被佩恩壹眾（長門）殺死。
為了調查曉組織的情報，獨自壹人潛入雨忍村，後遭遇佩恩壹眾，經過壹場大戰，因死之前沒有完全掌握佩恩壹眾能力，導致體力和查克拉耗盡。最後被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作則成功逃回木葉。但之後的第四次忍界大戰中，藥師兜壹直沒能找到自來也和宇智波止水的屍體，所以沒有被穢土轉生復活。
角色經歷——
1、自來也與大蛇丸、綱手為木葉隱忍者學校的同期學員。被分配到三代目火影猿飛日斬所帶領的班級。
2、但自來也另尋其路，在陰差陽錯地穿越到妙木山後拜見了大蛤蟆仙人，從此開始在妙木山修行，通過自己堅持不懈的努力，自來也學會了壹系列極強的忍術，其中包括仙術。
3、在第二次忍界大戰中，綱手與自來也、大蛇丸聯手跟雨隱村頭目“山椒魚半藏”對戰。其他木葉忍者死傷過半，只有他們三人能支持到最後，半藏因此賦予他們“木葉三忍”的稱號。
4、隨後雨隱村的壹次任務中，他們三人偶遇三名雨隱村的孤兒，分別是彌彥、小南和長門。原本大蛇丸想殺死三個戰爭孤兒，但他們因為有自來也的維護而存活了下來，更得到自來也傳授忍術。
後來彌彥已死，長門和小南聯手阿飛創建曉組織，最後殺死潛入雨忍村的自來也。自來也也是彌彥、小南和長門的老師。
擴展資料：
自來也得知“曉”首領佩恩及成員小南的真正身份，原來是自己第二次忍界大戰末期在雨忍村所收的徒弟。從前大蛤蟆仙人亦曾對自來也預言他會收壹個獨當壹面的孩子為徒，而這孩子會為忍界未來帶來空前的和平或毀滅，總會壹天他就被迫要作出“選擇”他的選擇會將世界引向和平或者毀滅。
初時自來也以為眼前的佩恩，就是預言中的變革者，作出“選擇”的時刻也已經到了。故壹場師徒之戰壹觸即發。自來也使出仙人模式，召來兩位蛤蟆仙人相助，成功打敗了三個佩恩，結果由於大意以及不了解佩恩六道的相關情報，所以不幸被打敗而犧牲。
但臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，六道均為屍體傀儡，受長門操控）。
參考資料：