這是個被油泥海包圍的小島——尖端島，明之和其母親居住在這個在70年前的戰爭中被吸入到南大陸自由圈的小島上，其父親現居住在別處獨自壹人經營著壹家小診所。某天，明之和好友春及古市在上學途中被卷入了爆炸事件中，明之的手在觸碰到爆炸中所發出的神秘光線後，變身成為被稱為紮姆德的怪物。出現在失去自我、即將石化狀態的紮姆德面前的是紅發的異國少女娜琪亞美。亞美阻止了紮姆德的石化，並將明之帶回了國際郵船贊巴尼號，謀求控制紮姆德的力量並能夠回到尖端島的明之，與贊巴尼號上的同伴們壹起開始了環遊世界。
其後，尖端島上極東自治區的駐軍將領中佐垣巣凍二郎在汗馬禮蔵博士的鼓動下，開始了人形兵器的研究，並試圖得到紮姆德的力量。
明之的好友春和古市則懷著保衛家園的信念加入了極東自治區軍隊，但是古市因為也在爆炸事件中成為了“怪物”紮姆德，且沒有得到較好的心理疏導（明之得到了娜琪亞美的幫助），漸漸迷失了本心，在後來明之為尋找自我而回到尖端島時因憎恨而暴走，後來被明之擊敗。此時，垣巣中佐則率領ASP隊捕獲明之與古市，古市在其後自殺，明之受傷後雖然逃走但也忘記了自我，迷失在北方的阿瑪烏。
與此同時，娜琪亞美帶著途中撿到的紮姆德少年楊格回到了故鄉，但與自己的妹妹庫吉蕾卡因理念不同而不歡而散。
尖端島方面，為尋找明之，春毅然脫逃出軍隊，在地行者的指引下，前往北方。最後，在春的呼喚和影童子（壹個小黑球）的提示下，明之終於找回了自我，並與春壹同前往胎動窟等待大巡禮的到來。而此刻，在尖端島的人形兵器實驗中被選中的春的妹妹綠，被改造成了壹個像大號雞蛋的人形兵器，但最後被明之持有的疫苗變回了人的形態。
最後，伊舟與角股雷魚摧毀了金剛塔，雷魚犧牲，但未能阻止希洛肯皇帝的誕生，為了擊敗和拯救希洛肯的靈魂，明之作為完美融合了希洛克的紮姆德，娜琪亞美作為繼承了聖諾瓦意誌的人，配合***同封印了黑暗靈魂。娜琪亞美以壹千年沈睡為代價關閉了胎動窟，明之為了填補希洛肯的空虛讓渡了自己的名字而失去自我化為石頭。世界因此被拯救了。
而九年之後，春再次來到明之化石的海邊，等待她的是……