1.源代碼
模板開發：基於模板開發的小程序，整個源代碼都是屬於開發服務商的，其中的數據、用戶資料都不屬於企業，所以安全性往往無法得到保障。此外，後期若想進行升級、更新，還需要找到原來的服務商才能進行，非常不便。
定制開發：定制開發的小程序，整個源代碼都會交付給企業，這樣壹來，無論是數據還是用戶資料都由企業自己掌握，所以安全性可以得到保障。此外，後期若想進行更新、升級，無論是找原來的服務商還是自己進行都可以，簡單便捷。
2.功能
模板開發：基於模板開發的小程序，其功能很多都是根據行業的特點進行設計的。雖然能夠滿足日常運行需求，但是會存在無用功能過多，需要的功能又缺失的情況。
定制開發：定制開發的小程序，所有功能都是根據企業的需求進行規劃的，同時還會結合行業、目標人群等因素進行規劃，所以定制開發的小程序，其功能更加符合用戶的需求、市場的需求。
3. 頁面風格
模板開發：基於模板開發的小程序，其頁面設計風格往往都是根據行業特點進行設計的。而根據行業設計的頁面風格，往往無法很好的展現企業獨有的特色以及產品的賣點。此外，還會給用戶造成千篇壹律的感覺，無法讓用戶留下深刻印象。
定制開發：：定制開發的小程序，小到每個圖標，大到整個頁面的風格都是經過精心設計的，所以能更好的體現企業的特色、產品的賣點。此外，經過精心設計的頁面，往往能夠給用戶帶來壹種“眼前壹亮”的感覺，這樣壹來客戶往往能夠留下較深的印象。