剛開始時老規矩，先聽七釜戶博士的講解，之後選擇第3項，會有壹個精靈球出現，點擊中間的按鈕，會跳出棉花兔。最後就是決定性別、名字等，對手是個發型很囧的金發男。
主角在家看電視，看完電視準備出門時，對手跑了上來。到樓下後媽媽和妳說話，讓妳去對手家壹趟。出門時被媽媽叫住，又是堆廢話…出門後，左上方就是對手家，進門時對手沖了出來把主角撞倒。他說了句很臭屁的話又回家了，跟他進去。進去後跑上2樓，發現他正在用電腦，他看見主角後又跑了…
出了對手家往北走，看見對手在村口等主角，並且不停催主角快點。主角和對手因為草地裏有野生PM在憂郁，這是博士出現。發生劇情後，博士的孫子（以下稱副主角），並哪出壹個箱子，裏面放著3個PM讓妳選（左邊苗芽龜，中間火猴子，右邊水企鵝）。選好PM後，博士離開了，對手提出挑戰，迎戰。對手的PM是屬性克妳的那個，等級為5，沒難度。
戰鬥結束後，從媽媽那裏得到跑步鞋，以後按著B鍵就可以跑步了。走到村口，遇到對手，和他壹起往西邊神事湖走去，在裏面遇到了銀河團的老大。劇情過後，銀河團老大離開，對手也跑了。
走出湖後，沿201道路通向真砂鎮，在村口遇到了副主角，他帶主角來到研究所，在研究所門口，再次和對手相撞，對手馬上就離開了。進入研究所，劇情過後得到圖鑒。
離開研究所，從博士那裏得到技能機27。出門後副主角向主角介紹了城市的設施。這時副主角說有事讓主角回家，回家後得到日記本。這時對手媽媽也趕過來，並給主角壹包裹讓主角送對手。
然後就可以正式出發了。來到第2城市往北走看到副主角，他會教我們怎麽捉PM並給主角5個球。再往北走就會開始NPC對戰。
沿202道路向北來到長壽市，剛進城看到副主角站在那，和他對話後進城，看到壹個奇怪大叔在那裏糾結，對話後大叔和副主角壹起閃人了。
進入醫院右邊的學校，進去後發現對手在這裏，把東西給他後，他給了主角地圖後也閃人了…
出學校後會看到個大叔，他要主角幫忙找3個小醜。3個小醜分別在在商店門口、水池上方大廈門口處、城市左側飄紅旗的大樓門口。全部對話得到3張票子，就可以找大叔要手表了。
在商店正上方的房間中可以得到先制之爪。
西邊218道路路口壹個釣魚大叔可以要到破釣竿。
得到手表後就可以往東走了。還沒走幾步路，對手突然出現挑戰。
對手PM：
胖胖椋 LV7
初始PM LV9
打敗這家夥後往東邊的203道路走，來到個山洞。進去有個大叔，他會給主角密傳機06碎石，不過因為沒徽章用不來…
出了洞來到黑金市，壹個少年把主角帶到GYM門口。在GYM前遇到對手，得知館主不在。往南走到達壹個礦場，在最裏面找到館主，和他對話後他就回去了。
回GYM，對手已經走了…進去挑戰吧！猴子學會格鬥技能就可以輕松解決了，烏龜和企鵝更簡單了。
館主PM：
頭蓋龍 LV14
小拳石 LV12
大巖蛇 LV12
打贏後得到徽章和技能機76，密傳機06碎石可以使用。
回長壽市，途中會遇到對手和奇怪大叔。回到長壽市後往北走發現副主角和神秘組織戰鬥，上去和副主角聯手戰鬥。打敗他們後博士告訴主角他們是反派組織銀河團。
往北沿204道路走，進去壹個洞穴。出洞繼續往被來到索諾鎮，裏面有個花店可以拿種樹果用的水壺。
往東205道路走看到壹個小蘿莉，她讓主角幫忙找爸爸。繼續往東來到發電站門口，發現有銀河團的人，開戰吧。
滅了他後他跑進發電站把門鎖了。回索諾鎮，左上方的花圃中有兩個銀河團的家夥，滅了他們後得到鑰匙。
殺回發電站，在裏面打倒壹個銀河團幹部後救出了小蘿莉的爸爸。
銀河團幹部PM：
超音蝠 LV15
藍胖貓 LV17
走出發電站，遇到奇怪大叔，發生劇情後奇怪大叔跑了。
從發電廠左邊的橋上去，沿205道路壹直走。這裏很多訓練師，在前面有間屋子可以休息恢復HP。
然後進入白岱森林，有個姐姐會和主角組隊，這裏很多雙人戰，不過每場戰鬥過後都能自動恢復。出了森林和姐姐分開了。繼續從205號道路往西走。
來到白岱市，醫院右邊的房子裏的老爺爺會給妳地下探險的裝備。
醫院上方對手出現，在神像前遇到銀河團老大。回到醫院上方，茜羅娜出現並給主角密傳機01居合斬。
進入GYM挑戰。在裏面不停地找訓練師主動對戰即可。
館主PM：
櫻花 LV20
草苗龜 LV20
假面玫瑰 LV22
打贏後得到徽章和技能機86，密傳機01居合斬可以使用。
出GYM後去城市北邊的大樓，用居合斬砍樹進去（如果沒有適合的PM，在205道路的草地上有抓齙牙貍）。裏面發現奇怪叔叔（在當臥底）和銀河團的人，滅了他們救出自行車店的BOSS
銀河團幹部PM：
超音蝠 LV21
毒臭鼬 LV23
然後就可以去自行車店那裏拿自行車了，按B鍵可以換檔變速。途中茜羅娜給了主角壹個蛋（是波克比）。
往下方進入自行車道206道路，路口有博士助手，如果圖鑒登陸30只PM以上可以拿到學習裝置。
沿206道路走（途中可以去黑金市補給），到207道路往東到盡頭，在山洞口遇到副主角，得到對戰搜索機。
進山洞後，再次遇到銀河團老大。出洞後再往東沿208道路到達綠城。
剛進城會遇到個女士得知這裏有選美大會。城中央的工作人員會帶主角到選美場，在裏面見到媽媽和對手的媽媽，寒暄後她們離開。和選美場裏那個紫發阿姨對話，她會回GYM。
醫院右邊的房間可以得到伊布。
進入GYM挑戰。裏面漆黑壹片，是個小迷宮，進錯門會退回到起點，但難度不大，多走幾次即可。主角會用手表當電筒用。
館主PM：
夜遊靈 LV24
鬼斯通 LV24
夢妖進化 LV26
打贏館主得到徽章和65號技能機
剛準備往209道路走，就遇到對手，和他開戰。
對手PM：
對手主要PM LV27
胖胖椋 LV25
不確定PM LV23
不確定PM LV23（這兩個按主角選PM的屬性變化而變化，我選火猴子時，分別是玫瑰和小火馬）
戰勝對手後，來到209道路，河邊有個釣魚大叔可以要到好釣竿…往北有很多訓練師。中途有個墓地，進去練級吧。裏面的大霧天氣有點不爽。
出墳墓後再北就是花蕊鎮。鎮裏有個培育所，以後有用（生蛋用）。右方有遺跡，裏面有未知圖騰抓。
往北邊的210道路出發，中途有個飯店，裏面可以對戰。旁邊的路被可達鴨堵了，沒辦法只有往東215道路走了。215道路開始下雨，火系會不利。
沿215道路走出了雨地，來到了戶張市。很大的城市，有遊戲廳、百貨大廈，某個房子裏有個小醜和主角玩遊戲，猜對了得到遊戲廳必備的遊戲盒子。
這裏有GYM，進去挑戰。在GYM門口遇到副主角和水戲GYM館主。
推動那些紅色沙袋，就可以清除障礙物前進了。
館主PM：
愈加猴 LV28
魯卡裏奧 LV32
豪力 LV29
打贏館主得到徽章和技能機60
壹出GYM，副主角來求救，他被銀河團的人欺負了。城市上方有銀河團的人，滅了他們。之後奇怪大叔出現，帶主角進了倉庫，得到密傳機02飛天，但深處進不去。
再就是往南進入214道路，這段路很長，註意回復。壹直往南走來到個海灘，穿過海灘繼續走，過了213道路來到野瀨市。
對手PM：
胖胖椋 LV34
對手主要PM LV36（未2次進化）
不確定PM LV32
不確定PM LV32 （這兩個按主角選PM的屬性變化而變化，我選火猴子時，分別是玫瑰和小火馬）
然後就去戰GYM。地面上黃色、綠色是使水面或下降，藍色的是使水面上升。水面上升可使黃色的木板漂起當作路，讓主角通過，主角不能直接通過有水的地方。
館主PM：
暴鯉龍 LV33
呆呆蠑 LV34
浮鼬王 LV37
打贏後得到徽章和技能機55
走出GYM時，遇到了對手，GYM的館主也出現。劇情過後，去追壹個銀河團團員，往沙灘方向追去。幾次追綜之後，和銀河團團員開戰。打敗他後，茜羅娜出現，給了主角密傳藥，便可以去210道路餐廳旁邊的可達鴨處。
來到210道路盡頭把藥給了可達鴨，它們就會走了，然後茜羅娜又過來給了主角壹串奇怪的項鏈。
沿210道路走沒多久就出現迷霧天氣，雖然不用驅霧也能摸路走過，但還是推薦用驅霧，畢竟有道具拿，而且迷霧天氣命中率那個低啊…不過我暫時沒找到哪裏拿驅霧…
走出這段路，到達冠鳳市。中間有個有壁畫的洞穴，打敗門口的銀河團團員。戰鬥勝利後來了個老奶奶，她說那串項鏈是這裏的，那就把項鏈還她。和她壹起進洞穴，看到了神秘壁畫。銀河團老大突然進入洞穴，這次要和他戰鬥了。
銀河團老大PM：
紐拉 LV34
大嘴蝠 LV34
黑暗烏鴉 LV36
勝利後，作為感謝，老奶奶給了主角密傳機03沖浪，但沒徽章用不來…
出了洞穴，茜羅娜出現，發生劇情後，趕往美央市。直接用飛天到長壽市，往西走，在218道路用沖浪來到美央市。
到達美央市後，在橋上會遇到對手的挑戰。
對手PM：
椋鳥 LV36
赫拉克羅斯 LV37
對手主要PM LV38（完全進化）
不確定PM LV35
不確定PM LV35（這兩個按主角選PM的屬性變化而變化，我選火猴子時，分別是花苞玫瑰和烈焰馬）
又有GYM，是在升降板上飛來飛去，沒有什麽難度，多走幾次就能破解
館主PM：
三磁怪 LV37
大鋼蛇 LV38
壁壘龍 LV41
打贏獲得徽章和技能機91。
出門後，遇到對手，他讓主角去鋼鐵島拿密傳機04怪力。
坐船來到鋼鐵島，從洞口的波導勇者處那到密傳機04怪力。洞裏的分支劇情暫時先不管。
回到美央市，和對手對話，進入圖書館。突然地 震，博士讓主角去律詩湖（即最右邊那個湖）調查。
飛到野瀨市右邊的海灘上面（213道路），路口的擋路的兩人已經不在了，進入律詩湖畔。
湖水被抽幹，滿地盡是鯉魚王…進入洞裏打敗銀河團幹部。
銀河團幹部PM：
大嘴蝠 LV38
毒鬥蛙 LV40
古銅鏡 LV38
回家旁邊的神事湖，看到博士和副主角被銀河團的人包圍，上去戰鬥。
銀河團幹部PM：
大嘴蝠 LV38
藍胖貓 LV40
古銅鏡 LV38
然後飛回冠鳳鎮，往左來到洞穴前，進入，向洞穴的更裏面進發。洞裏有霧，不過不想拿道具的話不用驅霧也可過。
出洞是壹個下雪的地方216號道路，視線非常不好。在這裏戰鬥盡量速戰速決，因為雪天每回合不停地少血，在途中會有壹個小屋可以回復。
順路走來到217號道路，雪會更大，而且老是會陷進雪裏。盡量貼著左邊的道路走，有個房子後面有密傳機08攀巖拿。
走出217道路，來到英知湖，看見對手在高臺上打招呼；這個高臺需要密傳機08攀巖才可以上去，雖然已經拿到了08，但是沒有徽章用不來。
所以先去金岬市打GYM。這個GYM比較煩，在冰上走路不遇到障礙就壹直滑行…主要就是想辦法把雪球全撞破就可以了
館主PM：
雪女 LV44
狃拉 LV40
大牡丹 LV40
雪人王 LV42
打完後得到徽章和72號技能機
既然可以使用攀巖了，馬上去英知湖。在湖邊看到對手和銀河團幹部在戰鬥。銀河團幹部看到主角後，馬上就走了。
飛往戶張市的銀河團總部決戰。城右邊的大廈門口雷達前看到壹個正在自言自語的團員，他看到主角後馬上閃人了，奇怪大叔這時出現。前往銀河團倉庫，奇怪大叔把倉庫的門打開了。
然後會到壹棟大廈，和初代紅綠壹樣，不停地飛啊…在裏面找到銀河團總部鑰匙。
拿到鑰匙後就離開這裏，去城中央的銀河團大廈。
在大廈內部，遇到了奇怪大叔，並與他壹起偷聽銀河團大會。
在大廈裏不停地飛、不停地打，終於飛到了最深處，和銀河團老大對戰。
銀河團老大PM：
紐拉 LV41
雙翼蝠 LV44
紳士鴉 LV46
戰後，從老大手裏得到大師球。並繼續往裏走，來到壹個研究室，裏面的儀器上放著三聖菇，打敗銀河團幹部後把三聖菇放生。
銀河團幹部PM：
大嘴蝠 LV42
古銅鏡 LV42
毒鬥蛙 LV44
從207號道路進山洞，來到殿元山。在山洞內部遇到奇怪大叔，對話後繼續前進。不停地進洞出洞來到山頂，途中自然有許多的銀河團雜魚幹擾。
在山頂，遇到了兩個銀河團幹部。這時對手出現，和主角聯手戰兩個幹部。
銀河團幹部PM
古銅鏡 LV44 古銅鏡 LV44
大嘴蝠 LV44 大嘴蝠 LV44
藍胖貓 LV46 毒臭鼬 LV46
戰鬥之後，回復HP
銀河團老大把時間和空間兩大神獸都召喚了出來，兩只神獸發出憤怒的光芒。這時，三聖菇出現，暫時平息的神獸的怒火。地面突然冒出壹個影子，張開巨大的翅膀，創造出反轉世界，把兩大神獸和三聖菇全都吸了進去。
茜羅娜出現，和主角壹起進了反轉世界。裏面是個很難形容的地方，在裏面人可以飄浮，可以飛檐走壁。還好，岔路不多，在每個浮動平臺的四個孔裏都站壹下，就能找到路。
在裏面遇到銀河團老大，對話後來到壹個浮動平臺不停變幻的地方。在裏面有聖菇不停指引妳把石頭推進洞裏。
將三塊石頭填進三聖菇面前的洞裏後，去找茜羅娜，茜羅娜帶主角來到最深處，遇到了銀河團老大，與之開戰。
銀河團老大PM：
地獄狗 LV45
雙翼蝠 LV46
暴鯉龍 LV46
紳士鴉 LV47
瑪紐拉 LV48
打敗銀河團老大後，他離開了。茜羅娜給主角回復HP後，主角將迎來神獸冥王龍的挑戰。
47級的冥王龍實力自然非常強大，經過艱苦的戰鬥後，將其收服。
之後便可以離開反轉世界了。出來後，來到DP中的密泉之道，但地圖顯示是殿元山山腳。經過次元聯接，回到了律詩湖邊。鬼龍也變成了DP裏的形態形態…
去研究所找博士對話後，便可以向律詩湖東邊的222道路進發了。
來到名木市，進去時遇到壹個紅頭男（四天王之壹）。
來到城市東南方的塔頂，和壹個金發男對話，他就會回GYM（他是GYM館主）。之後就可以去挑戰最後的GYM了。
這個GYM的迷題是旋轉齒輪，踩有綠藍紅色標誌的齒輪中心就會是齒輪發生轉動（藍色順時針，綠色逆時針，紅的旋轉108度）——同時其他齒輪也會轉動，所以如何產生通路就要靠不斷的轉動了。
館主PM：
雷伊布 LV46
雷丘 LV46
猛電獸 LV50
雷電獅 LV48
打完後得到徽章和57號技能，密傳機07攀瀑可以使用。
出GYM往上走，看到了金銀版中的鋼系GYM館主，她給主角密傳機07攀瀑，然後在223道路上壹路向北。登上瀑布後進入冠軍山洞。
洞很大，不過地形不復雜，沒有什麽需要動腦子的地方。從壹個地方攀巖上去就出洞了。
進入聯盟內，會和對手戰鬥。
對手PM：
椋鷹 LV48
赫拉克羅斯 LV48
卡比獸 LV51
對手主要PM LV51
不確定PM LV47
不確定PM LV47（這兩個按主角選PM的屬性變化而變化，我選火猴子時，分別是花苞玫瑰和烈焰馬）
打敗對手後，去補給壹下，多買回復藥，然後就是準備挑戰四天王+冠軍。四天王分別是蟲地火超。
蟲系天王
古蜻蜓 LV49
鋼鐵螳螂 LV49
女王蜂 LV50
赫拉克羅斯 LV51
毒龍蠍 LV53
作為第壹個天王，實力並不是非常強大。古蜻蜓的耐久都不高，可以強攻秒之。鋼鐵螳螂4倍怕火、赫拉克羅斯有4倍怕飛行系的特點，也可以輕松秒之。只有女王蜂和毒龍蠍比較討厭，女王蜂擁有壓力特性，與之戰鬥時要註意PP值；毒龍蠍攻防兩端都比較強大，建議用地面系技能攻擊。
地系天王
天蠍進化 LV53
重甲暴龍 LV55
地 震鯰魚 LV50
隆隆巖 LV52
沙暴河馬 LV55
個人感覺很廢柴的壹個天王，草系PM可以輕松將其擊敗。就算沒有草系PM，只要註意別被克制，仍然可以輕松擊敗他。
火系天王
烈焰馬 LV58
地獄狗 LV52
鴨嘴暴龍 LV57
火伊布 LV55
豪火猴 LV55
火系天王的實力與DP相比，強大了很多，不過全是耐久不高的PM，有水系就很好對付。就算沒有，對攻戰也可戰勝他。比較麻煩的是豪火猴和鴨嘴暴龍，不用相克屬性很難秒殺，而他們的攻擊力非常強大。
超能系天王
吸盤魔偶 LV53
光伊布 LV55
超能鬥士 LV59
胡地 LV56
古銅鐘 LV54
每只PM都很難對付。好在每個PM的弱點都比較明顯：超能鬥士攻擊力異常強大，但速度和耐久比較低；胡地和超能鬥士類似，雖然擁有很高的速度，但是耐久更低；吸盤魔偶的物理耐久低；古銅鐘速度慢，本身的攻擊能力平平，看準機會猛攻就可以滅之。
冠軍茜羅娜
鬼盆栽 LV58
波可基古 LV60
假面薔薇 LV58
魯卡力歐 LV60
美蛇獸 LV59
地龍 LV62
本作的冠軍實力強大到逆天。鬼盆栽耐久高，並且沒有弱點屬性，只有靠強攻擊敗。魯卡力歐在攻擊端接近完美，但耐久壹般，用高攻技能可以迅速擊敗。美蛇獸的耐久恐怖，並且有壹系列的輔助技能，非常討厭。地龍作為準神級別的PM，能力自然不用說，速度快物攻高，耐久也湊合，龍遁可以秒殺大多數低耐久的PM，好在其有4倍弱冰的屬性。