機上燃油系統分為主系統和啟動燃油系統。主系統又分左右兩分系統，分別向兩個發動機供油。燃油箱加註惰性氣體，可抑制燃油爆炸，並設有緊急空中放油裝置。機上設有主液壓系統和剎車液壓系統。主系統負責起落架收放、前輪轉向，以及起落架艙、彈艙門的開啟關閉。通信系統包括通信電臺、短波指揮臺、超短波指揮臺、機內通話器和應急救生電臺。機上還安裝了空調及除冰系統。前後氣密艙的空調用來自發動機壓氣機的壓縮空氣進行增壓和加溫。轟-6壹直存在座艙溫度過高的問題，夏季在地面停放時，座艙氣溫壹般達50度以上，極端情況曾經達到70度。這種高溫條件不僅加大了機組成員的負擔，而且對大量精密的電子設備也有極為不利的影響。最終只能采用地面空調車的方式進行“治標”處理。
為防止機翼前緣、發動機進氣道前緣結冰，利用由發動機引出的熱空氣進行加溫。垂尾和平尾前緣及飛行員、領航員前面的玻璃，采用電阻絲加熱裝置進行加溫。電源系統由發動機帶動的直流發電機、電池及變流器組成 。 轟-6的主要作戰武器為多種普通炸彈，艙內正常載重量3000千克。轟-6的火控系統主要由第二代自動領航轟炸系統組成，包括多普勒雷達、轟炸雷達、光學轟炸瞄準儀、計算機、航向姿態系統、自動領航儀、無線電羅盤、無線電高度表、自動駕駛儀和速度傳感器組成。1960年代，華北光學儀器廠研制出“六型”航空光學射擊瞄準具，為機上自衛性的航空火力控制系統,與轟-5、轟-6、水轟-5等飛機配套，能對航炮進行遙控和自動跟蹤目標。1967年，華北光學儀器廠完成“I型”航空光學轟炸瞄準具的研制。該瞄準具與國產“轟六”機配套，可供轟炸機從任何方向對固定目標或活動目標進行水平飛行轟炸瞄準；還可與轟炸雷達交連，在能見度不好的情況下使用。同年，該廠研制出“Ⅲ型”航空光學瞄準具，為第二代導航、轟炸系統配套的產品，具有適合低、中、高空的瞄準和轟炸兼顧的性能，解決了“Ⅰ型”瞄準具1000米以下不能轟炸的缺點。該瞄準具能與導航轟炸數字計算機交連，飛機在轟炸航路上做機動飛行，可避開敵人的防禦火力；並能在高度200～l400米範圍內和雷達轟炸瞄準具交連，實施夜間轟炸。其重大改進主要是把“Ⅰ型”的8大件改為只有頭部、電子盒、高度組、交流機4大件，並用研制的功率大、體積小的步進機代替摩擦盤機構，提高了瞄準具的協調精度，減輕了重
量。為在低空時能提前發現目標，產品中新增設了概略瞄準機構和快速導視機構。同時，對高度組進行了重新設計，使產品在能見度不好的情況下或在夜間能與雷達轟炸瞄準具交連，實施“交連”轟炸。“Ⅲ型”瞄準具采用“追趕法”瞄準，其操作簡單，精度高，瞄準時間短。
機上裝有***7門23毫米自衛機炮，機頭壹門，機身上、下、尾部炮塔各兩門，由射擊瞄準雷達或光學瞄準具控制。機上PX-1型炮塔（PX估計為“炮塔系統”的縮寫，又分上、下、尾部三種不同結構的炮塔，尾炮塔名稱為WPT-1）使用無消焰器的23-2機炮；機頭前向機炮為23-2H機炮，帶長消焰器。PX-1炮塔由114廠研制，1973年未定型即開始裝備使用，後於1984年針對各種問題經過改進後正式定型，至今約生產了近160套、近500座炮塔。1984年，原計劃以PX-1為基礎為轟-5研制的PX-2型炮塔，因轟-5早已停止生產，而轟-6的PX-1炮塔又與之相似，因此取消了研制計劃。
1981年，在轟-6機上加裝第二代自動領航轟炸系統，深受部隊歡迎。為了提高轟-6的自衛生存能力，1980年，完成了轟-6機加裝自衛幹擾設備的改裝。
其炸彈武器包括核彈和早期采用過的250-1、500-1型普通炸彈。之後250/500/1500/3000-2型高阻爆破炸彈等陸續裝備轟-6使用。250/500/1500/3000-2系列炸彈是在蘇聯фAB-M54系列爆破炸彈基礎上改進研制的，60年代中期服役，適於轟-6彈艙內掛，中高空投擲。另外強-5、殲-6、殲-7、殲-8等也可掛裝使用。該系列炸彈有相同的結構和性能特點，只是外型尺寸、裝藥等略有差異。全彈由圓柱型彈體、雙圓筒試尾翼裝置、頭部/尾部傳爆管、雙彈耳和相應裝填系數的TNT裝藥等組成。彈體由彈頭、彈尾、尾錐體、彈道環組成。彈頭由鑄鋼鑄成，彈道環焊在彈頭外部，專門用來改善炸彈下落進入跨音速飛行時的穩定性。該系列的四型炸彈的技術指標如下：
250-2型：全長1.5米，彈體直徑0.325米，尾翼翼展0.41米，彈重236千克，裝97千克TNT
500-2型：全長1.5米，彈體直徑0.45米，尾翼翼展0.57米，彈重473千克，裝200千克TNT
1500-2型：全長2.77米，彈體直徑0.63米，尾翼翼展0.79米，彈重1448千克，裝658千克TNT
3000-2型：全長3.3米，彈體直徑0.82米，尾翼翼展0.41米，彈重2840千克，裝1350千克TNT
高阻航空炸彈外形啟動阻力大，不適合高速作戰飛機外掛，也不能用於低空、超低空轟炸。但其短而粗的外型，能充分利用轟-6炸彈艙的容積。且只需加裝適當的減速裝置及開傘控制和安全保護裝置，即可構成適用於高速低空/超低空轟炸的減速炸彈，從而擴大高阻航空炸彈的使用範圍。
更先進的250/500/1000-3型低阻爆破炸彈是中國自行研制的。適用於高速飛機外掛投擲，轟-6並未裝備 。