為什麽這種冷杉在全世界都如此罕見？全球氣候變化迫使冷杉的分布區域發生變化。在植物分類系統中，冷杉屬是古老的裸子植物松科的壹個屬，全世界有50多種。根據鄭的裸子植物分類系統，已知原產於我國的冷杉屬植物有23種和幾個變種，其中百山祖冷杉是我國已發現的19種。在地球生物圈的生物地帶性群落中，冷杉屬植物大多分布在寒冷潮濕的高緯度高海拔地帶。第四紀冰川時期，全球氣溫下降，冷杉分布區向低緯度和中低海拔擴散。在江蘇丹陽、江西吉安、浙江天目山(海拔900米)和長江口外的現代“東海平原”發現了冷杉花粉。冰河時期以後，全球氣溫上升，巴山冷杉不能適應高溫環境，其分布區退縮到高緯度和高中海拔山地，形成了中國南方巴山冷杉的島狀分布:已知巴山冷杉和巴山冷杉位於2300米以上的山地；繼百山祖冷杉被發現後，近年來在廣西發現了元寶山冷杉和冷杉資源，在貴州發現了梵凈山冷杉，在湖南發現了冷杉林，在井岡山發現了巴山冷杉林。
人類開發活動和森林火災減少了冷杉分布區的“孤島”面積，如浙江西南部和福建東部的山區。歷史上由於交通堵塞，森林的直接經濟效益無法實現，燒荒地驅趕動物，形成了壹些山區盲目燒荒地的傳統習慣，燒毀了當時被認為“多余”的森林。百山祖冷杉天然林因為地勢低低，風穩，被燒毀的次數少，是災後的幸存者。比如這株被稱為二號樹的冷杉，是經過雪壓和火燒才發芽的，現在基部還保留著原來樹幹的那壹段。浙南的這種原始植被，散落在各個山頭。
為什麽這棵冷杉瀕臨滅絕？物種之間的生存競爭非常激烈。森林群落的主體由多種木本植物組成，樹種間的互長互抗現象是在漫長的歷史中隨著環境(主要是氣候)因素的變化和事物運動的對立統壹規律而演變的，是生物群進化的壹部分。環境的變化迫使生物適應新的環境，從而導致形態或適應性的變異和分化。適者生存，成為新的群體，不適合的則在環境變化不大的地區被淘汰或保留下來。同時，生物群體組成的生態系統改變環境，如森林涵養水源、保持水土、防風固沙、吸收二氧化碳以減緩“溫室效應”的進程。這片百山祖冷杉自然生長的林分，是上述生物群演變的壹個縮影。建群種為光葉青岡和百山祖冷杉，第二層為多形青岡和紫莖青岡。灌木層為粉色短柱茶和兩種小竹(百山祖玉山竹和清遠箬竹)。草本層包括竹節參、箭竹和蕨類植物。層外的植物有常春藤、毒藤等。苔蘚植物不僅有短角管蘚(最初已知分布於歐洲，此處為洲際分布新紀錄)，還有暖地大葉蘚，顧名思義，可分布於溫暖地區。喬木層主要樹種光皮冷杉與百山祖冷杉競爭激烈，冷杉被擠壓在邊緣。森林中原有的3號冷杉DBH為20 cm，但冠幅不足1m，我們采取人工幹預擴大冠層空間，但仍是在1986，光禿冷杉的枝條被風吹動。現存最小的壹株，巴山冷杉，已采集於1963。由於伴生樹種樹冠封閉，30多年來仍不到2米高。近年來，人工土壤栽培和減少發芽才開始復蘇。現有的2號樹的大樹枝向森林邊緣彎曲，以獲得更多的陽光，但近年來，這種樹的大樹枝也迅速枯萎，生長處於快速衰退中。
在多雨的小氣候中，土壤陣雨強烈，使土壤貧瘠。百山祖冷杉積累養分，開花結果間隔時間長，開花機會難得。最近開花後191年才開花。根據德國生態學家H. Walter對地球陸地生物圈中生物群落的分類，浙江白山祖處於ⅱ-ⅴ帶的交錯帶，即熱帶與暖溫帶(海洋)的交錯帶，夏季多雨，氣候帶為亞熱帶濕潤季風區，夏秋季多雨，松樹種為風吹花，嚴重影響授粉和人工栽培。
百山祖冷杉種群內部的變異和分化，造成性別分離和個體生態差異，也是目前自然有性繁殖的障礙之壹。據觀察，現存的4種冷杉中有3種能開花，其中1號為兩性花，2號為雌株，另壹種可能為雌株，2號距離1號較遠，開花時間比1號早幾天(2號生長地點低於1號)。同時，這幾棵樹當年沒有開花，1991年的2號樹也沒有開花。
百山祖冷杉種群個體太少，1969有8株。三株植物是分散的；其他五株組成壹個小群體，兩大三小，自然更新還是不錯的。然而，那年夏天最大的壹棵冷杉被洪水沖倒，枯死了。1977，挖了兩株，剩下壹大壹小。現在這兩種植物都能開花，但是近親繁殖的機制還不知道。
總之，百山祖冷杉瀕危珍稀的原因，既有環境因素，也有物種本身的內在因素。如果任其自然進化，很難避免滅絕趨勢。