醫院與新疆醫科大學第壹附屬醫院、自治區人民醫院、喀什地區八個縣(市)醫院建立了長期技術合作關系。是地方、兵團、周珂、西南石油工人醫院、鐵路局等醫療保險、商業保險定點醫院，是低收入人群、新農合、城鎮居民定點救治醫院。同時也是喀什農牧區白內障上海慈善基金會醫療救助項目定點醫院，先天性心臟病兒童公益基金定點醫院。2013年獲批22種重大疾病治療定點醫院。醫院有兩個分院(原紡織廠醫院和原鐵路醫院)。床位800張，開放床位1，000張。臨床科室21，醫務科7，職能後勤科室11。從業人員1293人，其中博士16人，碩士13人，高級職稱143人。
醫院建成的14層綜合樓病房總建築面積50000平方米，配備10部電梯，配備全新的層流手術室、重癥監護室、血液透析室、靜脈輸液配置中心、功能齊全的遠程會診中心、信息室等。，大大改善了患者的醫療條件。
50多年來，醫院始終堅持“以病人為中心、以質量為導向、以創新為導向、以形象為導向、以品牌為導向”的方針，秉承“責任、誠信、追求”的醫院精神和“讓人民放心、讓社會滿意”的服務宗旨，牢記“仁愛、和諧、博學、優醫”的醫院格言，奮勇拼搏，
新壹輪援疆由上海給予喀什二院後，上海在人才、技術、設備、資金、管理等方面給予全方位支持。2014抵達的第八批上海醫療援外隊是歷年來管理和技術最強的隊伍。壹年來，壹系列新技術、新項目在多個領域開展，填補了南疆多項技術空白。在醫院管理上，將上海先進的管理理念貫徹到各個層面，在學科建設、人才培養、內部管理等方面不遺余力，為醫院的各項工作註入了新的活力，為醫院的“三甲”工作奠定了堅實的基礎。