1，根據不同的規律。
軟件版權保護的依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》。
軟件的專利保護是基於專利法。具體審查標準參見《國家知識產權局專利審查指南》第二部分第九章“關於審查涉及計算機程序的發明專利申請的若幹問題”。
2.保護原則不同。
軟件著作權是在軟件創作完成後自動產生的，也是軟件著作權的自願登記。登記的目的是體現公證的效力，主要用於宣示著作權的歸屬，同時也是為了後續維權的證據更強。
軟件專利必須向專利局申請才能獲得保護，所以必須積極申請，專利制度是以“公開換保護”為原則的。
3.不同的保護對象
軟件著作權申請提交的材料是源代碼和用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表達，而不是想法。這樣就有可能讓競爭對手研究妳的軟件，然後改變編程語言達到同樣的結果，但是因為代碼不壹樣，所以不侵犯版權。
而軟件專利則是在申請時描述軟件的設計思路(註意壹定要用技術方案的形式表達，或者最好和硬件結合)，包括軟件流程圖的內容，而不是主要說明用哪種編程語言來實現。壹旦授權，他人只要采用軟件專利的設計思想或方案，都可能構成侵權。
4.申請通過率不壹樣
軟件著作權是登記制，壹般不需要實質審查。只要形式審查時提交的材料符合要求，不違反著作權法的規定，就可以授予軟件著作權，登記通過率極高。
軟件專利需要形式審查和實際審查。形式審查主要是審查專利材料是否符合申請要求。形式審查通過後會公之於眾，然後進入實質審查，審查專利是否符合專利法的要求，必須滿足新穎性、創造性、實用性等諸多要求。壹般純軟件專利不容易獲得權利，軟硬件結合會提高授權率，但通過率總體來說還是不高。
5、保護期和維護費用不同。
至於法律規定的相關版權保護費，只交前期申請費，不會有後續的維護費。
壹般來說，軟件專利只能申請發明專利，保護期限為自申請日起20年。發明專利每年需要繳納年費，到期後不繳納視為放棄專利權。
軟件版權和專利哪個好？
1，軟件版權
優點:無需宣傳即可保護，創作者可快速獲得版權保護。壹般授權壹般需要4個月左右，加急方式申請軟件著作權，最快壹個工作日即可授權。可以讓版權人快速搶占市場，獲得相應的政府資助。
劣勢:對於競爭對手來說，他們也是軟件開發商。他們可以研究妳的軟件，理解妳的想法，在不侵犯妳的軟件著作權的情況下，按照妳的想法編寫出同樣效果的軟件。這個時候，軟件中最核心的東西，也就是軟件的思想，軟件著作權就無法得到保護。
2.軟件專利權
優點:專利保護的是設計思路和方案，所以保護性更強，專利還可以提出壹些現在無法實現的專利。當技術發展起來，專利就可以實現，然後通過許可獲得利益。很多大公司的專利儲備都是這樣來的。
缺點:軟件專利必須有公示保護，發明專利申請時間為1~2年，壹般不能加急。軟件的進步比較快，在應用的過程中有可能錯過軟件市場。