事件”。這對清廷以往消極的臺灣經營成為壹種警訊。清廷在日軍出兵臺灣後的1874年5月27日，迅速派遣沈葆楨來臺，顯著地強化臺灣的防衛力量，並革新臺灣行政、以積極政策使臺灣發展。由其繼任者、福建巡撫丁日昌繼承下來。隨後1884年，中法戰爭中法國軍隊出兵澎湖群島及臺灣北部。這都讓清朝更加重視臺灣在海防上的重要性。
1885年，清朝設立臺灣省，並由劉銘傳出任臺灣首任巡撫。
1884年中國與法國因越南的戰爭爆發，使得劉銘傳被清廷重新啟用派往臺灣。劉銘傳在臺灣時多次擊敗法軍登臺的計劃，在滬尾大捷中最終使法軍放棄登臺。1885年清廷將臺灣從福建分離出來建立臺灣省，劉銘傳任巡撫。到1891年為止劉銘傳在臺灣設立防禦措施，整理軍備，同時也在臺灣開發和建立了許多基礎設施，他督臺期間臺灣的第壹條鐵路開通，從基隆港到新竹，臺灣與福建之間的第壹條電纜被鋪設，此外他還建立了電報局、煤務局、鐵路局等壹系列管理機構，使臺灣在短短五年間成為當時中國最進步的省份。但是劉銘傳的新政並沒有考慮到官吏的廉潔以及臺灣本身財政負擔的問題，導致臺灣省財政負擔大幅增加，官員貪汙頻繁，以及人民的反抗。1889年彰化就曾經因為清田賦問題而爆發“公道大王”施九緞事件。
而後至1894年12月由唐景嵩就任臺灣巡撫。時已正發生中日甲午戰爭，由於1894年到1895年清廷在甲午戰爭的失敗，清廷簽訂馬關條約將臺灣和澎湖之主權讓給了當時積極向外擴展勢力的日本。臺灣人建立臺灣民主國對抗日本，以青天白虎旗當作國旗，以唐景嵩就任臨時大總統，劉永福任大將軍，但在器械不夠精良和列強認為臺灣民主國並沒有完全脫離跟清朝的關系下（國旗與清朝國旗對應，並追隨清朝，年號“永清”），並沒有幫助臺灣民主國，日軍於貢寮登陸後，臺灣民主國兵敗如山倒，日本接收臺灣。
嘉慶帝沒有來過臺灣。