功能特點：
保稅區的功能定位為“保稅倉儲、出口加工、轉口貿易”三大功能。保稅區具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策，實行“境內關外”運作方式，是中國對外開放程度最高、運作機制最便捷、政策最優惠的經濟區域之壹。
保稅區能便利轉口貿易，增加有關費用的收入。運入保稅區的貨物可以進行儲存、改裝、分類、混合、展覽，以及加工制造，但必須處於海關監管範圍內。外國商品存入保稅區，不必繳納進口關稅，尚可自由進出，只需交納存儲費和少量費用，但如果要進入關境則需交納關稅。各國的保稅區都有不同的時間規定，逾期貨物未辦理有關手續，海關有權對其拍賣，拍賣後扣除有關費用後，余款退回貨主。
運行情況：
數據顯示，2012年全國綜合保稅區進出口1712.9億美元，同比增長50.7%。其中出口1042.3億美元，同比增長52.4%；進口670.6億美元，同比增長48.2%。有以下3種方式：
1.按貿易方式
在全國綜合保稅區所有貿易方式中，進料加工貨物進出口值1030.6億美元，同比增長49.1%，占比60.2%。其中，出口值761.8億美元，同比增長42.7%；進口值268.9億美元，同比增長70.8%。區域倉儲物流貨物進出口值535億美元，同比增長1倍，占比為31.2%。其中，出口值221.4億美元，同比增長2.4倍；進口值313.5億美元，同比增長54.9%。上述兩種貿易方式進出口占比合計為91.4%。
2.按企業性質
在全國綜合保稅區所有企業性質中，外商獨資企業進出口值948億美元，同比增長10.6%，占比為55.3%。其中，出口值671.3億美元，同比增長14.1%；進口值276.7億美元，同比增長3%。中外合資企業和私營企業進出口值分別為413.9億美元和239.3億美元，同比分別增長2.3倍和1.2倍，占比分別為24.2%和14%。上述三種企業性質進出口占比合計為93.5%。
3.出口國別
在全國綜合保稅區實際進出口國別（地區）中，美國、臺灣省和香港地區居前三位。其中美國進出口值為359.9億美元，同比增長43.6%，占比為21%；臺灣省進出口值為152.3億美元，同比增長63.9%，占比為8.9%；香港地區進出口值為143.9億美元，同比增長95.6%，占比為8.4%。上述壹個國家和兩個地區，進出口合計占比38.3%。