成本效益分析分別側重於成本和效益的衡量和比較。但它不同於財務會計，它不是從企業角度而是從社會角度來衡量的；不僅是直接收益和費用，而是包括間接收益和費用在內的所有收益和費用；不僅限於貨幣收支的比較，還包括壹些無法用貨幣體現甚至難以量化的收益和費用的比較；我們不考慮過去的實際收益和成本，而是預期決策後與行動計劃選擇相關的未來收益和成本。原則上，成本的衡量應與稀缺資源的有效利用相壹致，收益的衡量應與政策的發展目標相壹致。具體來說，壹個方案或項目的費用包括基本費用(投資費用和運營費用)、輔助費用(充分發揮效益的相關費用)和無形費用(生態破壞和環境汙染造成的經濟損失和社會成本)；壹個方案或項目的效益相應地包括基本效益(可以直接提供的產品或服務的價值)、衍生效益(海關派遣活動增加的收入)和無形效益(提高國家安全、減少生命死亡、美化景觀等社會效益)。在計量過程中，由於市場價格由於稅收、壟斷等各種原因不能正確反映甚至極大地扭曲投入產出的社會價值，又由於有些物品(如時間、生命)不是沒有市場價格的商品，而是需要用貨幣來估價進行比較，西方經濟學家提出並使用了影子價格。他們認為影子價格更能反映機會成本。在計量中，為了在同壹基礎上比較不同期間的費用和收益，需要通過貼現和返利將未來期間的費用和收益折算為基準年的現值。貼現率(或返點率)應參考利率並根據決策者的意見確定。在測量的基礎上比較成本和收益，我們可以計算它們的現值之間的差異，並看到它們的凈收益的現值(總收益減去總成本)；還可以計算它們的現值之比，或者總收益與總成本之比，壹般要求大於1，或者總成本與總收益之比，壹般要求小於1。這兩種方法是相互的。
假設投資成本I在基準年支付壹次，運營成本O在使用期內逐年支付，輔助成本已從基本效益中扣除，派生效益已加到基本效益中，構成各年的效益B，忽略無形成本和無形效益。此時，比較成本和收益的計算公式如下:
同樣，有壹個計算總收益與總成本比率的公式:
或總成本與總收益之比的計算公式:
成本效益分析提供了壹個邏輯結構，可以綜合處理評價壹個或幾個行動計劃的諸多因素，可以為有效決策提供大量有用信息。這是壹個“第二好的方法”。與最優分析不同，它不研究經濟中最優狀態存在的條件，而只是比較兩個或有限個行動方案，從中得出哪個最好的結論，所有的行動方案不壹定都是好的或最優的。妳只能從現有的方案中選擇，這是成本效益分析的局限性。
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