聯系是他們都隱藏在用戶的系統中對外發送信息，並且對遠程機器有壹定的權限控制本地機器。
不同的是，特洛伊是壹個完整的軟件，而後門體積小，功能單壹。
而且，在病毒命名中，後門壹般標有“後門”字樣，而木馬壹般標有“特洛伊”字樣。
後門程序壹般是指那些繞過安全控制，獲得程序或系統訪問權限的程序方法。在軟件的開發階段，程序員經常在軟件中創建後門程序，以便修改程序設計中的缺陷。但如果這些後門被別人知道，或者在軟件發布前沒有刪除後門程序，就成了安全隱患，容易被黑客當做漏洞攻擊。
後門程序，也稱為特洛伊木馬，用於潛伏在計算機中，從事信息收集或黑客訪問。後門程序和計算機病毒最大的區別就是後門程序不壹定會復制自己，也就是後門程序不壹定會“感染”其他計算機。
最著名的後門程序是微軟的Windows Update。Windows Update的動作不外乎以下三種:開機時自動連接微軟的網站，將電腦的當前情況報告給網站進行處理，網站通過Windows Update程序通知用戶是否有需要更新的文件以及如何更新。如果分析這些動作，“開機時自動連接微軟網站”的動作是後門程序特征中的“潛伏”，而“報告電腦當前情況”的動作是“收集信息”。所以，雖然微軟“信誓旦旦”地說不會收集個人電腦的信息，但是如果我們從Windows Update上分析，就會發現它必須收集個人電腦的信息才能運行，唯壹的區別就是收集了什麽信息。