彈幕視頻網站初期的發展無壹不充斥著侵權行為，除了網友們自制上傳的視頻外，壹部分是UP 主（上傳發布視頻的網友）從其他網站盜鏈過去的，還有壹部分是與其他網站達成合作的外部鏈接。因此無論是A 站還是B 站，都經歷過版權糾紛。A 站在2014年7月被優酷起訴侵權盜鏈遭索賠1800萬，導致原技術和編輯團隊幾乎全部離職。2014年年末，B 站因信息網絡傳播權糾紛被北京愛奇藝、北京奇藝、廣州鬥魚網絡科技以及華視網聚幾家公司起訴。其執行董事陳睿在微博上回應，稱“從2013年開始，大部分視頻網站先後與B 站建立了流量合作”。網友Chloe 分析道：“這話隱含了B 站跟其它壹些視頻網站關系的轉變，簡單來說，就是由‘盜鏈’向外鏈的轉變。”
當版權官司接踵而至，彈幕視頻網站如同當初的優酷網、愛奇藝網站壹樣，開始清理站內的資源。B 站的電視劇目錄下，大量熱播劇和許多年代久遠的國產電視劇均遭到清理。
除了清理無版權的影視資源，B 站開始購買正版資源。2014年10月，B 站購買了《天體的方式》《電器街的漫畫店》的獨家版權，也與其他網站***同購買了《我家浴室的狀況》《我要成為雙馬尾》等多部日本動畫新番的版權。同樣在10月，B 站開啟了具有獨特意義的“新番承包計劃”，就是B 站先自己出錢買下新番版權後，再收觀眾票錢，觀眾自願決定給不給，給多少。直到2015年4月，B 站已通過新番承包計劃，購買了《魔法少女奈葉 ViVid 》和《雨色可可》獨家版權，並獲得《亞爾斯蘭戰記》《攻殼機動隊》等13部新番的正版播放權。
二、盈利模式問題
之所以推出“新番承包計劃”，源於B 站不願意在視頻片頭插播廣告。2014年10月，B 站推出了壹個新番片頭廣告時長調查，讓人以為其打算開始依靠廣告盈利。但隔天即推出了“新番承包計劃”，稱廣告影響觀影體驗，但購買新番版權又需大量資金，於是呼籲有經濟能力的人參與到承包計劃中來。這開啟了除廣告、會員、訂閱以外的新型視頻觀看收費方式，且這種方式還用得十分巧妙。網友雷酒業分析道：“第壹點，徹底消除了用戶對片頭廣告的恐懼。第二點，給了自己壹個大義的名分，我們不是要賺妳們的錢，而是為了我們沒有片頭廣告的良好觀影體驗，我們決定讓觀眾姥爺們來自願出資承包版權。這兩點這就引出了第三點，也就是煽動起了用戶的感情，讓用戶感覺，bishi 真仗義，寧肯自己網站虧損也不上我們討厭的片頭廣告，我們得支持B 站壹把。”
但承包計劃是否能收支平衡？曾雅湉在《分析：B 站的眾籌視頻承包計劃》壹文中總結了截止2014年12月25日10部新番的承包金額。結果顯示，10部新番的承包金額都呈遞減趨勢。獲得承包金額
最多的是《Fate/stay night 》，更新的12集***籌得338837元。人氣最冷的是《怪盜 Joker 》，更新的11集中金額最高的第壹集也只籌得了1512元，11集***只籌得3956元。據B 站的“承包進度”, 以《Fate/stay night 》為例，承包金額為20.5萬的時候，承包進度接近6%, 估計購買版權需要346萬。由此可見大部分購買的正版新番都遠未達到購買成本。於是曾雅湉給承包計劃提出建議，如承包金額的自由選擇和支付方式的多樣化，以及可發彈幕的簡短廣告的引入。
不在視頻過程中間播廣告，無疑放棄了很大壹部分收益，雖說贏取了廣大用戶的心，但是否為長久之計還需要時間的檢驗。
實際上，彈幕視頻網站的巨大流量，特別是來自ACG （動畫、漫畫、遊戲的英文縮寫）愛好者的流量，是自身最好的優勢。仍以《Fate/stay night 》為例，愛奇藝第0話的播放次數為40.3萬, 而B 站為280萬。如何把這些流量轉化為利益？除了部分廣告以外，B 站還擁有淘寶店、遊戲與直播等盈利業務，但“畫友和直播加起來的訪問IP 才僅有全站的4%不到”。如何進壹步探索B 站的變現方法與能力，成為其下壹步要部署的重要戰略。