《使徒行者》劇名中的“使徒”與“行者”都是宗教用語：“使徒”是基督教用語，原意是受差遣者，指奉主差遣，得到權柄，有能力傳揚福音、教導真理、建立教會的信徒，即肩負了特殊使命的門徒；而“行者”則是佛教用語，指出家而未經過剃度的佛教徒。
為何要為這部講“臥底”們的戲起這樣的名字呢？監制文偉鴻解釋道：故事講的是壹群臥底和他們的Handler(控制者)的關系，他們在合作的時候，是沒有白紙黑字的合同，在沒有人保護妳的身份之下，臥底只是靠口頭傳話來執行上司給予的任務，大家講的是互信，在講“信”字，壹個承諾，這就好像是壹群受奉主差遣的使徒，去執行人的理念，維持正義，也好像修行佛道的行者壹樣，堅持自己的“道”，所以起名《使徒行者》。