1. 前後處理模塊– Pre- & Post Processing (PP)
MIKE 21為用戶準備輸入數據、數據轉換和分析、和結果的演示提供了靈活方便的工具。MIKE 21系統使用相同的數據格式、文件、和目錄結構作為前後處理的工具，以便應用於各種輸入和輸出數據及結果演示的操作中。
MIKE 21的前後處理工具主要應用於：
數據的讀取、編輯和打印
生成地形網格文件
地形的轉換和旋轉
繪制時間序列、線序列、彩色等值線，三維表面等
水動力學相應的工具有：
邊界條件的準備
流量的計算
對流擴散模塊需要用到的工具有：
邊界條件的準備
波浪模擬會涉及到的工具有：
規則波的生成
不規則波和單向波的生成
不同類型波譜的生成
波浪反射和透射系數的計算
FFT分析
消能邊界的準備
二維風場的準備
波生流邊界條件的準備
泥沙模擬需要的工具有：
泥沙計算表格的生成
泥沙計算表格的擴展
輸沙量的計算
風暴引起的泥沙淤積總量計算
潮汐計算涉及的工具有：
潮高和潮流的預測
潮高和潮流的分析
MIKE 21主要使用三種不同的數據格式，包括：
“0格式（時間序列）包括各點的時間序列
“1”格式- （線序列）包括壹條線上的序列，如沿網格線計算得到的流速；
“2”格式- （矩陣序列）包括二維數據的序列，如地形數據、初始條件或計算結果。
任何壹種類型的MIKE 21的數據文件都能轉換為ASCII格式的文本文件，這使MIKE 21的數據能與其他多種應用程序進行數據交換。
2. 水動力學模塊– Hydrodynamics (HD)
該模塊模擬由於各種作用力的作用而產生的水位及水流變化。它包括了廣泛的水力現象，可用於任何忽略分層的二維自由表面流的模擬。HD模塊是MIKE 21軟件包中的基本模塊，它為泥沙傳輸和環境水文學提供了水動力學的計算基礎。
HD模塊模擬湖泊、河口和海岸地區的水位變化、和由於各種力的作用而產生的水流變化。當用戶為模型提供了地形、底部糙率、風場和水動力學邊界條件等輸入數據後，模型會計算出每個網格的水位和水流變化。
模型利用ADI二階精度的有限差分法對動態流的連續方程和動量守衡方程求解。
由於MIKE 21 HD模塊是非常通用的水文學工具，它可以用來描述各種水力現象，如：潮汐交換和潮流；風暴潮；漩渦；港區的水面波動； 潰壩；海嘯。
3. 水質和環境評價模塊
對流擴散模塊（AD）
該模塊模擬水中溶解物由於對流和擴散作用的傳輸過程，如：
· 鹽度
· 熱交換
· 大腸菌群
· 其他異型生物質的化合物
· 線性衰減和熱耗散也能通過AD模塊來計算。
AD方程是采用三階精度有限差分法，QUICKEST-SHARP或ULTIMATE-QUICKEST來求解。這樣的解法有效的避免了對流擴散模塊中質量守衡、偏高和偏低值的問題。第三種可能是使用簡單的UPWIND解法來求解。
AD模塊的典型應用有以下三類：
· 發電廠冷卻水的循環和脫鹽廠的鹽循環
· 各種守恒或線性衰減水溶物的環境研究，如鹽、溫度、汙水、菌群、有毒的有機化合物、重金屬或放射性元素
· 高級水質模塊中水溶物擴散計算（高級的水質和環境評價分析則需要借助MIKE 21的水質模塊ECOLab進行模擬）
水質模塊 （ECOLab）
ECOLab是壹個完備的、用於生態模擬的數值實驗室，它提供了從簡單到復雜的解決方案。而且，還提供了壹系列的模板，用戶可根據自己的具體應用選擇使用模板，並可在此基礎上寫入自己的公式
來創建自己的應用模板，從而為用戶節省了大量用於編程的時間。
該模塊用於河流、濕地、湖泊、水庫等的水質模擬，預報生態系統的響應、簡單到復雜的水質研究工作、水環境影響評價及水環境修復研究、水環境規劃和許可研究、水質預報
ECOLab包括壹整套子模塊，每壹個子模塊用於具體的水質問題，包括：
WQ：
· BOD/COD-DO關系（模型復雜程度分七級）
· N和P輸運（硝化、反硝化、吸附）等
· 濕地中N和P的持留（植物吸收、反硝化、泥炭中積聚等）
· 大腸桿菌（糞及總大腸桿菌）
EU：
· 富營養化（12個模型組分的營養鹽循環）
· 浮遊植物和生物動力學（葉綠素-a、碳、氮和磷）
· 著床植物和碎屑
· 氧平衡
HM：
· 重金屬歸宿
· 水相濃度（溶解的和懸浮的）
· 沈積物中金屬（空隙水中含量、吸收和富集）
· 生物體內累積
溢油分析模塊（SA）
模擬懸浮物質的擴散和風蝕，僅用於預報溢油問題、評估意外溢油預案分析（需要和PA聯合使用）。
4. 泥沙傳輸模塊
MIKE 21包含三種類型的泥沙傳輸模塊，輸沙模塊、輸泥模塊和質點模塊。
輸沙模塊（ST）
MIKE 21的ST模塊根據水流的作用或水流和波浪的***同作用來計算輸沙率。在波浪和水流的***同作用時，模型利用DHI模型STP的波周期公式計算輸沙率。如果只有水流的作用，用戶可選擇多種常用的輸沙計算公式。初始的淤積/沖刷利用泥沙的質量守衡來確定。
· ST模塊主要用來確定泥沙的傳輸模式（或傳輸模式的改變）、和由於工程建築引起的淤積/沖刷的初始速度。如：灘地開墾、挖泥操作或海岸建築。
· STQ3：準三維泥沙傳輸，是ST的添加模塊，它提供了次生效應的信息。
· CAMS： 海床演變模塊，結合ST模塊聯合運用，集成了波浪、水流和沙的各種影響模擬沿海動床和沖淤變化成為壹個完全動態的地形模型。
粒子分析模塊 （PA）
模擬水中溶解或懸浮物質的傳輸路徑及歸宿。PA模塊把水中汙染物視為粒子，在二維水體中以傳輸和擴散的方式運動。PA應用拉格郎日法進行計算，所以粒子的運動和結果的精度不受網格大小的限制。
PA模塊主要用於江、河、湖、海中發生的意外溢漏的模擬，並且能夠模擬沈澱和衰減的過程。
輸泥模塊（MT）
MIKE 21的輸泥模塊（MT）結合了多粒徑級和底床分層，描述了粘聚性泥沙（淤泥或黏土）在波浪和水流作用下的沖刷、傳輸和沈積。MT模塊還考慮了河（海）床的不同固結程度。
由於缺少普遍適用和基於原理的粘聚性泥沙公式，模型會壹定程度上的依賴於經驗公式。因此，對於沖刷和淤積的數學描述，盡管以物理原則為基礎，仍來源於經驗公式。AD模塊中運用的對流擴散原理在MT模塊中用來描述懸移質的運動和擴散。
輸泥模塊可以計算港區內、內陸湖和海岸地區的粘聚性泥沙的淤積情況，並進而確定挖泥的操作。
波浪模塊
用戶可以根據需要在MIKE 21中選擇不同的波浪模塊，基本上MIKE 21中的波浪模塊可分為兩類：
· 基於波浪運動概念的模塊（OSW、NSW）
· 基於動量概念的模塊（BW、EMS和PMS）
近岸波譜模型（NSW）
NSW模塊用於計算不考慮波浪衍射的海岸地區形成的波場，用於模擬位於近岸的短周期和短波幅波浪的傳播、成長和衰落。
MIKE 21的NSW模塊是風浪波譜模型，描述了近岸地區短波的傳播、發展和衰減。模型包括了不同水深的波浪折射、風生波和由於底部糙率和波浪破碎產生的波能耗散。NSW模塊還能為波生流的計算提供波浪的輻射應力，如作為泥沙計算的壹部分。當然，NSW模塊還能考慮潮流和風導致的水位變化。
MIKE 21的NSW模塊主要應用於外海地區，波浪由深水傳播到淺水的變化過程。還有，對於海岸地區波浪條件（如波高、波周期和波向）的評估是非常關鍵的，另外壹個外海地區的重要問題是泥沙傳輸的模擬，而泥沙的運動很大程度上受到波浪產生的沿岸流影響。上述問題可以借助NSW模塊來計算波浪的輻射應力，進而計算波生流和對泥沙傳輸的影響。
遠岸波譜模型（OSW）
這是第三代譜波模型，用於模擬風生波的成長、衰落和轉變以及外海地區的巨浪，並能夠為NSW模型提供理想的外海波浪的邊界條件。
Boussinesq波浪模型（BW）
建立在Boussinesq方程基礎上，是MIKE 21模型中最高級的波浪模塊。能夠模擬在沿海和港區內多種波浪的組合影響，如波浪的反射、折射、衍射等。可用於研究和分析港口及沿海地區的波擾動。現在包括了破碎波及長波的產生。
橢圓型緩坡度波模型（EMS）
可用於研究沿海地區的波浪動力條件，例如，由線性和單頻波作用力所引起的港口***振響應。能夠和HD模塊聯合使用模擬破波帶附近的波生流。可用於計算衍射和波浪破碎較為重要的小型海域。
拋物線型緩坡度波模型（PMS）
是壹個通過假設主波向和忽略波浪的向後散射的簡化的EMS模型，可用於研究大型開放海域的波浪場。