目前，克倫威爾是唯壹支持WDL的全功能執行引擎。克倫威爾是壹個面向科學工作流的工作流管理系統。它是基於BSD 3-Clause license certificate的開源軟件，支持在三個平臺上運行WDL:本地機器、通過job scheduler訪問的本地集群(如PBS、Slurm)和* *雲平臺(如Google Cloud或Amazon AWS)。
克倫威爾是以美國演員詹姆斯·克倫威爾命名的。他是《寶貝》、《星際迷航:第壹次接觸》等偉大電影的主演，所以它的吉祥物是“變形金剛傑米”。
使用WDL，無論計算環境如何，您都可以在本地集群和公共雲上運行完全相同的腳本。
WDL腳本的核心結構包括五個基本組件:工作流、任務、調用、命令和輸出。
工作流是描述整個過程的框架，在工作流中調用不同的任務。
任務包含“做某事”所需的所有信息，它由壹個命令包圍，該命令包含輸入文件和參數的定義，以及輸出信息。
* *例如，bwa比較過程使用WDL編碼* *
輸入為參考、read1和read2。
輸出是壹個bam文件和壹個bam索引文件。
命令是
頂層文件是工作流，它調用這個任務。
明確了流程的內容之後，我們壹起來完成流程的編碼。
** bwa.wdl任務內容**
**mapping.workflow.wdl工作流內容* *
使用womtool語法檢查
使用womtool生成inputs.json，並完成輸入文件和字符串。
使用克倫威爾運行流程
WDL可以使我們的工藝裝配更加方便。
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