首先是TV版第25、26話的心理分析課，可以說，EVA的前面全部24集都是為了這最終的人類補完計劃來做的鋪墊。在這裏，所謂的人類補完就是人內心的進化，其實就是心理進化、解決病態的心理問題。片中以生存的意義，存在的目的為核心話題，以人的孤獨為對象，進行了長篇的心理描述，意在使觀眾（也就是和EVA中人物有相同心理的觀眾）在了解了片中人物的心理解決過程中也解決了自己的心理問題。（這裏我就不詳細敘述其中的分析）最終，碇真嗣也走出了自己陰晦的心理，完成了自己內心的補完，這時，所有的人都恭喜他走完了自己相當重要的心理歷程。然後，在片的最末尾，寫下了“然後祝福世界上所有的孩子……”就這樣，EVA就在這樣的話語中結束了。
然後，又推出了電影版The end of Evangelion，以描寫故事的形式完結了新世紀福音戰士。然而，所謂的描寫故事不過就是在以故事為基礎進行心理分析而已，其實整個新世紀福音戰士故事中都是為了進行心理上的補完
從哲學學派上來說，EVA不屬於任何壹個學派。它是壹個由諸多思想雜合的作品。在下在EVA裏看見了尼采，看見了馬克思，看見了黑格爾，看見了海德格爾，看見了弗洛伊德…EVA作為壹部超現實主義的作品來說，已經運用到了絕大多數的現代派手法。它所做的壹切，目的只有壹個：讓我們認識這個世界。
二元論，LCL與精神。在Eva中，認為壹切生命都是由LCL構成的，也就有了LCL生命之海的概念。然而，精神卻是獨立於物質的。即使化為初始的LCL人類的靈魂還會繼續存在下去，而且，如果肉體會帶來不便的話，不如將它拋棄。
性惡論，人類是罪惡的後代，人是攜帶著不可饒恕的原罪來到這世界上。
真的是這樣麽？人類擁有生存的希望，人類的希望使人們不得不利用自己科學的力量。生存的希望有什麽不對的麽？
無道德。在EVA中無所謂道德，如果按照“傳統”來說，人類的所作所為就是不道德的。依靠復制的對手（EVA和使徒壹樣是亞當的衍生）、欺騙對手而茍且偷生。這種行徑怎算道德？人類的那種利用壹切來為自己的行為是道德？道德是什麽？善惡是什麽善與惡是本身根本就不存在的東西，只不過是人類為了給自己的行為編造理由的理由罷了。在尼采高呼“上帝已死”之後，我們是否能夠得到新世紀的新希望呢？
荒謬。由於人和人之間不能相互了解，所以人們按照自己對別人的想法，自己對世界的想法行事必然造成結果的不可預測性，也就是荒謬的原因。在這裏Evangelion給我們的解決辦法是——既然妳在這裏妳就沒有辦法解決，只能在心中去接受他。
綾波麗：人為什麽要活著呢？
———不知道
明日香：或許就是要找尋這個答案才活著的吧。
綾波麗：到底為誰而活？
明日香：當然是為了自己呀！
碇真嗣：或許是為了自己吧。
———真的麽？
……
碇真嗣：不能逃避。
綾波麗：為什麽不能逃避？
碇真嗣：逃避會使自己更痛苦。
綾波麗：逃離了痛苦之後還會覺得痛苦。
……
……
碇真嗣：或許並不是這個現實世界不好，但是我討厭我自己。
……
壹個人的世界觀就是這麽狹義的東西
妳只是不習慣被人喜歡而已
壹個討厭自己的人是不可能會喜歡、信任別人的
只要去改變壹下自己……
……
碇真嗣：或許我可以變成喜歡自己，或許我可以待在這。沒錯，世界上只有壹個我，我就是我，我要做我自己。我想待在這裏，我可以待在這裏！
最後剩下的只有兩個人，壹個是真治，他拒絕了與別人的補完，選擇寧可心靈上有缺陷，有孤獨和痛苦，卻仍然保持獨立個體。另壹個是明日香，她在2號機裏感受到了母親的靈魂，懂得a.t.field的意義，也保住了自己靈魂的獨立。（兩個被母親保護的小孩啊～～）
兩個人離開EVA回到現實世界時，其他人都已經被補完（失去肉體，靈魂結合在壹起，也就是死了嘛～～）。其實這與真治本來的想法是不符合的，他所希望的是回到原來生活的環境，有朋友、有同學，還有壹個不怎麽愛他，但是他仍然很看重的老爸，壹個他不怎麽喜歡，但是可以慢慢習慣和改變的世界。現在的世界卻壹無所有，只有那個壹直罵他“baga”的明日香，所以他感到很絕望。
明日香在重新找回自我之後，已經能肯定自己的存在，她不再需要依靠別人的肯定來補完自己，所以她變得冷漠，對真治只剩下可憐。
真治比以前更討厭這個世界，也討厭代表了未來的明日香（因為她可以毫不在乎的活下去），真治掐住明日香的脖子表達的正是他對外界和他人的仇恨。這是真治壹直以來的想法，“others are hell”，他覺得別人不喜歡他，所以他也討厭其他人。他好像到最後都沒有改變。真治已經有壹次覺得無法忍受明日香對他的批評，說出了他的內心感受，因此想殺死她，現在面對更無情的明日香，又想殺她也很正常。
我覺得這個結尾很自然，兩個孩子在經歷了死亡以後，如果還能正常才叫奇怪。我也覺得他們兩個不會喜歡對方。
找到了些比較詳細的評論如下
真治被作為補完對象，與EVA，朗基亞斯之槍形成了生命之樹，意識極度形而下化（意識形而下化，可以簡單地理解為，想什麽既是做什麽），於是他便開始想象，更準確地說應該是做夢，夢見自己和明日香在美裏家中的客廳裏，急切地向明日香求助，明日香卻拒絕了真治，指責他逃避與他人間的的交往，壹把將真治推倒在地上。真治慢慢地爬起，歇斯底裏地叫喊著：“誰能救我，不要留下我壹人！不要殺我！”掀掉桌子，沈默片刻之後，舉起雙手，緊緊卡住明日香的脖子。見她舉離地面，久久地不松手（這個動作似曾相識，但第壹次見到時，乃初號機所為）。
此時，畫面凝固了，出現的是真治混亂的意識和與麗的對話，然後是無言。於是，人類的融合開始了。關於這段畫面，很多人不解其為什麽要卡明日香，其實這種舉動，只不過是真治反人類，反社會傾向的壹種體現。明日香在這裏也不再是明日香，而成為真治心中THE OTHER的代表。不是說過嗎，傷害他人，會比傷害自己更知道自己心中的痛，明日香雖然表面上壹直罵真治，但實為真治最親近的人。真治由於對自己的痛恨，拒絕壹切外界對他的關愛。於是就通過卡明日香來達到傷害自己內心，發泄對人類的仇恨的目的。
我個人認為,真治卡明日香的鏡頭，是整部EVA中最經典的鏡頭之壹，是具“分水嶺”意義的“壯舉”。從那時起，真治便下定決心，“全滅”人類。他自我厭惡，痛恨人類的情緒達到了極致， 爆發了出來，但是在最後，真治放棄了，開始試著接受別人的愛，不知妳是否註意過，電影片最後，真治在卡明日香時，明日香反而去撫摸真治的臉，真治便松開了雙手。這點，他和他父親是壹樣的。對他們來說，“愛是壹種傷害”(劇場版的副標題)。