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生物背景入門生物信息學需要補哪些計算機知識?

我在的北大的生物醫學工程系裏面有健康信息系統、醫學數據、計算生物學方向,和傳統的生信有壹定的差別;真正做生信的人信息科學院有壹撥,生命科學院還有壹撥。不排除數學院也有理論研究專家。計算機方面的基礎知識,和真正學計算機專業的同學是完全不壹樣的要求。不談計算生物學裏面DNA計算機壹類的東西,如果是序列分析、組學這些研究的話,我現在按如下壹步步來:首先,應用層面,Linux必須要會用,所有的生信軟件幾乎都是linux-based不會也得會,(嗯,會用,不是說要把內核源碼深入解析壹下什麽的)主要是會文件操作,登陸服務器,權限,進程什麽的各種概念,以及壹些基本的生信工具BLAST等等。其次,如樓上所言,要求數據結構與算法的知識。直接被用在生信應用裏面的比如BLAST的動態規劃,當然其他沒有直接關聯的也很重要,比如之前看宏基因組分類方面的論文就有壹些組用了貪心法這樣的簡單原理,但是也達到過很好的效果。最後,編寫代碼方面,需要壹些技能是光上壹點基礎課學不來的,必須在戰爭中學習戰爭。比如說會寫了python或者C,java,但是還是需要壹些高級技術以及技術細節。之前在做測序數據分析的時候要求寫成並行的程序,這樣服務器跑起來快,免得結果等好幾天。

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