不過要清晰地解釋這個偈子就要從慧能大師的師兄神秀大師的另壹首偈子作對比才會看明白其中的道理。
壇經記載，當年禪宗五祖弘忍和尚要求弟子們各做偈子來印證弟子的修行，在弟子中找出明心見性的傳下禪宗祖師的衣缽成為第六代祖師。大眾首推五祖的大弟子也是當時的首座神秀大師，神秀大師思索了良久才在廊前作了壹首“身如菩提樹，心是明鏡臺；時時勤拂拭，勿使惹塵埃。”神秀大師的偈語之中的大體意思就是端正自己的身心守護自己的身語意三業，護持自己的清凈佛性就猶如愛護明鏡壹樣試試擦去落下的灰塵，但是還是有法可得有法可修，可是如來本性清凈又何須無謂的多余的去拂去塵土呢？對於直指人心當下即是的禪宗來說不過頭上安頭腳上安腳，所以只是看到了門道而沒有見到如來本性。當時的慧能大師當還在舂米做雜役，壹天聽到人們念誦神秀的偈語便知道了神秀並沒有見道，為了破神秀的法執，因此做了這個“菩提本無樹，明鏡亦非臺；本來無壹物，何處惹塵埃。”與神秀大師的壹對照凸顯了慧能大師參悟佛法的深度與本自清凈的如來本性。句句破斥神秀大師的法執。本自清凈的佛性並不會被外塵所染汙壹絲壹毫，更不會因為人為的造作而有增有減。這也正是心經中所說不生不滅、不垢不凈、不增不減的境界。