在不同運行平臺，由於awk的版本不同，運行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。這個其實是由兩個命令構成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，這個命令提示出錯。不過，這個命令分解為兩個命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
對於小分子配體文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
會提示定義環，選1－>c－>c就可以了。
這是針對單個配體文件來說的，如果對於數據庫中的多個小分子，就需要編寫循環腳本批量操作了。
nci-3d中有已經準備好的pdbq格式的小分子，可以直接用於autodock的對接。我想妳可以參考他們的批量轉化方法。
在autodock運行中，最占時間的是格點（grid）參數的計算。而每個小分子與受體作用的格點參數都是不同的。在JMC的兩篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同壹個課題組發表了兩篇文章，主要是以P450酶為靶點，對autodock的源代碼進行修改，使不同原子類型的格點參數計算壹次完成，然後，不同的小分子可以隨時調用計算好的格點參數用於對接。這樣就解決了虛擬篩選中每個分子重復計算格點參數的速度問題。
在最近的壹篇文章中（proteins,200665:549-554)，壹個韓國課題組發表文章，利用autodock進行虛擬篩選，文章沒有對格點計算方法進行詳述，不過據我推想，他們應該也采用了jmc兩篇文章的方法。
jmc文章作者修改後的autodock源代碼可以通過發郵件聯系得到。同時，他們還通過修改源代碼，實現了將水分子中氧上的氫鍵接受作用考慮在分子對接中（在原代碼中，只能考慮水分子的氫鍵供體作用）。
上海藥物所曾經在論壇中發過壹段腳本，通過循環來利用autodock進行虛擬篩選。這個極有參考意義。不過腳本中需要對數據庫中的每個小分子都計算格點能，這可能會使虛擬篩選時間大大延長。