由於存在許多疑惑，中本聰和比特幣從未逃過陰謀論。也許中本聰不是壹個人，而是比特幣系統創建背後的組織化身。該組織以最嚴格的方式化身為中本聰，創建比特幣後，他逐漸放棄了這個替代品。看似無組織的比特幣系統實際上是控制世界金融系統的最佳工具。關於比特幣之父中本聰的猜測有很多，我們目前所知道的只是壹小部分，真正的中本聰本人或組織就在我們身後。
中本聰從未透露自己的身份， 他所有的上網記錄都經過PGP加密和Tor網絡隱藏。討論小組的其他成員也不清楚他的身份。他甚至故意偽造電子郵件中的壹些細節以隱藏身份信息，例如使用未知的技術術語，選擇歐洲時間進行聯系，選擇固定的英語單詞，甚至日語名稱中本聰也可能是化名。
根據美國斯諾登的爆料，美國國安局在通用加密標準中有可攻破的地方。但中本聰卻回避了所有陷阱，並選擇了其他加密方法。在FBI的多年搜索中，沒有找到有關中本聰的任何有效線索。
曾有人猜測日本京都大學數學家望月真壹是中本聰本人，但這壹猜想尚未得到證實。中本聰具有超越普通人的密碼學，計算機，數學和經濟學方面的知識，而望月真壹的知識組成還不足以完成像比特幣這樣龐大的密碼加密項目。從中本聰構建比特幣擁有的知識結構來看，目前極少有人可同時擁有這些知識能力。