很久很久以前，在壹座森林邊住著樵夫壹家人，樵夫太太生了很多男孩，幾乎胎胎都是雙胞胎，短短的三年內，就有了五個孩子，其中最小的男孩，在出生時不過壹個指頭大小，因此他被取名為小拇指。
雖然小拇指壹直都個子矮小，但是他的心中卻潛藏著無比的勇氣與機靈的頭腦，哥哥們常因為小拇指的身材和輩分而捉弄他，但小拇指壹直深愛著自己的家人。有壹年王國的土地發生戰爭，糧食缺乏、盜賊橫行，小拇指壹家人在遭到強盜掠奪和王國士兵無情的徵招糧餉下，已經沒有半點食物充饑。
因此樵夫決定將孩子們帶到森林裏丟棄，小拇指聽到這個消息後，暗自在心裏打了壹個主意，他將口袋裏放滿河邊撿來的白色石頭，在前往森林的途中做上記號，這個方法讓小拇指和他哥哥們在被留在森林後，還能找到回家的路。
樵夫因為剛接到王國的補償金，又看到孩子們安全回來而高興不已，但很快的，這筆錢又花完了，樵夫決定再次將孩子們丟棄，樵夫因為上次的經驗而將孩子們牢牢看住，使得小拇指沒辦法在用小石子做記號，著急的他改用面包屑，但森林裏的鳥兒發現並吃掉了這些食物，在森林裏迷路的孩子們要躲過野狼的攻擊也要當心軍隊和匪徒之間的戰爭，最後他們只好逃到最深處的大屋求救。
大屋裏住著殘暴的食人魔，但心軟的食人魔太太趁著食人魔不在的時候收留了孩子們，直到食人魔回家並發現了男孩們，食人魔太太還懇求丈夫等到明天再下手處理男孩，她將男孩暫時安置在他們女兒的房間，碰巧的食人魔也有五個年紀相若但個性殘暴的女兒，小拇指知道食人魔絕對不會放過他們，所以他在深夜時將兄弟們頭上所戴的睡帽和食人魔女兒們所戴的金冠交換，夜晚時不放心的食人魔果真摸黑想要殺掉小拇指和他哥哥，只是當他摸到了睡帽而勒死孩子們後才發現，殺錯了對象。
傷心欲決的食人魔匆匆穿上能日行千裏的法寶〝紅靴〞，追趕著早已消失無蹤的男孩，幾天幾夜的追趕使得食人魔也累了，正當他在壹座高山上休息時，躲在不遠處的小拇指偷偷的將食人魔腳上的紅靴脫下，套到自己腳上，沒有法保護身的食人魔被小拇指推下深谷。
而穿著紅靴的小拇指利用日行千裏的飛行能力，充當王國的信使，在戰爭結束後他更成為大英雄，小拇指的哥哥和父母也過著富裕的生活。
這部片是改編自法國貝洛童話故事，劇中更請到與宮其駿多次合作的配樂家 久石讓擔任作曲，添加不少童話氣息