北鬥導航系統與GPS導航系統的差距在範圍覆蓋、衛星數量和軌道特性、定位原理、定位精度和用戶容量等。
1、覆蓋範圍
北鬥導航系統是覆蓋中國本土的區域導航系統，覆蓋範圍東經約70°—140°，北緯5°—55°。GPS是覆蓋全球的全天候導航系統，能夠確保地球上任何地點、任何時間能同時觀測到6-9顆衛星（實際上最多能觀測到11顆）。
2、衛星數量和軌道特性
北鬥導航系統是在地球赤道平面上設置2顆地球同步衛星，衛星的赤道角距約60°。GPS是在6個軌道平面上設置24顆衛星，軌道赤道傾角55°，軌道面赤道角距60°。GPS導航衛星軌道為準同步軌道，繞地球壹周11小時58分。
3、定位原理
北鬥導航系統是主動式雙向測距二維導航，地面中心控制系統解算，提供用戶三維定位數據。
GPS是被動式偽碼單向測距三維導航，由用戶設備獨立解算自己三維定位數據。北鬥導航系統的這種工作原理帶來兩個方面的問題，壹是用戶定位的同時失去了無線電隱蔽性，這在軍事上相當不利，另壹方面由於設備必須包含發射機，因此在體積重量上、價格和功耗方面處於不利的地位。
4、定位精度
北鬥導航系統目前三維定位精度約25m，授時精度約100ns，在我國境內部分主要地區可達到10 m。GPS三維定位精度P碼目前己由16m提高到6m，C/A碼目前己由25—100m提高到12m，授時精度目前約20ns。
5、用戶容量
北鬥導航系統由於是主動雙向測距的詢問——應答系統，用戶設備與地球同步衛星之間不僅要接收地面中心控制系統的詢問信號，還要求用戶設備向同步衛星發射應答信號，系統的用戶容量取決於用戶允許的信道阻塞率、詢問信號速率和用戶的響應頻率，因此用戶設備容量是有限的。
GPS是單向測距系統，用戶設備只要接收導航衛星發出的導航電文即可進行測距定位，因此GPS的用戶設備容量是無限的。