與DNA復制有關的酶
解旋酶、DNA聚合酶
與DNA轉錄有關的酶
解旋酶、RNA聚合酶
與蛋白質翻譯有關的酶
蛋白質合成酶
與逆轉錄有關的酶
反轉錄酶、DNA聚合酶
與基因工程有關的酶
限制性核酸內切酶、DNA連接酶
植物細胞工程有關的酶
纖維素酶、果膠酶
動物細胞工程有關的酶
胰蛋白酶
物質代謝酶
消化酶（存在於消化管內）：澱粉酶（唾液、胰液）、麥芽糖酶（胰液、小腸液）、脂肪酶（胰液）、蛋白酶（胃液、胰液）、肽酶（腸液）
水解酶類：脂肪酶、蛋白酶、肽酶、轉氨酶
呼吸酶（有氧及無氧呼吸酶）
光合作用酶
ATP合成酶及ATP水解酶
微生物代謝酶類
組成酶類：只受遺傳物質控制
誘導酶類：受遺傳物質控制的同時，還受環境的影響
二、主要酶的功能概述
1．解旋酶：作用於氫鍵，是壹類解開氫鍵的酶，由水解ATP來供給能量它們常常依賴於單鏈的存在，並能識別復制叉的單鏈結構。在細菌中類似的解旋酶很多，都具有ATP酶的活性。大部分的移動方向是5′→3′，但也有3′→5′移到的情況，如n′蛋白在φχ174以正鏈為模板合成復制形的過程中，就是按3′→5′移動。在DNA復制中起作用。
2．DNA聚合酶：在DNA復制中起作用，是以壹條單鏈DNA為模板，將單個脫氧核苷酸通過磷酸二酯鍵形成壹條與模板鏈互補的DNA鏈，形成鏈與母鏈構成壹個DNA分子。
3．DNA連接酶：其功能是在兩個DNA片段之間形成磷酸二酯鍵。如果將經過同壹種內切酶剪切而成的兩段DNA比喻為斷成兩截的梯子，那麽，DNA連接酶可以把梯子的“扶手”的斷口處（註意：不是連接堿基對，堿基對可以依靠氫鍵連接），即兩條DNA黏性末端之間的縫隙“縫合”起來。據此，可在基因工程中用以連接目的基因和運載體。
與DNA聚合酶的不同在於：不在單個脫氧核苷酸與DNA片段之間形成磷酸二酯鍵，而是將DNA雙鏈上的兩個缺口同時連接起來，因此DNA連接酶不需要模板
4．RNA聚合酶：又稱RNA復制酶、RNA合成酶，作用是以完整的雙鏈DNA為模板，邊解放邊轉錄形成mRNA，轉錄後DNA仍然保持雙鏈結構。對真核生物而言，RNA聚合酶包括三種：RNA聚合酶I轉錄rRNA，RNA聚合酶Ⅱ轉錄mRNA，RNA聚合酶Ⅲ轉錄tRNA和其她小分子RNA。在RNA復制和轉錄中起作用。
5．反轉錄酶：為RNA指導的DNA聚合酶，催化以RNA為模板、以脫氧核糖核苷酸為原料合成DNA的過程。具有三種酶活性，即RNA指導的DNA聚合酶，RNA酶，DNA指導的DNA聚合酶。在分子生物學技術中，作為重要的工具酶被廣泛用於建立基因文庫、獲得目的基因等工作。在基因工程中起作用。
6．限制性核酸內切酶（簡稱限制酶）：限制酶主要存在於微生物（細菌、黴菌等）中。壹種限制酶只能識別壹種特定的核苷酸序列，並且能在特定的切點上切割DNA分子。是特異性地切斷DNA鏈中磷酸二酯鍵的核酸酶（“分子手術刀”）。發現於原核生物體內，現已分離出100多種，幾乎所有的原核生物都含有這種酶。是重組DNA技術和基因診斷中重要的壹類工具酶。例如，從大腸桿菌中發現的壹種限制酶只能識別GAATTC序列，並在G和A之間將這段序列切開。目前已經發現了200多種限制酶，它們的切點各不相同。蘇雲金芽孢桿菌中的抗蟲基因，就能被某種限制酶切割下來。在基因工程中起作用。
7．纖維素酶和果膠酶：植物細胞工程中植物體細胞雜交時，需事先用纖維素酶和果膠酶分解植物細胞的細胞壁，從而獲得有活力的原生質體，然後誘導不同植物的原生質體融合。
8．胰蛋白酶：在動物細胞工程的動物細胞培養中，需要用胰蛋白酶將取自動物胚胎或幼齡動物的器官和組織分散成單個的細胞，然後配制成細胞懸浮液進行培養。或用於細胞傳代培養時將細胞從瓶壁上消化下來。
9．澱粉酶：主要有唾液腺分泌的唾液澱粉酶、胰腺分泌的胰澱粉酶和腸腺分泌的腸澱粉酶，可催化澱粉水解成麥芽糖。
10．麥芽糖酶：主要有胰腺分泌的胰麥芽糖酶和腸腺分泌的腸麥芽糖酶，可催化麥芽糖水解成葡萄糖。
11．脂肪酶：主要有胰腺分泌的胰脂肪酶和腸腺分泌的腸脂肪酶，可催化脂肪分解為脂肪酸和甘油。肝臟分泌的膽汁乳化脂肪形成脂肪微粒後，有利於脂肪分解。
12．蛋白酶：主要有胃腺分泌的胃蛋白酶和胰腺分泌的胰蛋白酶，可催化蛋白質水解成多肽鏈。作用結果是破壞肽鍵和蛋白質的空間結構。
13．肽酶：由腸腺分泌，可催化多肽鏈水解成氨基酸。
14．轉氨酶：催化蛋白質代謝過程中氨基轉換過程。如人體的谷丙轉氨酶（GPT），能夠把谷氨酸上的氨基轉移給丙酮酸，從而形成丙氨酸和a—酮戊二酸。
由於谷丙轉氨酶在肝臟中的含量最多，當肝臟病變時谷丙轉氨酶就大量釋放到血液，因此臨床上常把化驗人體血液中這種酶的含量作為診斷是否患肝炎等疾病的壹項重要指標。
15．光合作用酶：是指與光合作用有關的壹系列酶，主要存在於葉綠體中。
16．呼吸氧化酶：與細胞呼吸有關的壹系列酶，主要存在於細胞質基質和線粒體中。
17．ATP合成酶：指催化ADP和磷酸，利用能量形成ATP的酶。
18．ATP水解酶：指催化ATP水解形成ADP和磷酸，釋放能量的酶。
19．組成酶：指微生物細胞中壹直存在的酶。它們的合成只受遺傳物質的控制，如大腸桿菌細胞中分解葡萄糖的酶。
20．誘導酶：指環境中存在某種物質的情況下才合成的酶，如大腸桿菌細胞中分解乳糖的酶。