《黑衣組織》老大真實身份是：曾經是半個世紀前的富翁，黃昏別館的主人，被稱之為“那位先生”，真實名字為烏丸蓮耶，半個世紀前的他已經99歲高齡，不過作者曾經也說過他並沒有死，很有可能他當時也曾服用了讓身體恢復年輕或者變小的藥物。
黑衣組織的成立時間不少於辦個世紀，有的人會覺得那時候灰原哀還並沒有出生，讓人恢復年輕的藥物也並未出現，但是不要忘記了灰原哀的父母被科學家稱之為“瘋狂科學家”，很有可能那時候的他們就在研究這個藥物，並且還有了壹定的突破，正是如此她的父母才會被邀請加入黑衣組織。
名柯這部動漫父母的能力都要超過自己子女的數倍，就像是工藤新壹推理能力再強，工藤優作依舊超越他很多；還有黑羽快鬥同樣也是壹樣，他的父親黑羽盜壹不論是易容還是魔術方面都遠遠的超越自己孩子很多，所以推斷小哀父母的能力深不可測。
宮野夫婦當年在黑衣組織的時候就已經在研制壹種“讓死人復活的神秘藥物”。退壹步來說，烏丸蓮耶在99歲快要死的時候然後用生命的代價服用了那個藥物，不但沒有死，並且還有可能也恢復了年輕，還有就是宮野夫婦劇情中雖說在實驗中因為事故死亡。
但是並未給出明確的時間和地點，很有可能就是他們並未真正的死亡，其實這種操作青山剛昌也是常用。結合所有的疑問，壹個人活到99歲並且還沒有死，那麽他就很有可能吃了那個藥恢復了年輕，作為壹個BOSS他也不可能壹直不露面。
有人猜測阿笠博士是最終的boss
理由壹：他總是有花不完的錢
我們都知道黑衣組織的設備是最先進的，所有的武器連警察都沒見過，都是國外進口的，這筆巨大的開銷可不是開玩笑的。除非他是壹位非常有錢的人，並且能持續供應黑衣組織的日常開銷，那麽在柯南中有錢的人除了園子之外，阿笠博士就是第二位，而且他很低調，這輩子都花不完的錢。
理由二：他總是有意接近少年偵探團
少年偵探團雖然名義上說他們可以解決各種疑難事件，但是實際上接受委托大多是尋找小貓小狗等無聊小事，不過有時此類小事也發展為尋人或殺人案。此外還經歷過幾次尋寶、探險事件。曾多次陷入過危險的處境，幸好最後都靠江戶川柯南的智慧安然脫險。
但之後加入了灰原哀，她真實身份是真實身份為黑衣組織的科學家宮野誌保。阿笠博士擔任協助，提供技術和後勤保障，所以他們兩人很有理由串通好了，阿笠博士利用少年偵探團作為掩護，奪取更多有用的情報，越是熟悉的人，越沒有疑心啊！
理由三：阿笠博士洞察壹切
如果不看柯南，突然有壹天有小孩子對妳說，我是因為吃了藥才變小。妳肯定不會相信，至少不會很快相信，而阿笠博士聽完以後，很快便相信那不是謊言，這壹點讓人實在懷疑。只能說是阿笠博士早已洞察壹切，他不想暴露身份，只好是拿他們當門面，來遮掩自己真實的身份！